5月日，孙中山正式任命蒋介石为中国国民党陆军军官学校校长兼粤军参谋长。孙中山任校总理。以主义建军是孙中山开办军校一条重要原则，军校由总理、校长、党代表组成校本部，作为军校最高领导机关，隶属国民党中央执行委员会。
国民党“一大”后，加紧了军校的建设，选定的校址为广州黄埔长洲岛。这里还是荒草丛生，野兽出没，几排残破的房子，孤零零立在那里。几排残破的房子原是一所废弃的陆军学堂，为清末两广总督岑春煊的幕僚提议创办，不久又停办，校舍荒芜，先还有区政府当作仓库，后来就无人问津了。孙中山以大元帅的名义，将这个旧址拨给军校用，因为校舍太少，又将左邻的海军学校也拨给军校，并征用了南堤的一座三层洋楼，作为军校的筹办处。军校经过大面积的修复，又盖了一些木棚，算是有点规模了。
关于校长的人选问题，孙中山不是没动过脑筋的，开始他准备让粤军总司令许崇智担纲，后来因许崇智事务过多，而且他自恃有功于国民政府，骄纵自大，处事不太公平，部属多有不满。后来，孙中山又打算启用程潜，而以蒋介石和李济深为副校长。这也是蒋介石在建校初期，忽然离开广州的一个因素。国民政府内，蒋介石资历尚浅，最终使孙中山下决心把军校交给蒋介石也是看到他身上的一些无畏的特质。蒋介石吃透中国文化，做人低调，其离开广州有“以退为攻”之嫌，也许是无意，但不得不说他确实有政治家和领袖的天赋。
蒋介石担此重任后，地对筹备委员王柏龄说：“茂如（王柏龄字），说起来你我也算老北洋的尾巴，新旧军校也都谙熟，又能带兵打仗，为弟有一事想请教，军队给你最深的印象是什么？”
王柏龄，字茂如，江苏江都人。早年毕业于保定陆军学堂，后留学日本，入振武学校，参加过光复上海、南京战役。孙中山二次革命失败后，又流亡日本，继续求学，毕业于日本陆军士官学校炮兵科。王柏龄听到蒋介石问他这话，有些摸不着头脑，说起来他们都是振武学堂的同窗，相互之间倒也没什么顾忌。王柏龄说：“你比我见过更多的世面，也是一步一步熬到现在，要说印象，最深的恐怕就是没兵就没有权呀。要是总理头十年就办这个军校，现在该成为中原的霸主了。”
蒋介石听完，眼里放出一道亮光说：“想不到，茂如心胸如此之大，此时真有些涸辙之鱼了。我亦有同感，这个军校就是革命军的本钱，也是咱们当军人的本钱。刚才你说总理十年前就办了这个军校，将来如何如何，那是过去的事，要是让我说，再过他十年，茂如所希望的在中原称霸，就不是异想天开了。”
王柏龄一直把蒋介石当作孙中山的真诚追随者，听到他说这话，深有感触，以为蒋介石胸藏大业，非等闲之人，不由心生敬意。从此，对蒋氏的忠心耿耿，可谓至死不渝。
194年6月16日，军校举行了隆重的开学典礼。
孙中山选择这个日子，是有意图的。这天正是陈炯明叛变、孙中山蒙难两周年纪念日。总理要让学员毋忘前耻。当日清晨，孙中山偕夫人乘江固号炮舰，顺珠江而下，前往黄埔参加陆军开学典礼。黄埔离广州市区约二十公里，江固号兵舰直达军校码头，全校师生在蒋介石的带领下，立于两旁，军乐队奏起了雄壮的乐曲。蒋介石精神抖擞，特地穿着崭新的军装，扎着武装带，在接待的官员中，显得十分突出。蒋介石、廖仲恺、邓演达、戴季陶、叶剑英等陪同孙中山等人在校长室稍事休息后，参观了教室、宿舍、资料室、图书馆等各处，并接见了军校的教官和各队队长。然后，全校师生会集大礼堂，聆听总理演说。
