由于有马六甲要塞的屏障，中华军成功击退了来自不同方向的多次进攻。
为了攻陷马六甲，亚齐人倾国而出，在柔佛人、北大年人的帮助下，整整围攻了马六甲城5个月。为此，苏门答腊的马来人叛乱很快被终止，巨港苏丹国因为没有了亚齐的支持，在三月间被华人开拓团和南洋舰队陆战队打败，不得不向中华军投降。
在此期间，马六甲的居民被困在城中，最大的问题是缺少食品供给，四万余平民、6000多武装人员不得不食用野猫和老鼠，甚至不得不在三宝山华人公墓边上挖野菜。
其实作为南洋行军总管所在，作为苏门答腊、马六甲商业区及各地农庄、勿里洞锡矿区的赋税集中地，马六甲原本有着充足的粮食储备。前一年，为了辽东之战的军粮和赈济需要，中华公司庞大的海上运输能力将南洋地区出产的粮食都尽量向北运。结果，在天启二年二月底马六甲被围后，城内的食品缺乏成了大问题。至于弹药倒是没什么问题，这里原本就有葡萄牙人留下的小型兵工厂，后来被中华公司加以扩建，可以制造颗粒火药和火绳枪，修缮燧发火枪。火药原料是早几年从吕宋镇守府兵工厂运来存储着的，在五个月围城战中被用掉了大半。
到七月底为止，马六甲城内由于饥饿、疾病和各种战斗伤死去的人已达4000人。其中战斗伤亡不过近千人而已。
赵宣明守卫澎湖岛、雅加达的经历已经成为中华军统治区的传奇，在马六甲保卫战中，他再次完美组织了一次守城战。中华军及华人武装充分利用自己手中的先进火器，凭借马六甲城堡良好的工事，用最小代价，给那些冷热兵器混用的土人兵士以最大杀伤。
但是随着周边华人据点陆续陷落，赵宣明不得不一次次派兵出去救援各地华人，尽力把他们救回城来。这样，中华军和华人民兵不得不在出城时与大队马来人恶战。在不利于发挥火器威力的田间地头、红树林中，中华军士兵挺着刺刀、民兵们挥舞砍刀、长矛和马来人进展肉搏，伤亡不小。华人武装力量在马六甲围城期间的战斗伤亡，大多数都是发生在出城作战时。而救回城中的华人百姓，陆陆续续有五六千人，大多数是一无所有死里逃生，无疑又增加了城内的粮食危机。
五月间，得到求援信息的南洋舰队爪哇分遣队主力还在清剿各地爪哇叛乱者，只派出几艘纵帆战舰回援马六甲，但是面对成百上千的马来人帆船，没能打破马六甲城的包围圈。最后他们只能和飞鹰号战列舰一齐，依托淡马锡岛封锁海峡东南出口，防止亚齐人船队从海上包围马六甲城东。在马六甲城东围城的是柔佛军及马来半岛上其他杂七杂八的马来叛乱者，完全彻底的一盘散沙，象土匪一样忙着攻打各个华人农庄，战斗力比亚齐军差多了。因此，马六甲守军在这个方向只放了几支华人民兵武装防守。
第六师在婆罗洲的部队得到赵宣明求援信后，收拢了在各地镇压叛乱的部队，会合平定了那些本地叛乱的华人开拓团，在新崖州港口集结了近六千人马，二十门大炮。但是，此时是婆罗洲海面无风季节，天气情况导致部队无法及时出发前来援救。只有一艘飞剪船-通讯舰驶出新崖州港，带着一百来号精锐战士前往马六甲，给守城的人们带来了聊胜于无地援助。
不过，他们成功为马六甲城守军带去了三架雷击蜂窝枪---在辽东战场上发挥了重大作用的手动36管速射枪，为守城战带去了利器。此时，速射连发枪还没有在参加辽东战役以外的中华军中配置，马六甲守军原本只有城堡正门有一架100管的暴雨枪。而第六师也是刚刚从台湾兵工厂接收到这几支速射连发枪而已。
