华军后来全面控制了西伯利亚铁路的控制权，他们的补给问题得到很大程度的解决。在这种情况下苏军仍然有机会撤走，可为什么不走呢？况且前一段时间群众早就转移了，只剩他们这些机动力还不错的部队，这时候转移不更好吗？这样他们还可以伺机攻击华军前锋部队薄弱的后翼。
而当当防御和反击作战进行到最激烈的时候，罗科索夫斯基也就没时间细想这些问题了。现在，他伏在一名苏军士兵的后背上，这些疑惑又爬进了他的脑子里。
罗科索夫斯基现在也没能完全弄清楚斯大林同志的意图，不过他想斯大林的战略企图决不仅仅是拖住华军进攻步伐这么简单。因为用几个军再加上多个预备役师和10余万多后备役部队，国防委员会把一共将近80万人马放置于这样的一块死地，进行这样的战役，应该会有更深的战略企图。他猜现在苏军应该还有一半的部队具备完整的战斗力，特别是主力部队，应该还有很多部队没有投入作战！
想到这里，罗科索夫斯基又感到信心十足了。
此时还在逃命中的罗科索夫斯基并不知道，他和亿万苏联军民所崇拜和敬仰的伟大领袖，精神已经接近崩溃。
这些日子里，斯大林并没有为坚决掌握局势而采取强有力的措施、步骤和行动。他陷入了一个接一个的十分不利的事件之中。他也和其他许多人一样，被这股急流卷裹着，身不由己。他无论如何也找不到一个支撑点，以便站立起来，振作起来……战前他是个毫无过失的人间上帝，如今却是一个在仅仅一两个月之内就看到自己所有的计划、构想、战略估计统统垮台了的、不知所措的“领袖”，两者之间真有霄壤之别……这是连斯大林这样有坚强意志力的人也承受不了的。他似乎一直在等待他的亲信、军事领导和人民把种种不满向他发泄，因为他是各种失误、输掉同中国的这场“赌博”以及用恐怖手段使军队干部遭到空前削弱的罪魁祸首……但是苏联人民在致命的危险时刻站得很高，他们并没有同自己的领袖算账。苏联人民的“宏伟气魄”是如此崇高，在这悲惨的时刻，他们并没有着眼于找出造成这种局面的罪人。人民经验的智慧要求把这件事交给历史去做。著名的俄罗斯哲学家尼？奥？洛斯基写道：“俄国人民的善良，在他的各个阶层中……都表现为不记仇。”
斯大林心理上震惊的顶点是他对斯维尔德洛夫斯克陷落消息的反应。斯大林看完总参谋部早间战报就到自己别墅去了，他几乎一整天都没有到克里姆林宫来，因为斯大林很难接受战争开始才两个月这座重镇就沦入敌人铁蹄之下的事实。莫洛托夫和贝利亚去找他。没有资料说明这“神圣的三位一体”谈了些什么。
人民在期待斯大林讲话。大家一如既往地信任他，把希望和他联系在一起。很可能正是这一点帮助斯大林摆脱了心理上的震荡。直到７月３日，国防委员会主席才决定向全国发表广播讲话。战争才刚刚开始。许多人已经明白，战争将是十分艰难而长期的。斯大林一再修改了自己的讲稿。对他来说，最大的困难是要找到一些词句和论据来向人民解释已经发生的种种事情：失败、入侵、和平条约的破产。在讲稿的页边空白处有斯大林用铅笔写的标注：“为什么？”、“敌人必将被粉碎”、“应该做些什么？”。这看起来像是国家的头号人物发表纲领性演说的提纲。斯大林在讲话中陈述了联共（布）中央委员会和苏联人民委员会６月２９日决议的基本观点。
斯大林在讲话中用了许多时间来解释，实际上是替自己辩解，为什么华军能够侵占苏联的大片领土。最后这一切都归结为一句话：“问题在于中国是发动战争的国家，它的军队已经全面动员，中国用来对付苏联的３００多个师已经开进到苏联的边界上，而且处于充分准备的状态，只是在等待出动的信号，而苏联军队则需要动员和向国境线开进。”斯大林说的敌人的精锐师团已被击溃是明显的谎话，他还谎称失利的主要原因是中国的突然进攻……斯大林在谈到中苏条约时，只字不提丢人的“友好和边界”条约，以及首先是他本人所犯的许许多多致命的失误——这都是很自然的。当斯大林说到应当“按战时轨道来改造我们的全部工作”时，他的口气已经坚定多了。他首次把这场战争称为“卫国战争”，号召“建立游击队”，“对一切扰乱后方分子、逃兵、惊惶失措分子和造谣分子进行无情的斗争”，第一次公开表示希望在反对“野蛮的中国人和他们的残暴军队”的斗争中，把欧洲和美洲各国人民的努力联合起来。国防委员会主席在结束讲话时，宣布“国防委员会已经开始自己的工作，它号召全国人民团结在列宁和斯大林党的周围……”