陪同孙中山的，还有夫人宋庆龄、胡汉民、汪精卫、林森、张继、外交总长伍朝枢、军政部长程潜、湘军总司令谭延闿等要人。孙中山在演说中说：“中国革命所以屡遭失败，就是由于我们革命，只有革命党的奋斗，没有革命军的奋斗；因为没有革命军的奋斗，所以一般官僚军阀便把持民国，我们的革命便不能完全的成功。我们今天开办这个学校，是有什么希望呢？就是要从今天起，把革命的事业重新来创造，要用这个学校的学生做根本，成立革命军。诸位学生就是将来革命军的骨干，有了这种好骨干，我们的革命事业就能成功。今天在这里来开办这个军校，只有一个希望，那就是创造自己的革命军，来挽救中国的危亡……”
这个演讲，历时整整一个多小时。
仪式开始，大家向党旗三鞠躬，胡汉民代为宣读孙总理训词：
三民主义，吾党所宗，以建民国，以进大同，咨尔多士，为民先锋，夙夜匪懈，主义是从，矢勤矢勇，必信必忠，一心一德，贯彻执行。
孙中山对黄埔军校的训词，后来蒋介石在南京定都后，被定为中华民国国歌。黄埔军校还规定了国民革命军军歌：
打倒列强，打倒列强，除军阀，除军阀，国民革命成功！国民革命成功！齐欢唱！
蒋介石，表现出自己是孙中山先生的真正追随者，这段日子每天五点起床，競业职守，让人刮目相看。军校的开始，也是困难重重。蒋介石一直不太希望苏俄插手，但由于孙中山的干涉，出色的军事教官加伦利用自己独特的军事天才，把这个军校的战术课程搞得不是比较有声有色。目前，军校仅得到广东银饷局每月五千元的帮助，更多要靠自己想办法。军校第一期招收了三百五十名学员，而军校仅有三十支枪，只够看门站岗用，就在最为困难时期，蒋介石也只能接受苏俄无条件赞助军校二百万元现款和八千支步枪，十支手枪，每支枪各带子弹五百发。
在苏俄的帮助下，黄埔军校发展很快。蒋介石虽然有自己的观点，基本还是和党代表廖仲恺保持一致的。当时的统一战线，对蒋介石也有影响。此时，另一位二十四岁的青年军官，从海外来到了黄埔军校，任政治部主任。他就是在革命者中已经很有名气的周恩来，字翔宇，浙江绍兴人，六岁开始读私塾，先后在沈阳和天津读书，又东渡日本留学，五四运动时回国，参加了天津五四爱国学生运动，同郭隆真、邓颖超等人发起组织觉悟社，在领导天津学生示威游行时被当局逮捕。出狱后，周恩来前往巴黎勤工俭学。周恩来来到黄埔军校，无疑给这所军校注入了清新的空气，也正是从这时起，蒋介石才同中共方面的高层领导人有所交往。
正当广东的局势蓬勃发展之时，一股逆流冒了出……
一直虎视广州的陈炯明，在汕头召集部将林虎、洪兆麟密谋，想乘联军不备，大举反攻。
陈炯明也和直系达成协议，曹锟任命林虎为广东军务督理，洪兆麟为潮梅护军使，一方面他们又命孙传芳为闽粤边防督办移驻闽南，并给予进攻广东的指挥权，同时又调陕军胡景翼南下支援。直系是想借此加速陈炯明的叛军攻势。
军阀的特点就是有奶便是娘，无信义可言，最后把陈炯明抛开，以林虎统御广东。直系的这纸命令，实际上加速了本来就离心离德的叛军的分裂，洪兆麟、叶举等人，也不敢造次，生怕失去原有的地盘和兵力，加之东江一带水灾连绵，军事行动实为困难。
突然的变局，陈炯明想靠直系力量重返广州成为梦想。
外国的反动势力，一直对孙中山不满，因为孙中山政府对滇、桂军阀所应允的卖国条约，一概不承认，并加强实施自己的经济计划，他们便在香港帮陈炯明成立了大本营，同时，利用广东的买办阶级，输送军火给他们成立所谓的商团。
对陈炯明来说，如果商团在广州城内起事，他可利用现有兵力，里应外合，把孙中山的革命政府颠覆掉。
