陆扬的《尚书古文疏证》问世后，一下子将“五经”中的《尚书》打倒了一半，只剩下了《今文尚书》，而《古文尚书》全部被废，自然引起了轩然大波。特别是，《古文尚书》可不是普普通通的文献，其中有十六个字“人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允执厥中”，被朱子定为“十六字心传”，乃往圣绝学，乃儒门的无上心法，乃尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、孟相传不息的无上玄言。现在，竟然被全部推翻了，陆扬的《尚书古文疏证》告诉大家，这些话，根本不是列位圣人说的，而是魏晋时期的那些玄学家胡诌的。
刚开始，听到这样的论断，士大夫们无不是恨得牙痒痒的，纷纷准备著书立说，将陆扬的“邪说”一一驳斥。不过，驳斥的前提，是你得看看人家的东西吧，于是，书肆里的《尚书古文疏证》被抢购一空，一时之间，洛阳纸贵，各种书贩不断地加印。令人沮丧的是，当那些立志守护“十六字心传”的“卫道者”们，买到《尚书古文疏证》，逐字逐句地看完后，他们发现，陆扬说的都是对的，原来《古文尚书》以及《古文尚书》里的那“十六字心传”，都是假的。不少接受不了的，还嚎啕大哭起来。毕竟，多少年的文本信仰，一下子坍塌了，还是有很多人接受不了的，更何况，这“十六字心传”可是朱子定下来的，那岂不是说，朱子也错了？！朱子，那可是孔孟以下，这世间的“第一等人”，乃旷古绝今的大儒，他怎么会错，他怎么能错呢？！
陆扬对朱熹，虽然很仰慕，但他毕竟是一个现代灵魂，是一个哲学博士，曾经领略过各种哲学理念，如古希腊的苏格拉底、柏拉图、亚里士多德，还有古罗马的西塞罗、奥勒留，还有中世纪的圣奥古斯丁、圣托马斯阿奎那，还有文艺复兴、启蒙运动的马基雅维利、霍布斯、洛克、卢梭、康德、黑格尔，乃至于现代（甚至是后现代主义）的维特根斯坦、海德格尔、哈耶克、哈贝马斯、德里达等等，对于朱熹，他自然很难再有那种绝对的、不加质疑的崇拜。
不过，陆扬虽然不迷信朱熹，但他能够理解朱熹在这个时代的地位，他必须要照顾别人的感情。所以，他又抛出了以前忽悠李教谕的那一套说辞，安慰天下士子，在国子监里，陆扬应邀，发表了一场关于《尚书古文疏证》的讲学，其实也就是后世的学术报告，在报告的最后面，陆扬强调“朱子想来也未必不曾怀疑古文《尚书》，只是人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允执厥中这两句话，说得实在太妙，深契儒学精要，朱子才将它称作是十六字心传，以简明扼要的方式，弘扬儒家学统罢了”。而且，陆扬对朱熹的学说并不陌生，他上辈子便读过钱穆的《朱子学提纲》、余英时的《朱熹的历史世界》、陈来的《朱子哲学研究》等名家名作，为朱子辩解一二，并非难事。
果然，听到了陆扬补充的说辞，天下学子们纷纷松了一口气，感慨道：还好，还好，《古文尚书》与“十六字心传”错了不要紧，至少朱子是没错的。士子们对陆扬突然感激涕零起来，因为朱子，对他们来说，是一种信仰，他们感激陆扬保留了他们的信仰，没有出现精神上的、价值意义上的崩溃、坍塌。现时现刻，他们都被《尚书古文疏证》搞得精神很是脆弱了。
看到士子们接受了自己的说辞，陆扬也是松了口气，然后他又继续说道：“其实，《孟子》早就有云：尽信书，则不如无书，可见不能绝对迷信文献”，看看众士子，有了《孟子》的话作为铺垫，陆扬又继续道：“《中庸》曰：君子尊德性而道问学，可见，在儒家之道中，本来便有尊德性与道问学两个方面，犹如马车必有两轮方能行走一样，两者不可偏废，而且，朱子恰恰是两者兼备的圣人，往日鹅湖之会，陆象山一味地强调尊德性而漠视道问学，所以他不能理解朱子，反而污蔑朱子学不见道，枉费精神，这是何等的偏废！”