斯大林已经习惯于由他自己来说“列宁和斯大林的党”了，而人民对此也习以为常了。由于苏联人民对斯大林的巨大信任，他的讲话起了重要的动员作用，仿佛是简单明了地回答了人民为之苦恼的各种问题。只有为数不多的人当时能看得比较深刻，而且看出战争初期的悲剧是斯大林专权的结果。不计其数的牺牲是“一贯正确的人”一再失误的结果。最大的怪事就是：斯大林犯了许多错误和严重的罪行，但是由于他所创立的体制，这些错误和罪行在人们的观念中却离奇地变成了救世主的丰功伟绩。战争初期的悲剧的主要罪犯之一，准确地说，罪魁祸首，却居然继续体现着人民的希望。这可以说是信仰在“起作用”。苏联人民的气魄是如此宏大，居然在经历了战争最初几周的惨剧之后还能挺得住，并且还没有崩溃。然而这是用几百万人的生命做代价的。斯大林的“伟大”向来是以受害者为基础的，是以许许多多的受害者为基础的，以数不尽的受害者为基础的。
斯大林把政权、党权和军权全部集中在自己手里。成立以斯大林为首的最高统帅部大本营。从６月３０日起，他领导国防委员会，又兼任国防人民委员。７月初，斯大林丧魂失魄的状态开始减退，虽然在这以前，他保持着表面的镇定，因此不是所有的人都能觉察到他的惊慌失措和压抑消沉。他的意志力的振作开始表现为积极干预正在进行殊死战争的国家生活的各个方面。斯大林每天工作１６至１８个小时，他消瘦了，变得更加生硬、偏执，甚至往往很凶狠。每天都有几十份军事的、政治的、思想的和经济的文件要向他报告，这些文件经他签署之后，就成了命令、指示、决定和决议。应当说，把政治权力、国家权力和军权全部集中在一个人手中是有利也有弊的。从一方面说，在非常情况下，权力集中就有可能最大限度地集中全国的力量来解决主要任务。从另一方面说，绝对的大权独揽就极大地削弱了各级领导人的独立性、主动性和创造性。没有头号人物的批准，要采取任何重大的决策、行动和步骤都是不可能的。
实际上，大本营里直接在斯大林身边工作的只不过是两三个人。但是他们的工作仅仅是完成最高统帅的委托。在战争时期，政治局委员中起过显著作用的，除斯大林外，也许只有沃兹涅先斯基、日丹诺夫和赫鲁晓夫。沃兹涅先斯基积极地处理苏联国内的经济问题。日丹诺夫和赫鲁晓夫担任过不同方向和方面军军事委员会委员，他们是斯大林意志的积极贯彻者。至于伏罗希洛夫，他在几次失败的防御战之后，失掉了斯大林对他在“作战方面的”信任。加里宁用相应的命令使“领袖”的决策合法化，同时参加了宣传工作。米高扬和卡冈诺维奇花了许多时间处理运输－经济事务和粮食问题，他们两人作为方面军军事委员会委员实际上没有参与什么活动。马林科夫实际上是在中央委员会机关内执行斯大林委托的任务的人。他曾经几度到前线去完成最高统帅交办的任务，但由于他完全不熟悉军事，因此没有留下任何痕迹。莫洛托夫一直是国防委员会副主席，他主要负责国际问题。贝利亚分管的是“清洗”俄国的后方、华军战俘营、被俘过或被包围过的苏联军人集中营，以及为战争服务的“监狱”工业。他奉斯大林派遣，曾经两度来到北高加索方面军。安德列耶夫负责农业和前线供应。由于绝对的大权独揽，斯大林在战争年代仿佛是从党的生活中排除了中央委员会，但在前线和后方，基层党组织却起着巨大的作用。中央委员会的工作由它的机关来体现。在战争期间几乎没有召开过中央全会。虽然一些中央委员曾经被召到莫斯科，为召开中央全会等了两天，可是斯大林和马林科夫腾不出时间来。全会没有开成。斯大林并不看重分清党、国家和军队最高机构的职责。而且这也没有太大的意义：反正领导所有这些机构的都是他一个人——中央委员会书记、人民委员会主席、最高统帅、国防委员会主席、大本营主席、国防人民委员。他签署文件也用不同的名义：中央委员会、大本营、国防委员会或国防人民委员部。
