天启二年八月，郑芝龙所部中华军及华人民兵总计6000余人，经过一个月的战斗—实际上是一路烧杀破坏，终于与南洋舰队以及台湾舰队南洋分遣队在北大年海岸边会合了。此时的海面上共计有中华军海军的两艘三桅战列舰，十余艘纵帆战舰、十余艘福船炮舰，近百艘各种辅助船只。
北大年女王一路被押解北上，亲眼见到沿途马来人村寨城镇都被付之一炬，无数的土著百姓被杀，无数土著百姓成了俘虏。在中华军北上行进队伍的两侧，几十里范围内几乎被华人民兵搞成了无人地带。
在柔佛境内，柔佛苏丹马未沙二世组织他所剩无几的部队抵抗，结果遭到郑芝龙部和南中国海方向麦大海海军舰队的夹攻。
这个柔佛苏丹国的历史和华人密切相关，是郑和支持下建国的马六甲苏丹王朝的直接传人。在1511年马六甲被葡萄牙人占领后，苏丹马末沙逃至柔佛民丹岛，建立了柔佛王朝。苏丹马末沙企图从葡萄牙人的手中夺回马六甲。葡萄牙人终于在1526年从印度果亚派遣舰队攻击并摧毁了民丹岛，苏丹马末沙仓皇逃到苏门答腊甘帕（Kampar）并于1528年驾崩。其长子苏丹阿拉乌丁二世（Sultan Alauddin Riayat Shah II）继承遗志创建具马六甲王室血统的柔佛王朝（亦有史册认为苏丹马末沙为柔佛王朝创始人），定都旧柔佛（马来语：Johor Lama），实行***教义为主的政教合一政体；其兄弟苏丹穆沙法沙（Sultan Muzaffar Shah）则远赴霹雳建立新王朝。
柔佛王朝除了要应付葡萄牙，还得对付苏门答腊北方的劲敌 - 亚齐。
三方之间互相攻伐，多是柔佛王朝占下风。1564年，亚齐人攻击柔佛，柔佛国受到洗劫，苏丹阿拉乌丁二世也被掳走，随后在亚齐被杀。其后五十年内，柔佛多次发生国都遭亚齐焚毁、苏丹遭掳杀的屈辱事件。柔佛曾经控制了柔佛、廖内与苏门答腊的一部分，在第二次南洋大战后，中华军夺占马六甲时，柔佛苏丹只能管辖马来半岛最南端的那块土地了。
这一次柔佛苏丹国由于跟着亚齐反华，迎来了又一次洗劫。这一回浩劫，柔佛王朝的王室成员也没能逃脱。苏丹马未沙二世亲自带兵抵抗中华军，在柔佛城外被中华军舰队炮火打死；大王子易普拉幸在马六甲围城战的最后一天被俘虏，二王子在麦大海的台湾陆战队用轰天雷臼炮轰炸王宫时被炸死。
郑芝龙的部队非常痛恨柔佛人的背叛，因为很多马六甲守备团的士兵就在本地置业，他们的财产损失很大，最大的祸首就是土匪一般的柔佛军队。因此，郑芝龙以追查逃亡中的柔佛首相为理由，下令对柔佛进行彻底搜查后，他的直属部队和民兵对柔佛进行了一次彻底地洗劫和屠杀，一场大规模的种族清洗。他们任意闯入土著居民家中烧杀抢掠，或者在当地华人带路下闯入贵族领主家中抄家。遇到抵抗的地主贵族，马六甲守备团士兵就用大炮说话，连人带房子轰成碎片。只有那些与华人华侨关系不错的柔佛商人得以躲过一劫—他们躲入了那些华人富商家中，或者躲在了中华商馆内。
在这一次马来人反华之乱中，柔佛的华人受到了财产损失，中华商馆被柔佛苏丹卫队抢掠一空，不过，华人们的人身安全并没有受到侵害，基本上没有人被杀。因此，在郑芝龙部队开始全城洗劫时，一些柔佛人就得到了华人们的保护，得以幸免与难。
长时间屠杀后，到当晚后半夜，民兵们首先开始嫌麻烦--开枪射杀、刺刀挑死、砍刀砍死这些毫无反抗的人实在太麻烦。一些华人民兵组织（主要成员为前海盗分子的）将大群土著人不分男女老少捆在一齐，形成一长串人链，强行带到海边后，民兵们把大捆的手雷点燃后抛入人群，活活将人群炸成血肉模糊的一堆堆尸体。
火光在柔佛城内彻夜不熄，被杀死的柔佛土著抛尸路边，上万具尸体汇集起来的血水，在早晨的阳光下，染红了柔佛海滩。
麦大海指挥的舰队一部分来自台湾舰队，一部分隶属南洋舰队，只是马六甲成为南洋舰队主基地才一年，他们原先驻扎在雅加达和马尼拉。因此，中华军海军方面对柔佛没有什么私仇。他们对马六甲守备团及民兵们的行为非常吃惊。麦大海派人连夜上岸，好不容易在刀光血海的柔佛王宫内找到了郑芝龙。他警告郑芝龙，柔佛国内很多土著商人和中华公司有贸易联系，郑一官想报仇雪恨，可以！但是不要因此损害了公司的利益。
这时，郑芝龙的舅父黄逞被牵连进朝廷内奸案一事，尚未传到马六甲。