另外，海南岛的南洋舰队分遣队拥有一艘载70门大炮的飞字号战列舰，十多艘各种型号其他战舰。在得到求援信后，他们确实加紧了换装新式大炮的过程，在四月间就准备好南下支援马六甲。但是，还是因为天气原因：一场早早到来的台风袭击了海南岛全境，停泊在琼州港口的舰队船只全部都受到了损坏。
得到告急信的台湾中华军总部，不顾本岛兵力空虚，抽调第二舰队-台湾舰队的船只南下支援，结果也是在半路遭遇这股台风，分遣舰队的提督-被从舰队总管位置上撤职的台湾舰队副总管麦大海最后不得不带着本部舰船来到琼州港，和南洋舰队船只一起接受紧急抢修。
尹峰此时在为江南新军叛乱一事操心，得知麦大海的信鸽报信后，不得不长长叹息一声：风帆战舰时代，无论哪国的舰队，被大自然玩弄时都是无可奈何的事。他的辖区实在是太大了，从南到北横跨万里海疆，最快的通讯舰从辽东到爪哇跑一趟，一般情况下得一个月。在辽东集结的台湾舰队分遣队现在正在南下，四月间刚刚到达琉球。
如今，只能指望马六甲城能够多坚守一段时间了。尹峰同时向吕宋镇守府发出命令，让那里军火工厂加班加点生产，为下一步对南洋的大反攻作准备。
时间很快到了七月，郑芝龙由锡兰岛返回，带领南洋舰队在印度洋的分舰队和海南、爪哇的分舰队齐聚马六甲海峡，台湾舰队分舰队及第六师支援部队也到达了淡马锡河口。
马六甲战场上，亚齐人攻城时死伤惨重，在天启二年四月之后就采取了围困的战法。马来人联军根本就无法做到联合作战，只是各围一边各自作战，互相之间无法配合作战。亚齐人在西、南两面发动进攻，两外两面的盟军却是毫无配合作战的表现。
亚齐苏丹阿拉坦亲临战场，召集邀请柔佛苏丹、北大年女王前来商议，结果只有各家的领兵将领前来会面，没人有决定权。与盟军的会商毫无结果，亚齐苏丹决定单干。他布置部队分兵焚掠各地华人据点，同时，他在几个欧洲人顾问建议下，在马六甲陆地这一面挖掘长濠，每隔百步设立竹制望楼一座，驻兵防守。晚间在望楼上点燃火把，沿长濠绵延十余里。
这项工作遭到城内守军不断出击破坏，结果亚齐人不堪其扰，望楼经常被袭击后点燃成夜色中的大火把。等亚齐人把全部长濠工程完工，中华军各路援军也就到了。
七月份，尹峰制定了《地方议事会法》、《商法》和《海外开拓地法》，派出通讯舰送往各地。就在这时，中华军在马六甲城周边地区开始了反攻。同一时期，基本平息爪哇岛的中华军及华人开拓团在苏门答腊岛东岸登陆，会合巨港华人武装向亚齐王国的腹地进攻。亚齐军除了苏丹亲卫部队外，大多数也是有多个地方封建主私兵组建的部队。在自己的老巢受到威胁，腹背受敌，攻城无望的情况下，在中华军发动反击的第一天，数万亚齐封建小邦主的私兵首先崩溃。这些已经完全不成队伍的亚齐人纷纷夺船渡过海峡，想要逃回苏门答腊岛去。南洋舰队的战舰全力封锁海峡，火力全开，炮口下毫不留情，马六甲海峡东南段彻夜被火光照亮。
第二天的早晨，台湾分遣舰队出现在柔佛海岸线上，麦大海除了将柔佛港口用大炮轰成了平地，还派出1000名水手陆战队直掏柔佛苏丹的老巢。
中国人开始反击的第二天早晨，郑芝龙带领的南洋舰队陆战队主力、马六甲守备团一个营及部分华人民兵，也在马六甲城西海岸登陆，直接攻击亚齐苏丹的大营。这是马六甲城周边唯一还保持着基本纪律的亚齐军队。
同时，第六师主力也在苏门答腊岛登陆，开始向亚齐国深远腹地推进，目标指向首都亚齐。同时，南洋舰队的战舰基本控制了海峡的东南段。马六甲城下十万马来人联军在中国人发起反击的第三天，基本上就完全瓦解了。
