国家财政捉襟见肘，各省上缴的财税却不及前清政府的三分之一。究其根本原因，乃是体制的弊病。督军们既掌握着地方军权，又兼着行政长官，权力缺乏约束，上下其手，倾吞国资。中央政令也难以推行。
陆少阳深明此理，向孙中山痛陈利害，提出宪政前应由中央向各省委派代理行政长官，将督军们都调到北京来任职，地方卫戍部队则划归解放军总部统一节制。孙中山完全赞同陆少阳的意见，不过考虑到国家初立，许多方面还需要依靠地方势力才能平稳过渡，决定分两步走。第一步派员接管地方政务，推行军政分立，待时机成熟后再将督军们分批调入中央供职。
军政分立令下达后，损害了督军们的切身利益，但他们不便公开反对，于是使出了种种招数，阳奉阴违。名义上，各省相继设立了与督军府并立的省政府，中央委派的省长等行政官员也都入署办公了；实际上，地方财政早已被他们巧立名目抽干了，各级办事机关依然只看着督军府的眼色行事，省政府既没有财力，又得不到正确的信息反馈，不过是个空架子。
即便如此，督军们仍感到这不是长久之计。只有从根本上推翻军政分立才能保住既得利益。于是暗中勾结政府要员，在国会中制造舆论，声称“现在共和党人把持着解放军中的高位，如果再把地方部队划归其直辖，等于将军队领导权彻底交给了共和党。同盟会是中国第一大党，理应在各方面掌握国家主导权。”这种言论在同盟会内部很有煽动力，尤其得到了许多议员的支持。同时巧妙地把主要矛盾转移到了共和党方面。
事实上，此时的同盟会处境相当尴尬。一方面，同盟会革命较早，三民主义深入人心，国家体制也是以孙中山倡导的“三权分立”“无权宪法”为基础创立的，所以单就政治而言，同盟会无疑是中国第一大党。可是另一方面，同盟会却是个军事上的小党，以石铮为首的共和党人把握着解放军中的主要领导岗位。
在大多数中国政治家眼中，得军权者得天下，还有句格言是：“水至清则无鱼”。善于玩弄权术的人总是以“封官许愿”等物质刺激的方法，来召集网罗自己的跟随者。还有一种有效的方法是以“结拜兄弟”来拉拢有权势的人。按照西方的标准，有出色口才笔才，又有充分政治责任感和生活清廉的人，是非常理想的政治家。可是在中国污浊的政治土壤中，这样的人往往不配作为政治家。这是植根于中国人骨子里的封建政治逻辑，并不是一场共和革命就能解决的问题。
所以，当共和党人逐渐取得全国武装力量的主导权时，同盟会中一些领导人实际上都对共和党产生出深深的戒惧。即使在“自由民主”的美国社会，也没有任何一个政治团体愿意处于从属地位。如果共和党只是一个不足以构成威胁的小政治团体，同盟会的领导人们自然可以尽情发挥其政治胸怀，采取包容态度。
可是，也许是历史开了一个玩笑，由于石铮等人的横空出世，同盟会成了一个没有枪杆子的中国第一大党。解放军中的中高级指挥官，大部分毕业于汉口军校，石铮在军中的权威更加无人能及，就算是被同盟会勉强划出去的四、五野战军，在共和党将领眼中，这两支由北洋降军混编而成的部队充其量只能算是比地方卫戍部队强一些的“准野战军”。
在这个政治背景下，原本利国利民的军政分立案反而变成了共和党进一步控制军队的威胁。同盟会以及主要由同盟会员组成的临时参议院中，反对呼声日益高涨。
孙中山对此看得一清二楚，深感若不采取有力行动，不但军政分立难以推行，国家的内政外交均要受到党争影响，在一次与陆少阳的恳谈中，孙中山愤言道：“同盟会的会员不听总理的话，还要我这个总理干什么？在我看来，同盟会也好，共和党也好，能把这个国家治理好的政治团体就可以主政。”
陆少阳也诚恳道：“我共和党人对先生的革命品格没有丝毫怀疑，和同盟会的合作也是真诚的。不过恕我直言，同盟会中龙蛇混杂，许多事情不是依靠党内民主机制就能解决的，必须在一定程度上确立领袖权威。”孙中山沉思良久，长叹道：“看来，同盟会是非改组不可了。”
半月后，孙中山在北京召集各省同盟会负责人，讨论改组问题。共和党主席陆少阳应邀参加。孙中山在会上重申了与中国共和党精诚合作，共建新中国的总方针。经研究决定，同盟会更名为中国国民党。陆少阳被孙中山指定参加由宋教仁、胡汉民等9人组成的国民党党务改进起草委员会，起草同盟会改组方案并草拟国民党党纲和党章草案。
1914年1月18日，中国国民党成立大会在北京召开。孙中山在会上发表了“致国民党员书”的党内通信，信中痛心地指出了当前党内出现的分歧及严重后果。他说，共和革命以来，虽屡经失败，然“失败之惨烈、不及党争之严酷”。他在信中提出了今后的对策方针，并作了自我批评：“党内纪律松弛，以致泥沙俱下，内乱将起，党争不除，国无宁日”。决意彻底改组国民党，严肃党纪。提出：“训政期间，党国一体。国家行政命令等同党的最高决议，凡我国民党员必须遵从执行，有异议者以叛党论处。”