广州商团是买办、豪绅的地主武装，原有团员三千余人，团长就是英国汇丰银行广州分行的买办陈廉伯，由于他们不断扩大，现已有万余人。因为广州政府宣布抽收铺底捐，以便统一马路业权，商团便在海外反动势力和陈廉伯的策动下，公然罢市，装备自身，以求对抗政府。紧急的情况下，省长杨庶堪无奈收回成命。这一来，陈廉伯过高估计商团的力量，他通过金钱打通关节，领得购枪执照，并向挪威商行购长短枪九千余支，子弹一百一十万发。
8月8日，新任省长廖仲恺正在公府内，黄埔关有人求见。
来人是检关的负责人，他对廖仲恺说：“省长，自称全省商团联防总部的人，在接交货物单时，我发现他们所购枪支和执照数目不符，而且这批枪支数目庞大，在下深恐有诈，特前来报告。”
随同前来的还有一个商团的负责人。廖仲恺看过货单，吃惊不小，这将近上万支枪械要是流到社会上，非同小可，遂马上把情况属实报给孙中山。孙中山知道后，没容多想，便命令说：“这批枪支不能给他们，立即封存，查明出处，再作处理。”
得到命令后，廖仲恺亲自处理此事，扣留了挪威轮船，并派永丰舰将该轮押往黄埔港停泊，同时禁止商团联防部活动。陈廉伯听到这个消息，连夜逃到香港，并在那里密电陈炯明，告之广州的情况。
陈炯明立刻作出反应，通电声称：“攻粤是商团及人民的请求，商团愿助款一百五十万元，已先给五十万，如不攻粤，则无疑自弃于粤。”
陈炯明这套此地无银三百两的话，正好对勾结商团阴谋反叛，供认不讳。商团虽然跑了陈廉伯，可他在香港频频派人来粤，不停地给在粤商团打气。这边也以为陈炯明就要打过来，认定叛乱时机已到。
蒋介石拿着省长廖仲恺的命令，带领黄埔师生，扣留了商团这批枪支。商团没有买国民政府的账，他们有计划进行了罢市。尤其那些巨富商人的罢市，给广州人民带来了很多不便。孙中山考虑到多数人的利益，加之二千多商团成员在政府门前游行，在得到商会代表的“有些枪械不是商团的，而是商人自己掏钱为了自卫购置”的承诺后，发还四千余支长短枪和部分子弹。
孙中山对商团代表说：“陈廉伯私运军火企图推翻政府。不过，考虑其中一些人不明真相，部分枪械是自己集资所置，当令省长发还给你们。”
商团代表说：“我们拥护现政府，这样做无非也是为了能帮助政府维持正常秩序。现在兵荒马乱的，自己花钱购置枪械也是万不得已的。”
可是在这些商团领枪时候，又见到政府的规定：商团领枪，每支作价一百六十元，其中已付款者，仍需补交六十元。
商团分子见到这个布告，大为不满，开始煽动情绪。
一些小报也跟着起哄，有钱的商团成员，甚至买通小报记者，攻击革命政府，而且又有部分商人恢复罢市。一时间，广州城苍云密布，似乎蕴酿着什么灾祸。对商团这些无礼行为，廖仲恺看得更深一层，认为这种嚣张气焰如不制止，后果不妙。
廖仲恺一面电令在广州唯一可以信赖的部队——黄埔军校蒋介石所部，命他时刻做好战斗准备，一方面出告示，警告这些商团成员：“陈廉伯勾结吴佩孚，定于8月14日起事，自为督军，投降北廷。陈廉伯又私运军火，事发避港，煽惑罢市，奉帅令予以通缉。”
布告发出后，商团非但没有收敛，反而自发戒严令，将商团总部迁往佛山，并通电全省范围内总罢市，部分商团成员与驻军刘震寰部发生枪战。紧要关头，孙中山知道把枪还给商团是错误的，急调兵进省镇压商团暴动。黄埔军校的师生，在校长蒋介石部署下，各自为战，随时准备投入战斗。
形势多变，革命政府内部，也有主张息事宁人的。现任商民部部长伍朝枢认为这些商人所以如此，多是税捐过高所造成，如政府退一步，情况会有变化，他对孙中山说：“最好的办法就是不要流血，这些商人从根本上不会对国民政府产生怨恨的。”