北大年女王的军队一直在马六甲城北面扎营，虽然在马来联军中火器最多最好，却也是作战最不积极的一家。他们实际上面临的也是马六甲城堡靠山的一面，地势相对险要，易守难攻。长达近五个月的围城期间，北大年军队只在开始发动过两次攻城，每次在密集枪炮下死伤数百人，中华军伤亡可以忽略不计。此刻，他们却被第六师一团、马六甲守备团主力重点攻击。
圣保罗教堂的钟楼，算是圣保罗山上的最高点了。刚刚从西门入城的郑芝龙，副守备张魏，赵宣明等人都挤在钟楼里拿着望远镜向北方瞭望。
整个马六甲周边地区，此刻到处是枪炮声、喊杀声，硝烟四起，密密麻麻的马来人联军已经分散成无数小股，向四面八方逃去。
年轻的郑芝龙崛起很快，不过赵宣明上校毕竟是中华军初建时期的老人，在中华军内赫赫有名。因此郑芝龙虽然军衔是中校，还是统辖马六甲地区所有部队的南洋行军总管，但是他对赵宣明却不敢自持身份，保持着弟子的恭敬态度。当然，这位船主大王面前的大红人心中，确实怎么想则是另一回事了。
此刻郑芝龙结实的身子候在赵宣明身后，笔直地以标准军姿站立着。赵宣明举着望远镜看了一会，点点头道：“不错啊，你的锡兰岛民兵已经掐断北大年人的后路了。这里回北大年就这一条路，后面还有柔佛地界，麦大哥估计已经带人占领柔佛苏丹王宫了……北大年女王看样子回不去了。”他回过头，见郑芝龙一直立正在自己身后，笑了笑道：“行了，郑上校，我得南下苏门答腊了，这里的局面就交给你了。这里是你的地盘，我想把那几挺蜂窝雷击枪带走，打亚齐时能用上。这没问题吧？”
郑芝龙笑笑道：“赵师长说笑了，这几挺枪本来就是你的第六师支援过来的。马六甲局势大定，剩下的虾兵蟹将无需过虑，最多就是和北大年的上家老板暹罗还有点麻烦……您放心去吧，粮草火药什么的，我负责解决。”
“可惜放跑了亚齐苏丹，……你确定他已经渡海逃了？”赵宣明开始收拾手头的家伙，整整服装打算出发了。
郑芝龙依旧保持立正姿态，点头说道：“没错，南洋陆战队俘虏到了亚齐首相，是他供认苏丹阿拉坦只带十余侍从，在昨夜渡海逃跑的。因此，今天一开战，他的亲卫军也全部瓦解了，我们缴获了大量苏丹留下的财宝。”
赵宣明走向楼梯口，忽然想起什么似的，回头对郑芝龙说道：“关于暹罗国的事，船主大王没有什么指示吧？”
郑芝龙摇摇头：“我没接到直接的命令。”
“好吧，你是马六甲守备，这里的事你看着办，尽量别给船主大王惹麻烦，暹罗毕竟是大国。”赵宣明说完，举手敬礼，转身下楼。
郑芝龙直到赵宣明身影消失在楼梯口，才收回自己敬礼的收，转身拿起望远镜向北面瞭望。张魏跟着上前，笑嘻嘻道：“怎么了郑老大，被人抢了功劳，心里不舒坦了？”
郑芝龙冷笑：“这功劳该是谁的就是谁的。我们回来迟了，这没话说。”
他看了一会放下望远镜：“命令各开拓团明日在城北集中，我们守备团也将所有兵力集中到那里，准备北上作战。”
张魏点头道：“我立刻去下令，……不过，我们真的要和暹罗开战吗？”
“北大年是暹罗属国，此次马六甲围城之战，北大年参战，就意味着暹罗插手马六甲。我们北上问罪暹罗，这是顺理成章的事。”郑芝龙笑着指指北方：“我们在印度洋锡兰岛已经打下一片偌大土地，北大年这块土地正等着我们去呢！”
忽然，他脸色一沉：“不过，在北上之时，我们还得把一路上的祸害清洗干净！”