天启皇帝朱由校随即批令各部：“如议，著实遵守，如或仍前怠玩，视为虚者，听言官指名参劾。”
对丁绍轼的疏奏，首辅顾秉谦认为是挟皇帝令诸臣，颇为不悦。
这时期朝中有人倡议至浙江云雾山采伐大木，用作修葺宫殿，绍轼又上疏劝阻，停止采伐。
御史赵允昌弹劾绍轼，绍轼上疏求退。
熹宗认为绍轼心直口快，婉言挽留，绍轼再辞、三辞，帝仍不准。
这时又有御史吴裕中弹劾绍轼为大奸，恶语极致。
魏忠贤察言观色，见熹宗欣赏绍轼，以吴裕中报复绍轼之由，罢了吴裕中官职，廷杖一百。
绍轼闻知此事，立即上疏为吴求救，疏上，吴裕中已被杖死。
绍轼认为吴裕中死得冤屈，但碍于魏忠贤的淫威，深觉愧疚，而又有口难言。
礼部侍郎冯铨欲追论前朝三大疑案，一是“移宫案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校当立。抚养他的李选侍与心腹魏忠贤，想利用熹宗年幼的机会，把持政权，据乾清宫。朝臣杨涟、左光斗等不让她与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。
二是“梃击案”，万历四十三年手执枣木棍，闯入光宗朱常洛住的慈庆宫，打伤几个守门太监。被执后供系郑贵妃手下太监庞保、刘成引进。时人怀疑郑贵妃欲谋杀太子。神宗与太子不愿追究，以疯癫奸徒罪杀张差于市，并毙庞保、刘成于内廷了案。
三是“红丸案”，泰昌元年光宗即位后沉湎酒色，不久病重。司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇下泻药，病益重。鸿卢寺丞李可灼连进红丸，自称仙方，光宗服药后即死去。
当时有人疑是神宗宠妃郑贵妃指使下的毒，引来许多争议。
结果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠贤专权时翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇总督漕运。
诸多朝臣不满魏忠贤妄为，要将三案主要责任的姓名勒于碑上，永远不能翻案。
绍轼担心此事引起诸多朝臣惊恐，极力劝阻不可妄行，使此建议未能实施。
满洲兵侵犯山海关，关门兵少饷浮，熹宗准备下旨遣内臣坐镇指挥，新设一管理机构，负责清兵清饷。
绍轼与诸阁臣以为不妥，同上密揭，述其理由有四。
其一，考察古今，揣度利害，遣内臣坐镇边关一线几乎没有成功者，反而多出祸乱。因为内臣是皇上近臣，代表皇帝说话，一言一行，前方将吏谁敢不听，使臣一到将吏们围着他们转，分散将吏精力，无暇谋划战略战术。
其二，无才者皇帝不会派遣，稍有才智者，往往下车伊始，乱发一番言论。
前线辽东经略熊廷弼主张守，而辽东巡抚王化贞主张战，使臣不熟悉地形地貌和前期战况，支持谁的观点呢？若导致战争失利，责任由谁来负？
其三，文与文、文与武不和导致战争失败的事例，屡见不鲜。
而今将吏不和已是客观存在。
今派使臣赴前线，使臣就成了“凭中”。
文臣武将都要表述彼此是非，“凭中”若不能辨别对错，轻易表态，轻则加深矛盾，重则造成内讧。
既然有如此之弊端，皇上为何要派内臣坐镇山海关呢？