孙中山当场就批驳说：“梯云，你怎么没看到这是阶级矛盾，如果政府退一步，他们就会前进一步，最终把陈炯明和吴佩孚请来，从而断送革命。”
伍朝枢并不把孙中山的话当真，他说：“哪里会有那般严重，如果你相信我，我去和商会代表们谈。商人嘛，不就是眼前的利益，让他们一步，不等于妥协，而是让他们明白现政府的宽容。”
孙中山说：“你可真是书生气，现在不是你律师耍嘴皮子时候，他们所要的是政权，那是你死我活的，而且你还要看到这些商团的背后都是些什么人，你把大腿让他们吃了，他们还想啖你的心肝。这就是现实。”
律师出身的伍朝枢，哪里能听得进去，遂派人到商团总部去调停，结果是毫无效果，扫兴而归，也觉得这件事非同小可。孙中山见状，下了决心，为了维护现有革命政权，命各舰队做好准备，必要时向商团总部所在地的西关开炮。商团有些着慌，这时滇军将领范石生出面调停，孙中山给了商团一个机会。
范石生带着广州当局的条件，与商团达成五项协议：
一、陈廉伯通电拥护大元帅，大元帅下令取消通缉；
二、商团枪支由滇军担保发还；
三、商团联防总部改组，受省长的节制，其章程须由省长核准；
四、商店即日开业，军队同时解禁，调省各军一律开回原防；
五、商团领械时报效军费五十万元。
以上条件，同商团负责人与调解人共同签字，孙中山予以批准。
次日，全市商店复业。陈廉伯，企图推翻国民政府，最终却以一纸所谓拥护大元帅的空文，重又回到广州，而把那些用来颠覆当局的枪支拿走只用了五十万元。这种妥协，为后来商团反叛，埋下了契机。陈廉伯虽然通电表示拥护政府，但通电中毫无悔改之心，声言自’已是为了广州城商家的利益。由此，当局扣压的军械也没有还给商团。商人利用这个问题，开始攻击政府没有信用，并又酝酿第二次全面罢市。而此时，孙中山的心思完全在北方，对广州城发生的事，真有些如芒在背，他一心想扩大革命战果，利用张作霖和吴佩孚之间的矛盾，加快北伐的步子。
最终，孙中山为能缓和广州的局势，撤销了对陈廉伯的通缉令，但是考虑到枪械的问题，恐被野心家所利用，明令商团必须拿钱才能从当局手中拿回。可是商团以为孙中山软弱，坚持一次性拿回枪械。就这样，又开始了示威，并决定在双十节那日起，全面罢市，直到政府投降。
此时由于东江联军调往北江，准备北伐，陈炯明便从惠州一路无阻地进入了石龙。城内的商团分子，以为孙中山调兵出城，是要放弃广州，以为机会已到。
10月10日那天，所有西关各街的闸门一律锁关，仅留单人通过的缝隙。而当天的工农群众和学生五千余人举行国庆游行通过太平路时，商团军千余人，公然向游行群众开枪射击，潜伏在街旁的商团也向赤手空拳的人们夹击，一时间，血染太平路，死伤几十人。血案发生后，胡汉民派人到商团总部协商，让他们遵守协约，不要乱来。说来说去，胡汉民竟然答应商团的要求，以商团二十万块钱的价格，又发还给商团三千余支武器。这一来，助长了商团反气焰，他们把枪拿到手后，又反说本来武器就是商团的，并以返还的武器不足一半为由，拒绝恢复开市。更有甚者，商团在一些顽固分子的带领下，上街巡视，劝说已经开业的商家继续罢市，并提出许多条件，有些条件纯属无理取闹，比如“废除苛捐杂税、造币厂改为商办、以商团代替警察”，并要求孙中山下台，到处张贴布告。广州城也是谣言四起，说什么陈炯明就要打回来了，要和孙中山算总账。一时外省、县商团、乡团、土绅等也都纷纷亮相，巴不得在陈炯明打广州城时分得一杯羹，他们自带武器，加入了广州商团，准备投入战斗。