战争时期必须把国家权力、政治权力和军权集中起来，这一点未必可以怀疑。但是，可以毫不含糊地说，这种权力的集中应当首先在党的生活中有一定界限，而不能使周围的人都成了跑龙套的角色和惟命是从的人。斯大林把一切都“包揽”在自己身上。所以不能不说，他肩负的工作就规模和责任而言都超出了一个人的承受能力。如果说经济问题、政治问题和外交问题在很大程度上是由政治局委员们和国防委员会委员们来承担的话，那么军事问题和军事—政治问题基本上是由他这位最高统帅来解决的，这就造成了许多失误。幸好在总参谋部和最高军事领导成员中很快就有一大批表现不凡的、杰出的军事首长脱颖而出。但是不能不再说一遍，军队干部中由于斯大林的过错而在战争前夜形成的巨大空隙，在很长时期内都能让人感觉出来，特别是在方面军、集团军、军和师这些环节上。
斯大林成了武装力量的统帅之后，竭尽心力，试图搞清楚：前线情况究竟如何？目前的战线在哪里？明天等待着他的是什么？究竟在什么地方才能挡住中**队？怎样才能尽快补足人员和装备的巨大损失？斯大林长久地听取朱可夫、瓦图京、华西列夫斯基和总参谋部其他人的陈述，一声不响地站在那里看着铺在他那张大桌子上的地图。他纯粹是一个办公室里的领导人，他看着地图、读着报告的时候，很难抓住、听到、感觉到浴血奋战的军队急剧跳动的脉搏、战场上的大炮轰鸣、华军坦克履带的轧轧声、城市大火的噼啪声、垂死战士的呼哧声……“马刀式的”内战的影子不知怎么一下子就被推到遥远的昔日去了。那是完全不同的另一场战争。
到莫斯科会战以前，斯大林的许多决定都是在一时冲动下作出的、肤浅的、自相矛盾的、外行的。他常常给身边的人和各个司令部提供一些莫名其妙的东西。在听取了部队又遭到失败或者后撤的报告之后，斯大林有时口授的不是作战命令，而是“惩罚的”命令。即使这些命令是由朱可夫、华西列夫斯基、沙波什尼科夫、瓦图京签署的，也可以准确无误地认出这些命令出自谁的手笔。例如，６月３０日，当已经得知东北方面军的部队又没能在有利的防线上站住脚，而方面军司令部的报告却借口说后方有破坏小组活动时，斯大林立即作出这样的反应：
“总统帅部大本营和国防委员会对西北方面军指挥部和司令部的工作表示绝对的不满。”
“首先是至今尚未惩罚不执行你们的命令、像叛徒一样放弃阵地和没有得到命令就撤出防御地区的指挥员。对胆小鬼采取这样的自由主义态度，你们的防务将不会收到效果。”
“你们的歼击支队至今不见活动，它们工作的成果也看不到，由于师、军、集团军和方面军的指挥员无所作为，东北方面军各部队始终在后撤。现在应当停止这种可耻的做法了……司令员及军事委员会委员、检察官和第三处处长应立即去前线部队并就地处置胆小鬼和叛徒……”
苏联战前并没有为指挥部队的最高战略机构——大本营准备有专门设备的工作地点。无论在克里姆林宫还是在斯大林的别墅里，都没有可以抵御华军飞机空袭的指挥所，虽然铁木辛哥和朱可夫当初都坚持要求修建这样的指挥所。因此，在战争的最初几个月里，斯大林常常到基洛夫街的别墅去，和这座别墅毗邻的一幢楼里有总参谋部的好几个局。地下铁道的“基洛夫”站被从运输网中分割出来，成了一个很好的防空洞。那里也和克里姆林宫中斯大林的办公室一样，总是在桌上铺着作战地图，上面标明各条战线的情况。后来，斯大林命人在近郊的别墅修建了一个不大的防空洞，同时还为它装备了一个通讯站，这样斯大林可以通过它和各个方面军通话。
斯大林注视着总参谋部准备的作战地图，他清晰地看到敌人迅猛地展开攻势的主要方向：莫斯科方向和斯大林格勒方向。７月１０日，根据斯大林的建议，大本营作出决定，成立以伏罗希洛夫为司令员、以日丹诺夫为军事委员会委员的东北方向指挥部，以铁木辛哥为司令员、以布尔加宁为军事委员会委员的东方方向指挥部和以布琼尼为司令员、以赫鲁晓夫为军事委员会委员的东南方向指挥部。但各个指挥部却未能认真起作用。主要原因又在于斯大林：最高统帅建立了这些战略指挥机构，却没有赋予它们应有的权力。命令都越过它们直接下达到部队，也不重视各指挥部、参谋部的活动。而且，建立这些指挥机构事先并无计划，因此既缺乏相应的干部，又没有最起码的设备保障。