其四，清兵清饷是件好事，然而战争在亟之时能清出多少饷来？而增设一衙门要增加多少供应，并增加多少护卫，这是利少而弊多呀。疏上。
熹宗遣使臣坐镇山海关的敕书已草成，准备发行。
他阅览绍轼与诸臣密揭后，觉得言之成理，下旨暂停发敕书。
数日后，熹宗在魏忠贤、顾秉谦等人唆使下，下旨逮捕东林党人，要将他们一网打尽，朝廷上下一片沸腾。
绍轼上言劝阻，毫无效果，便托病不出。
结果左副都御史杨涟、左佥都御史左光斗、御史黄尊素、文选员外郎周顺昌等惨遭杀害。
就在此时，禁卫吏役在苏州乱抓人，激起民愤，顾秉谦认为是乱党作祟，要强力镇压。
绍轼以为不可打击面太宽，顾秉谦听了他的建议，只惩治了为首者，胁从者一律得以宽恕。
这年四月，熹宗晋绍轼少保兼太子太保，改户部尚书、武英殿大学士，荫一子锦衣卫副千户世袭，复赐银币坐蟒，照新衔给应。
得诰命，绍轼即上辞谢疏。
丁绍轼为官虽近二十年，实际在职仅十年左右。
他性素谨密，忠于国家，为了国家安定，敢于、善于向皇帝直言进谏；处处息事宁人，与同僚和谐相处，视朝中同乡为知己，多方关心他们。
对亲友尊敬，对伯叔兄弟敬爱。
在居家守丧和病休的八年时间里，拿出自己薪俸为乡党修堤筑墩，建造三座宝塔，加固水口，立会庄田以赡后学，并对家庭梓里之间的困难、矛盾，竭力支助，悉心调解，人人称颂其贤德。
“韦爵爷，你对我说句实话，你想开放通商口岸，想控制大明所有水师，究竟想干什么？是不是想培植自己的势力，成为有足够兵权与朝廷对抗的地方实权派？”丁绍轼问道。
“这个话题，我不想多谈，我说绝对没有，丁大人你相信吗？”韦宝道：“将大明水师全部收编在一起，可以进一步裁撤军队，现在大明水师的兵额是十万，这还是我主动裁掉了一半登莱水师之后的数字！否则还得更多。一旦合兵一处，实力能得到加强，兵饷能得到缩减，岂不是两全其美？至于开放通商口岸，对地主们有一定的冲击，但是对老百姓，对大明朝廷，一定是有益处的！这一点，相信你们都能想明白。至于我个人，请您看看这道奏本。”
韦宝说罢，直接将要拿给顾秉谦，让顾秉谦具名上呈的奏本拿给了丁绍轼看。
丁绍轼看了一遍，“你请陛下委任海防总督衙门大臣？你不想当海防总督吗？眼下海防总督衙门未曾设置总督，就等于是你当家啊，这是多少人眼红的衙门。”
丁绍轼不解的看着韦宝。
韦宝微微一笑：“我自然想当海防总督衙门的总督，不想才是虚伪。但是比起大明社稷，我个人的升迁不算什么，我即便现在称病回家，十年八年不出山，再过十年，我也不过只有二十五岁，不出问题，我仍然是侯爵，仍然是大明的正三品大员，三十岁之前，闭着眼睛也能入阁。”
丁绍轼点了点头，韦宝说的不错，“这么说，韦爵爷果然是无私，是为大明朝廷着想的，真是让人敬佩！那你为什么不具名？”
“我打算让首辅大人具名，以首辅大人的名义呈报给陛下。”韦宝笑道。
丁绍轼一怔，立马明白了韦宝的意图，也笑了，“你觉得首辅大人会做这种事吗？这是要担天下人的骂名的！哪家当官的家里没有许多田亩？只要开海，外面的粮食，金银进来，大明做买卖的人多了起来，就一定会对有田亩的人造成冲击。”
韦宝笑着点头，看样子，这帮饱学鸿儒并不是书呆子，他们也是什么都清楚的。