船主大王大舅子的面子，郑芝龙还是要顾着一点的。他自己也觉得，这场大清洗搞得有点过火了。毕竟，凭他自己手头的部队，不可能清除掉所有土著。在事情平定后，这些土著依然是华人庄园、工厂的劳动力，还会是马六甲镇守府的征税对象。郑芝龙忽然觉得自己可能犯了错误，赶紧下令在全柔佛范围内结束大搜捕。
但是，此刻那些杀红了眼华人民兵已经无法压制自己的欲望，连中华军马六甲守备团某些部队也参加了大规模屠杀抢掠行动。派出去宣布命令、重申军纪的监军部人员，甚至也参加了抢劫和屠杀。
郑芝龙花了整整两天时间来收拾局面。
依靠海军部队的监军部人员，以及麦大海从舰队派来的五百陆战队士兵，郑芝龙总算恢复了柔佛城及周边地区的秩序。他处死了几名开拓团民兵的小头目，公开责打了十几名民兵头目的屁股。但是，郑芝龙以战时需要为理由，阻止军法官调查参与抢劫屠杀的中华军军官，马六甲守备团中没有任何人受到军法惩治。
在柔佛停留了五天后，郑芝龙所部开始继续北上。麦大海的海军舰队在前一天已经拔锚启航，北上北大年沿海。
北大年传说的开国君主是一个女王，以后这个***教徒居多的小邦国就经常出现女王。从13世纪开始，北大年就臣服于暹罗素可泰王朝,继又臣服于阿瑜陀耶王朝。除朝贡外，内政仍独立，曾向明朝朝贡，明朝称其为大泥。在大明朝眼中，大泥是属国暹罗的附庸国，属孙子辈的，所以并不加以重视。嘉靖、隆庆年间许多中国海盗在国内混不下去，就跑码头来到北大年。比如著名大海盗曾一本就曾经来到北大年，信了***教后成了本地的海关总长，还为北大年女王铸造大炮。这一次南洋马来人反华叛乱，这些大炮有几门就被用来攻打华人驻守的马六甲城了。
因为国内有了很多华人助阵，因此每逢暹罗势弱，北大年就会企图自立。
北大年是东西航程之要冲，宋代就与中国、印度有通商往来，华人流寓者甚多。16世纪以前，由中国的帆船长途运载陶瓷器和丝绸等货物，来自印度的纺织品，以及北大年附近各国的胡椒、黄金等其他土产云集于此，互相交换。当地商人把货物输送到爪哇、苏门答腊和苏拉威西的望加锡等地。
西方与北大年通商以葡萄牙人为先导，荷兰、英国商人接踵而至。1601年荷兰联合东印度公司在此设立第一个商馆，1612年英国东印度公司商船也到此通商，并设商馆。第二次南洋大战后，中华军强行将葡萄牙和英国的商馆赶出了北大年，近年来中华公司在东南亚独大，垄断东西方贸易。北大年人因此妒忌华人，这一回的南洋马来人大叛乱初起之时，北大年就已经蠢蠢欲动。
北大年名义上的宗主国暹罗，在几年前也没想过和中华公司作战。第二次南洋大战之前，葡萄牙人、荷兰人、英国人的商馆在大城府和中华商馆比肩而立，贸易繁荣，税收年年增加。这时，中华公司还没有实力完全控制泰国湾。
而这几年一来，中华公司控制了马六甲海峡，只有葡萄牙人才能进入马六甲海峡以东地区进行贸易。因此，大城府的荷兰人、英国人被中国人赶走了。所有海外贸易全由中华商馆和葡萄牙人两家垄断，暹罗人被打压货物价格，吃亏不小。现在，暹罗只能在马来半岛西北端、马六甲海峡的印度洋这一面，也就是另一时空的旅游圣地普吉岛沿海地区与西洋白人做一些生意。由于此地距大城府足有千里，交通不便，贸易情况很不理想。
同一时期，暹罗的死敌--缅甸由于面临印度洋，中华公司还无力垄断印度洋海上贸易，因此缅甸王国成了欧洲人眼中的黄金宝地。大批欧洲人进入缅甸沿海，缅甸由此成了转口贸易的最大收益者。
暹罗人嫉妒到发狂，乘着此次马来人在南洋大肆闹事，出钱出武器鼓动北大年人去攻打马六甲。
北大年在利益受损、嫉妒羡慕恨之中受到背后宗主国老大挑唆，立刻举起了反中华公司的大旗。在亚齐出兵马六甲城的消息传来后，北大年女王立刻发兵攻打本地中华商馆。猝不及防的北大年中华商馆被立刻攻下，数十名商馆护卫队成员被杀。商馆内所有华商被抓，所有财物被劫掠一空。
然后，北大年女王得到了暹罗国的奖励，一批暹罗出产的火绳枪和弹药。再然后，北大年女王亲自带队出发，南下攻打马六甲城。
最后，北大年女王带着全军向中国人投降，她自己被当作俘虏，一路上被困在一辆毛驴拖拉的囚车中，一路颠簸回到了北大年。