此文立刻遭到了黄兴的坚决反对，黄兴认为，临时总统相对于民选总统来说，拥有的权力太大，所谓“党国一体。国家行政命令等同党的最高决议”，就是将拥有极大特权的临时总统凌驾于党的民主决议之上，这是变相的独裁。
但孙中山决心已下，立场毫不动摇，于是国民党两大巨头便在会场上发生了公开争执。与会众人慑于领袖权威，大多默不作声。黄兴一气之下，竟然拂袖而去。
天津港码头上，孙黄两人依依惜别。孙中山面容憔悴，苍凉道：“同盟会成立以来，不论局势如何艰危，你我都是肝胆相照、同舟共济的，如今革命成功了，孙文却留不住你了。”黄兴目视远方，沙哑道：“先生的做法黄兴不能赞成，但是黄兴从来没有怀疑过先生的人品。这些日子我思前想后，国民党可以没有黄兴，但是不能没有先生。我如果留在国内，难免要为小人利用，使我党走向内部分裂。黄兴——不得不走！”
*缓缓离开码头，渐行渐远，终于消逝在水天交际之间。孙中山依然如岩石般凝立着，直到日落西山。
国民党内威望资历足以与孙中山比较的，只有黄兴与宋教仁两人。黄兴出走海外，为的是避免党内分裂。可惜事与愿违，孙中山虽然可以利用其个人威信暂时压制住党内的反对派，但国共之间存在的问题并非两党巨头的争斗，而是两大政治利益集团的矛盾。
事实上，孙中山坚定不移地走亲共路线，已经触动了国民党内大部分人的利益，军政分立更加是他们不能接受的。本来黄兴是替代孙中山的最佳人选，可是黄兴走了；宋教仁也是一个理想人选，可是宋教仁是孙中山亲共路线的忠实追随者。于是——
1914年3月20日晚10时，上海。临时参议院议长、国民党中央执行委员会委员长宋教仁出现在沪宁火车站上，即将搭乘火车返回北京。黄兴出走后，身为国民党三大巨头之一以及孙中山的坚定拥护者，此刻的宋教仁已是国民党内外公认的总理接班人了。
这次宋教仁是奉孙中山之命南下，视察各地军政分立的推进情况。初到江南之时，就收到了一本附着匿名信的空白支票，信中称此票可以自由签发，绝不退票。宋教仁自然明白支票主人们的用意，只要他改变立场，不仅可以得到巨额金钱，还能得到反对派的全力支持，甚至有希望直接取代孙中山在党内的地位，这本支票只不过是颗小小的探路石。宋教仁作为一名矢志不移的革命家，自然不会为其所动，当着众人就把支票销毁了。
在其后的视察中，宋教仁铁面无私地执行中央政令。所到之处，对不遵党纪的地方大员毫不留情，以总统特派员和中执委的党政双重身份，临机处置了十多起省府与督府之争。此刻已是回京复命的时候了。
10时40分，宋教仁和前来送行的于右任等人一一握手道别，反身走进检票口，正当他把车票递给检票员时，枪声响起。
宋教仁用手捂着腰间，身体摇摇欲坠，大声叫道：“有刺客！”众人大惊失色，喊叫着围了上去，只见他腰部一片血污，显然已受了重伤。
在前往医院的途中，宋教仁神志还相当清楚，用力拉着于右任的衣袖，喘息道：“我痛得很，恐怕活不下去了，现在有三件事情奉托你：1所有在南京、北京和东京存的书，全部捐入南京图书馆；2我家很穷，老母尚在，我死后请各位替我照料；3请各位继续奋斗救国，勿以我为念放弃责任。”众人含泪答应。
三日后，宋教仁因枪伤过重，不治身亡，遗体国葬于上海江湾，孙中山悲愤难填，亲笔题写了一副极沉痛的挽联：“作民权保障，谁非后死者？为宪政流血，公真第一人！”墓地在上海闸北，为表示纪念，称作宋园。墓前塑造了一座铜像，作支坐侧思状，下面为石座，石座上有章太炎的阳篆“渔父”二字，于右任撰书刻铭：“先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之，吾又何纪，为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。嗟嗟九泉之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地。呜呼！”
宋教仁遇刺案，使得早已是风雨欲来的中国时局，更显扑朔迷离。这也是新生的中华共和国最耸人听闻、触目惊心的事件。一时间，宋教仁为什么被刺？是什么人行刺的？其幕后主使者又是什么人？各有说法，各种谣言不胫而走。不过最具有可信度的只有两条。
一是说国民党内讧，众所周知的是宋曾经与孙中山、黄兴以及国民党内一部分人政见相左。如南京政府时代，宋坚主责任内阁，而孙中山则坚决不作没有实权的总统，力主总统制；国民党的改组，宋的策划和贡献很大，因而成为党内第二号领导人，许多人对他很不满。
第二种说法是共和党干的，宋教仁充满激情，才华横溢，领导下的国民党又是中国第一大党，自然威胁到共和党的存在。这种言论很具有煽动性，进一步激化了许多国民党人的排共情绪。
众说纷纭之际，一个精心策划的巨大阴谋即将浮出水面。