“正是！”众士子对鹅湖之会这桩学术公案自然不陌生，他们不由得随着陆扬的思路走了，从而对于陆象山偏于“尊德性”，而忘记“道问学”极感愤慨。
“尊德性，德也；道问学，学也”，陆扬继续道，“吾辈非生而知之者，岂能不学而知，整日默坐，不学而思，那是禅宗心法，不是吾辈儒门心法！”
“受教了”，众人肃然道。自从阳明心学在泰州学派的激进推动下，“心学”几近乎禅宗，强调整日默坐，以求顿悟。听了陆扬的话，在这样一个特殊的语境下，众人皆是突然有如醍醐灌顶，觉今是而昨非，对往日的偏废，有了深深的反思。是啊，“心学”不就如陆象山一样，只知道“尊德性”，而不知道“道问学”嘛，而且，“心学”本来便是陆象山开创的，是与朱子争锋相对的思想。由此可见，唯有兼重“尊德性”与“道问学”的朱子，才是儒门正道。
得到了士子们的肯定，陆扬将“道问学”的方法，讲得越来越深，众人听得如痴如醉，此时，讲学的目标，已经远远超出了《尚书古文疏证》原始范畴，最后，陆扬提出了那个振聋发聩的思想、学术口号“经学即理学”。正式提出了“尊德性”与“道问学”兼重、“内圣”与“外王”并驾、“宋学”与“汉学”齐驱的理念。引起了士林轰动，一时间，陆扬之名，名满天下。
不过，赞誉之声有之，反对之声，亦在所多有，“尊德性”与“道问学”、“内圣”与“外王”、“宋学”与“汉学”如何兼容并蓄，这可不是一个容易的事儿，反对者嗤之以鼻，宣称陆扬不过是口号上喊喊，他们才不相信陆扬能做到呢。
陆扬提出“经学即理学”，其目的，不是简单的一个学术命题，他要建立的，是一种汉代“通经致用”、“经世济用”的精神理念，另外，他还希望借助考据学这种“朴学”，建立实证主义的科学方法论基础，为自然科学、技术的引进，奠定思想、学术的文化基础。这是一个很宏伟的目标。自然不能停留在口号上，而是要拿出具有示范意义的作品，来说服天下读书人。
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接下来，几个月，陆扬在翰林院，在同科榜眼刘若宰的帮助下，开始了大规模的文献整理，至于那位探花何瑞徵，则对陆扬持冷眼旁观、等着看笑话的态度，没有参与。回到府中，顾炎武不是也陪着来了京师嘛，有顾大师在，虽然顾大师现在还是一个翩翩少年，但架不住他天赋异禀，一点便透，也帮陆扬做了很多学术上的工作。最终，陆扬先后写出了不少重要的作品。
当然，这些作品，其实也都是在后世作品的基础上，“写”出来，或者说是“还原”出来的，如陆扬在戴震原书的基础上，写出了《孟子字义疏证》，作为以考据学方法阐明经学义理的典范作品。此书出后，陆扬又以钱穆的《论语新解》为核心主轴，辅之以程树德《论语集释》中的各家注释，兼采后世名家学者的各种注疏，如杨伯峻、孙钦善、李泽厚等等，又“写”出了一本《论语疏证》，成为了在朱子的《四书章句集注》以后，集注《论语》的又一部集大成之作。
然后，在礼部尚书徐光启的批准、支持下，陆扬又招募了一些学术助手，来到翰林院辅助陆扬，例如先前东林党人黄尊素的儿子黄宗羲，在陆扬的“指导”下，其实也就是他提前告诉黄宗羲若干年后黄宗羲自个儿的想法，于是，黄宗羲提前完成了《明儒学案》的编撰，全书首冠《师说》一卷，列方孝孺等二十五人，次以有所授受者分为各学案，以特起者、后之学者、不太著名者总列为《诸儒学案》，最后为《附案》。而《明儒学案》各卷的卷首“按语”则几乎全部出于陆扬笔下。
特别是，陆扬还亲笔撰写了《明儒学案》中的“王阳明传”，陆扬在其中写道：“王守仁，字伯安，学者称为阳明先生……先生之学，始泛滥于词章，继而遍读考亭之书，循序格物，顾物理、吾心终制为二，无所得入，于是出入佛老者久之。及至居夷处困，动心忍性，因念圣人处此，更有何道？忽悟格物致知之旨，圣人之道，吾性自足，不假外求。其学凡三变而始得其门。自此以后，尽去枝叶，一意本原，以默坐澄心为学的……隆庆初，赠新建侯，谥文成。万历中诏从祀孔庙，称先儒王子”。