“若是首辅大人不肯帮忙，我就算了，不理这件事了，因为我人微言轻。”韦宝道：“我是听闻陛下为今年的巨额兵饷空缺烦恼，才想着帮朝廷献策。献策的目的已经达到，做的太多，反而容易引起猜忌。”
“这件事，一定会引起非议。若是我上呈陛下，有人会反对。若是那头的人上呈陛下，东林官员一定会群起反对，不要以为你控制了大理寺和都察院，控制了言官就能霸占视听。”丁绍轼道：“韦爵爷，我个人来说，是赞成你这么做的，觉得这是一个不错的法子，对大明利大于弊。”
韦宝明白丁绍轼说的那头指的是阉党，只是这里不方便明说罢了。
“多谢丁大人！我真没有想到你能这么宽宏大量。”韦宝道。
“我也知道，有时候两边，纯粹是为了反对而反对，耽误了很多事情，但你不要以为我们都是什么都不明白的人。”丁绍轼道：“好了，这件事，如果爵爷能让首辅上奏陛下，我会暗中相助一二。”
“多谢丁大人。”韦宝再次感谢，并且向丁绍轼施礼。
顾秉谦等人很快到了。
韦宝辞别了丁绍轼，便请顾秉谦给自己一点时间，要与顾秉谦单独说点事。
顾秉谦答应之后，韦宝向魏广微，黄立极和冯铨稍微解释了一下，说他们等会就会知道是什么事。
本来魏广微、黄立极和冯铨觉得韦宝有什么事情背着他们做，有些不高兴，但是韦宝解释了一下，几个人又连忙说没关系。
顾秉谦知道韦宝找自己什么事，到了他的值房，首先便道：“爵爷是想说开放通商口岸和统一大明各地水师的事儿吧？”
韦宝笑着点头：“首辅大人厉害，什么都瞒不过首辅大人。”
“这事问我没用，不管我答不答应，都无关大局，毫无可能，你明白吗？首先，水师分散各地，便于相互制衡，以免出现一家独大的局面。其次，开放那么多通商口岸，怎么可能？各地有田亩的人家，岂不都要将你视为死敌？陛下和九千岁也不会答应的。”顾秉谦道。
“我是想请首辅大人具名，帮着将这份奏本上奏给陛下。若是首辅大人不肯，就当我没有提过。”韦宝说着，将昨晚上写好的奏本拿给顾秉谦看。
顾秉谦惊奇的瞪大了眼睛，像是看鬼一样的看着韦宝，狐疑的接过了韦宝递过来的奏本看了看，与韦宝昨天说的别无二致，“你让我具名，让我上奏朝廷？岂不等于让我背负天下的骂名？你怎么想出来的，觉得我很傻？”
“首辅大人冤枉了，我怎么敢认为首辅大人傻？首辅大人是我官场上的引路人，是我半个座师啊。”韦宝道：“我让首辅大人上奏朝廷，呈送给陛下，是想将留名青史的美差留给首辅大人！我的奏本上面写的很清楚，请陛下委任大员担任海防总督衙门总督一职务，而这个人肯定不是海防总督衙门已经有的人，所以绝对不是我。我做这一切，都是为了朝廷着想，为了陛下着想，毫无私心。所以，由首辅大人上呈给陛下，天下人也会这么看首辅大人，是受到万民敬仰重要，还是区区一些有土地的人给的骂名重要？孰轻孰重，相信以首辅大人高超的智慧，一定能立刻想明白的。”
顾秉谦苦笑着摇了摇头：“爵爷，我知道你的口才好，死的都能说成活的，但是放在我这里真的没用。老夫不可能做这种事，这种留名青史的机会，老夫不需要。当初提议隆庆爷开放月港的大臣，他留下美名了吗？”
韦宝见顾秉谦态度坚决，也不着急，淡然道：“既然如此，那就当我没有说过吧。”
顾秉谦有点不高兴，可你已经对我说过这事情了呀，只要做过，就可能被人知道，你这不是把火球扔我怀里了吗？
等下陛下和九千岁知道了这件事的始末，还不得怨恨我不想为朝廷出力？