孙中山接到这些情报，一时也有些拿不准，因为此时他正要图大业，认为广州处于边陲，对北伐可能起不了决定性的影响，一度要放弃广州，而移师肇庆。此时的孙中山，为了北伐大计，已经离粤在韶关建立北伐大本营，并为此举行非常会议。
会上，智慧过人的汪精卫首先发言，他说：“总理这样放弃广州，实为下策，广州虽然非战略要地，但所处的地位是全国任何省市都不能比拟的。如果丢了广州，无疑等于失去全国。”
赶来旁听的许崇智，也不同意放弃广州，并决心保卫广州的胜利成果。与会者多数都不赞成放弃广州，孙中山最后采纳了多数人的建议，下令将许崇智粤军及吴铁城的警卫队从东江调回广州，北伐的具体部署稍暂缓，并命永丰舰开到省河加强广州市的警戒。
广州领事团一看国民政府要动真格的，又开始叫嚣，扬言要派水兵登陆进行武装调停。胡汉民对领事团的事感到棘手，孙中山却电告他说：“中国的事，要中国人自己来办，这回就让这些洋人见识见识，我孙中山誓与广州城同在。如洋人先发制人，对革命军开枪，那你就毫不留情地消灭他们，一点也不要手软。”
从14日起，胡汉民下令解散一切商团集会。
孙中山离粤后，把留守广州代行“帅务”的职责交给了胡汉民。
从开始，胡汉民步步退让，最终得了个这样的结局。胡汉民得到孙中山在韶关发给他的电报后，心里有了底。许崇智和吴铁城的联军，星夜兼程，回师广州平叛。
10月15日清晨，政府军分五路向商团发起了总攻击。黄埔军校的师生，也加入了联军。蒋介石将他们分成战斗小组，各自为战，由于广州城的老百姓非常拥护孙中山，对那些军阀们深恶痛绝，加之对这些不法奸商的痛恨，自觉地持枪械参加战斗。黄埔军校的学员们，此时正好当上了见习指挥官。这些初浴战火的学员们，利用手中的武器，第一次享受到作为军人的荣誉，他们浴血奋战，很快在联军的协助下，摧毁了商团的街垒防线。联军越战越勇，商团们本都是些唯利是图的小人，个个贪生怕死。
广州的领事团，一看事情不妙，哪里还管这些商团，纷纷躲在租界内，观看时局。
西关很快被联军占领，紧接着，驻防佛山的政府军又包围了佛山商团的驻地，很干净解决了商团的反叛。
这次平叛商团，不仅使广东革命大本营转危为安，重要的是从此稳固了革命根据地，同时也使革命军人认识到了武装的重要性，尤其是黄埔军校的学员们，他们在未来的北伐中承担了国民革命、打倒军阀的使命，而这次平叛商团，对这些年轻的军人来说，正是一次非常重要的“练兵”。
广东的局势稳定了，可军阀们存在一天，战争的阴影就永远不会消失。对北伐矢志不懈的孙中山，看到江浙战争爆发，直奉对峙的局面，认为这是一个好机会，应该抓住这一有利条件，督师北伐，为国民政府在两广打开一个新局面。
直奉再战，江浙不和，时局陡然生变。
变故并非偶然，从浙督卢永祥通电不承认曹锟贿选总统时起，各路反直的议员，麇集于杭州、上海、浙、苏一带。这里就成了反直的大联盟，而且孙中山暗中联系卢永祥、张作霖、段祺瑞，形成一个三角同盟，以对付强大的直系。曹锟和吴佩孚，也日日夜夜想方设法拔掉卢永祥这个“环节”，直系除在北方以重兵防范张作霖入关以外，在南方则派孙传芳进入福建，再由孙传芳勾结陈炯明来逼迫孙中山就范，然后再从闽、赣、皖形成网势，将卢永祥一口吃掉。曹锟政府为谋广东，任命孙传芳为闽粤边防督办。
广东革命大本营无法深入，而福建督军周荫人也难容孙传芳。这样一来，孙传芳也只能亟求向浙江扩张势力。浙督卢永祥就坐不住阵了。（未完待续）