在尼布楚条约签订的第二年，沙俄政府唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
准噶尔是漠西蒙古的一支，噶尔丹统治准噶尔部以后，野心**，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
康熙帝召集大臣宣布他决定亲征噶尔丹。公元1690年，康熙帝分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
清军胜利，噶尔丹带着残兵逃到漠北。回到漠北后，噶尔丹，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。公元1694年，内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝揭露噶尔丹的野心。
公元1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击，最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹判乱集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹继续顽抗。
隔了一年，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。噶尔丹走投无路，就服毒自杀。
清朝政府三征噶尔丹以后，重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。