此后，邪帝为了弥补愧疚，决心救醒昏迷的问菜，于是驾驶女娲星槎，强行闯入各地大小武林门派或世家门阀的领地，索要各种珍贵药物，又绑架名医上船，替问菜医治。
这些武林门派或世家门阀，当然不肯乖乖就范。但只要稍有反抗，牛郎、大祭司等高手，便立刻大开杀戒。于是数月之内，杀得尸山血海，血流成河。正邪两道，皆因此陷入最深沉的绝望和恐慌之中。大罗刹宗主则在这段时间里，闭关修炼噬魂诛仙棍法，为再战邪帝而作准备。
南宫问天既手执天晶，自然成为了正道最后的希望。于是南宫问天在二房的南宫飘等人协助下，吞并了东方世家。又得幸存的武林人士拥戴，登上武林盟主大位。成为对抗邪帝的最后希望。
另一方面，北冥雪不忍心武林陷入尸山血海，拿着新生神农尺，亲自找上了邪帝。可是神农尺也完全救不了昏迷的问菜，邪帝伤心失望之下，竟连北冥雪也想杀掉。
加上入魔之后，自称“剑皇”的剑心，心生不忍，于是出剑相救。但虽有魔兵之助，修为也大大增长，剑心始终不敌刀剑合一神技，被邪帝杀得重伤。
此时牛郎在旁边献策，认为既然神农尺也治不好问菜，那么或许可以用天晶一试。邪帝采纳了牛郎的计策，把北冥雪放走，让她回去通知问天，让问天献上天晶。否则的话，就要杀死铁心。
北冥雪仓皇离开，临行前却被大祭司把一颗魔珠，暗地里植入她体内，并且暗地里施展了迷心咒。当北冥雪去到南宫世家，把消息告知问天之后，迷心咒自然发作。北冥雪和问天两人情不自禁之下，发生了最亲密的关系。魔珠也随之进入问天的右手潜藏寄生。
万万没想到，此举竟诱发出不可测之祸患。原来，久远之前，女娲娘娘受元祖天魔的魔气感染，从自己心中，滋生一头最强大的“异魔”。虽然女娲及时以天晶和异魔拼了个同归于尽，但异魔的元神，却已经潜藏于天晶绿珠之内。
一直以来，绿珠都寄生在问天左臂之中，并且牢牢压制异魔，令其无法作恶。但北冥雪把魔珠植入问天右臂，魔气刺激之下，异魔竟再次活动起来，并且占据了北冥雪的肉身，企图杀死问天。
关键时刻，一名神秘女子杀出，救下了问天。原来她就是银法王的私生女灵剑子。银法王当日改邪归正，企图阻止邪帝的成人礼，却因此失败，和天晶子剑一起迷失于时空乱流中。好不容易回归现实，却发现自己的女儿灵剑子已经死去。于是银法王把天晶子剑植入女儿体内，让灵剑子得以复活。更因此，灵剑子承担起了辅助问天除魔灭邪的大任。
灵剑子和问天合力之下，异魔北冥雪仓皇逃走。东方雄则闻声赶来，含泪恳求问天救下铁心。于是问天向武林发出通知。要在正月十五，在东海之滨的东方世家公开挑战邪帝。解救南宫铁心。
正月十五一战尚未开始，武林中各处已经暗流汹涌。
燕王潜心修炼十方奇招有所成就，再度出山重掌大权。首先废了牛郎一身武功，然后企图前往提前击杀问天，夺取天晶。
双方纠缠间，误闯铸兵世家铁壁铜墙。在铁壁铜墙，燕王与自己妻子和两名女儿重逢。却又遇上死对头灭鬼神。双方交手下，燕王因为身有伤患不敌，激愤之下，催生了又一件魔兵“裂天破地”。问天则巧获奇金息壤，成为对抗邪帝的利器。燕王则壮烈牺牲。
北冥雪修为太低，不是一个好的操纵利用对象。异魔改为企图依附在邪帝身上。邪帝虽然本是天魔一口气，却无意释放天魔，拒绝再被利用，反过来企图消灭异魔。异魔而不果，于是强行控制了铁心，借助铁心的身体，逃离女娲星槎。
但铁心内心良知未泯，异魔认为她始终不是一个好的合作对象，于是又放弃了她，改为找上被燕王废功的牛郎，蜕变为“异魔牛郎”。
百年前神道盟余孽再现，图谋报复邪帝和武林中各大门派。曾经在泰山夺刀一役中出现过的狂王再度现身，趁着邪帝不在的机会，抢走了魔兵帝恨和问菜。导致邪帝更加疯狂。
同时，神道盟又分别抢走了魔兵龙刃、神兵十方俱灭，魔兵无妄等武器。把东方雄、火凤凰、卓不凡、铁心等人分别囚禁起来。