“你就不该告诉我这事，要上奏，你自己上奏，行了吧？老夫保证支持，这总行了吧？”顾秉谦无奈道。
“我不是怕担骂名，而是我上奏没用，我才几天的官场资历？这事一定会引起东林党的反弹，我又没有能力号召人支持我，一大帮东林党再弹劾我一下，就算我本人没事，这项方案也一定流产了。”韦宝道。
顾秉谦觉得韦宝的分析很有道理，可还是连连摆手：“我是绝不可能具名的。你要是嫌自己分量不够，大可以找你家老丈人上奏。你老丈人可是比我有分量。”
“我想过，那样的话，陛下和魏公公都不见得会答应。”韦宝道：“倒是东林党们很有可能会赞成，那更要流产了。”
顾秉谦觉得韦宝用的流产这个词挺好笑的，却笑不出来，只是不肯答应。
“那算了吧，这件事我绝对不会对旁人说起的。”韦宝说着便要撕了奏本。
“哎，你干什么？别撕了啊。”顾秉谦道：“你再问一问魏广微、黄立极和冯铨三位大人的意思啊，他们肯上奏，也是可以的。”
其实顾秉谦也希望能找到解决巨大兵饷口子的方法，如果这个时候，京营和边军同时缺饷银，情况是很糟糕的，本来各地就已经有民变的迹象，再要是让一大帮行伍出身的人加入民变，民变的火焰一定会越烧越旺盛，会动摇大明的根本的。
作为首辅，到时候这些事肯定算是他担责任，而且，他很有可能成为背黑锅的那个人。
“这个本子，只能由首辅大人上呈，别人都没有那个分量。”韦宝道：“要不然就当我没说过。”
顾秉谦重重叹口气，“你这不是为难我吗？”
顾秉谦说罢，去将魏广微、黄立极和冯铨三人也叫到了自己的值房，将韦宝的奏本给三人看了，“现在韦爵爷让我具名，以的名义重报给陛下，你们怎么看？”
他们四个都是阉党大臣，同在内阁，属于命运共同体，一荣俱荣，一损俱损。
魏广微、黄立极和冯铨都惊讶的看了眼韦宝，自从昨天晚上韦宝在酒桌上提出来，他们就记下了这件事，本来以为韦宝会独立向陛下上奏本，他们就只当什么都不知道就行了。
却没有想到韦宝这么厉害，居然会抓首辅大人上奏本，这不是找首辅大人当替罪羊吗？
大明还没有听说过哪个下官能抓首辅大人当替罪羊的先例。
顾秉谦深锁眉头，非常不安。
其实顾秉谦不能说多有能力的人，也不能说是多果断的人，甚至都不能算是铁杆的阉党，坐上首辅这个位置，是很多因素造成的。
顾秉谦是万历二十三年（公元1595年）进士，历任编修，累官礼部右侍郎。
天启元年晋礼部尚书，掌詹事府事。
第二年魏忠贤掌权，他率先趋附，史称为人“庸尘无耻”，“曲奉忠贤，若奴役然”。
天启三年兼东阁大学士，入参机务。
五年正月晋少傅、太子太师、吏部尚书，改建极殿大学士。九月晋少师。
叶向高、韩爌罢免后，他继任首辅。
顾秉谦起草圣旨，每事都顺从魏忠贤的旨意。
先前他假传圣旨将主考官王乾学治罪，又起草圣旨杀害杨涟、左光斗等人。
只有周顺昌、李应升等人被投进诏狱，顾秉谦请将他们移交法司，不让他们死得不合法。
时人说：“我闻今相国昆山顾秉谦，严相国俦也。”
又充《三朝要典》总裁。
宦官出去镇守，顾秉谦撰写皇上谕告，过后又与丁绍轼请求停罢此事。
两事前后稍有矛盾。冯铨既已入阁，他们同党中日夜倾轧，群小们也各自支持一方。
顾秉谦心中不安，屡次上疏请求退休。
这些都看的出来，顾秉谦其实不愿意当这个烫手的首辅大人了。