正月十五，东方海阁一战。问天让燕王的女儿假扮问菜，欺骗疯狂的邪帝，然后从背后偷袭，重伤邪帝。然后又用奇金息壤封锁邪帝。邪帝及时清醒，却终于被封锁了右臂，无法使剑。
混乱当中，神道盟人马大举进攻，魔兵龙刃因为和神兵凤凰具有相同的力量，也能软化息壤，解除封印。邪帝一个大意，竟然被砍断了右臂。
因为断臂而再度疯狂的邪帝，强行以真气操纵自己右臂，施展出刀剑合一的第二神技，横扫全场。虽然有乐娃和西城秀树携新生的太虚和神舞两大神兵前来救场，也无济于事。
此时，女娲星槎、天晶、灵剑子、神舞等诸多和女娲有关的力量，联手出击，终于重创邪帝。邪帝再被息壤封锁，沉下大海。
但此时，宗主却和铁心联手，奋不顾身地前往抢救邪帝。问天等人精疲力竭，也无力再作追击，刺邪一战，就此落下帷幕。
之后，神道盟众人主持“大审判日”，要向当年曾迫害神道盟的武林门派进行大报复。养好伤势的问天回来，和西城秀树、乐娃等里应外合救人。神道盟众人陷入绝境，于是把心一横，引爆炸药，炸毁神道堡。
问天以女娲星槎救走被囚禁的一众武林人士。神道盟众人则把身上所有内力全部灌输给狂王，叮嘱他记得为自己报仇，然后与爆炸的神道堡一起，沉入冰海。
另一方面，灭鬼神重新当上天地盟的盟主，但其父亲灭穹苍回归，灭鬼神惊觉原来自己一直都被父亲欺骗了，于是与之发生冲突，催生出又一件魔兵“悲怒权杖”。最后，灭鬼神和灭苍生两兄弟失望离开。与父亲彻底决裂。
灭鬼神欲展开新生，于是来到杜康镇，找到灭苍生的师父“病出膏肓”，企图医治当年与宗主交手时，身中天神兵“天诛”一箭所留下的箭伤。
同时，宗主和铁心也已经找到了被息壤封锁的邪帝，并且以魔兵龙刃解除息壤封锁，让邪帝恢复自由。为了治疗邪帝的手臂，再加上要治疗武勇身上的廿七大限，于是他们也找上了隐居在杜康镇的“病出膏肓”。
那边厢，燕王竟离奇复活。原来先前他只是假死。在上天下地至尊功的帮助下，陷入假死，冰封自身以作自疗。治疗结束之后，修为大大提升，却再无争霸雄心，只以除魔救世为己志。
除魔救世，这个魔，就是异魔牛郎。它当日强行依附在铁心身上，接触了魔兵无妄，得到“模仿”和“学习”的异能。可以透过接触不同的魔兵，学习不同的异能。当十大魔兵的异能尽数集于一身以后，就能破除天网，令困于网中的元祖天魔得以复活。
杜康镇上，病出膏肓在宗主帮助下，治好了灭鬼神的天诛箭伤。然后邪帝为了报答解封之恩，也协助宗主，一起替武勇进行换血，以治疗廿七大限。
把神道盟所有人功力全部集于一体的狂王，恰好在这时候找上门来。铁心出手拒敌，率先败退。灭鬼神再出手，惨死于魔兵帝恨刀下。但总算拖延到足够时间，让换血治疗顺利成功。因为失血过多，宗主和邪帝选择联手对敌，终于彻底击杀了狂王。
神道盟之事完毕。邪帝和宗主也各自分别。此时，距离宗主的廿七大限，已经不足半月光阴。于是双方约定，十天之后的三月初一，在一水隔天这个地方，进行一场“巅峰决战”。以此印证武学至高境界。
天地盟方面。灭穹苍决心重振声威，和正道武林盟主南宫问天来一场大战，决定谁是武林至尊。但因为赤盖四阳功专注于火劲，长久修炼，五行失调，心脏负荷太重。全力运功的话，随时有爆心之危。
异魔牛郎找上灭穹苍，输入魔气保住他的心脉，企图借刀杀人。然后又把北冥雪掳走。但灭穹苍反而因此看破功名，不再执着于权欲。他把天地盟交托给问天，自己孤身离开，前往追杀异魔牛郎。却和徒弟燕王不谋而合了。或许，这就是修炼上天下地至尊功的伏羲传人之宿命。
在灭穹苍和燕王看来，异魔牛郎是最严重的威胁。但在武林盟主南宫问天看来，曾经屠戮天下的邪帝，才是最重大的威胁。所以，虽然妻子北冥雪被异魔牛郎掳走，但南宫问天仍然选择了前往一水隔天，观看宗主与邪帝的巅峰决战。
东方雄和火凤凰因为关心铁心，所以也强烈要求乘上星槎，跟随问天前来一水隔天。但等待了这么久，邪帝仍不见踪影。和邪帝一起的铁心也同样不知所踪。这如何不令东方雄和火凤凰二人，深感担忧了？