404年3月5日，滞留在建康的楚国宰相王谧，果真是个识时务的俊杰，发现桓玄已经靠不住了，立刻转投刘裕的怀抱，率先提出推举刘裕为京畿卫戍总司令。
刘裕心里暗爽，但当然要表示拒绝了，这样才能显示谦逊的品质，不但坚决拒绝，还反过来任命王谧为高级咨询官、宰相、京畿卫戍总司令，主管朝廷机要。
王谧也谦让了一番，但谦逊的美名一定要留给刘裕，所以坦然接受了任命，然后推举刘裕使持节、扬徐兖豫青冀幽并八州军区司令长官、徐州督导官，然后按照刘裕的意思，擢升刘毅为青州督导官，何无忌为琅邪郡长，孟昶为建康市长，刘道规为义昌郡长。
战争暂告平息，新政府组建完毕，接下来就到刘穆之大显身手的时候了。
刘裕刚进京时，除了军事，其他大事小事全都交给刘穆之处理，刘穆之艺高人胆大，本着来者不拒的心态，仓卒之间进行裁决批示，全都处理得井然有序，轻重缓急分析得极为透彻，刘裕对此十分满意，也觉分外惊喜，毕竟他自己是个文盲，许多事情都没有能力完成，从此把刘穆之当作最亲密的必腹，一切行动都先征求他的意见，刘穆之也竭尽忠心，没有任何隐藏，两人渐渐形成了石勒张宾、苻坚王猛一类的组合，为南朝的开启奠定了基础。
东晋末年的政治法律已经非常松弛，纪律破坏严重，根本没有人遵守，豪门强族横行无忌，人民穷苦屈辱，哭诉无路，再加上司马元显把政令当作儿戏，更加一团混乱，到了桓玄改朝换代，虽然开始也想进行整顿，但他没有过硬的才能，也没有得力的助手，一番折腾之后，各种规章多如牛毛，官民无所适从，局面更显混乱。
刘穆之主政之后，针对这一环境现状，有针对性地一一矫正，不贪图立刻生效，而是采用层层剥茧的办法，逐步扭转国家的颓势，刘裕又习惯以身作则，先用严刑竣法管束内外，再落实到各行各业，各门各部，文武官员全都谨慎小心地在职工作，不满十天，建康风俗大改，民间全都欢庆鼓舞。
公事基本确定，刘裕的私事也渐渐抛了出来。
实际上在刘裕进京之后，一系的动作就已经表露了自己的私心，王谧固然是望风使舵的好手，但能在兵变之后还受重用，很大程度上是因为昔日的一番经历。
刘裕刚出道时，名望既小，官位又低，性格还轻浮狡狯，品行不端，社会上层人士都不肯与他来往，只有王谧对他另眼相看，认为他不同寻常，日后定有大出息，还不时帮助他脱离困境。
刘裕曾与刁逵一起赌博，赌输了没钱还债，刁逵就把刘裕绑到拴马桩上，要挟刘裕的家人定期送钱来，不然就要刘裕好看。
王谧听说之后，立刻出面责备刁逵不应这么过份，还替刘裕把债都还清了。
如此种种，以刘裕的性格固然是忘不了王谧的恩惠的。
刁逵更让他印象深刻。
恩可以不报，仇必须了断。
勤王军起事之初，诸葛长民前往豫州耽误了日期，因而不能及时发动，事情也由此泄露，时任豫州督导官的刁逵，下令逮捕了诸葛长民，装进囚车，押解送往建康。
半道上，桓玄出逃的消息在国内传得沸沸扬扬，押解囚车的卫士于是放了诸葛长民，重新回历阳，刁逵则被迫放弃城池逃亡，后被部下生擒，送到建康。
刘裕看着一身狼狈的刁逵，心里说不出来的清爽，把刁逵一家男女老幼全都绑到石城斩首，为了证明自己不是心狠手辣的人，特别宽恕了宫廷顾问官刁聘，但不久便以谋反的名义将其处死。
刁逵的旧部提前把刁逵的侄子刁雍，藏了起来，秘密送到后秦所辖的洛阳，终于逃掉一劫，姚兴任命刁雍为太子助理官，等到后秦亡国之后，又投奔北魏，一生颇多功绩，最后也得以善终，算是弥补刁家的遗憾了。
恩怨分明固然是不错的，但总归有个度，刘裕显然是越界了，刁逵是名门之门，世代忠良，虽然逼债的手段略显不堪，但赌场大抵如此，没什么好说的，罪不至屠灭满门。
刘裕一生的污点不多，但这件事显然就是个不小的污点，而且他之后生的儿子们，也都继承了他这个心狠手辣的基因，终于酿成了多个人间惨剧。
这是后话，刘裕如何能想到他死后的事情，甚至生前的问题都难以清楚预知。
但有一点是刘裕十分确定的，那就是尽快消灭桓玄。
桓玄抵达寻阳后，江州督导官郭昶之供应其军用辎重，补充兵力，局面还能勉强维持。
3月14日，桓玄挟持安帝司马德宗一同西上，勤王军西征兵团统帅刘毅，率何无忌、刘道规等各军，西上追击，桓玄让龙骧将军何澹之、前将军郭铨，联合郭昶之，一同防守在湓口。
半道上桓玄没一门心思投入到文学创作上，根本没有时间与部属讨论战术安排，撰写的《起居注》，全部是叙述讨伐叛徒刘裕的战史，并不时强调自己的战略战术有多完美，只是各军不能遵守，才被击败，写完之后让人四处传播。
这期间，刘裕声称接到了司马德宗的密诏，让武陵王司马遵，代行皇帝职权，管理文武百官，加授高级咨询官、最高统帅，大赦天下，但桓玄一族不在此列。
4月2日，东晋武陵王司马遵，搬到太子宫居住，接受朝廷及民间的最高礼敬，任免文武官员的人事命令称为制书，普通的行政命令称为令书，任命司马休之为荆益梁宁秦雍六州军区司令，兼荆州督导官。
既有代理皇帝，玉玺的下落就成了大问题。
桓玄当初接受禅让时，是王谧亲自把司马德宗携带在身上的玉玺解下，如今城中官民全都认为王谧罪大恶极，应该诛杀，刘裕多次出面为他保全，不久在一次早会上，青州督导官刘毅偶尔问起玉玺在哪里，王谧大为恐惧，散会之后立刻逃到曲阿，还是刘裕上书武陵王司马遵，把他接了回来，恢复其宰相官位。
王谧的运气是当真不错，但桓玄的好运气可是用尽了。
4月3日，桓玄挟持司马德宗一起到江陵，荆州督导官桓石康迎接，桓玄重新部署文武官员，让卞范之担任政府副行政长官。
自从建康溃败，狼狈西奔之后，桓玄的威望直接下降，担心命令不被贯彻，于是用更加严厉的刑法来建立声威，结果声威没建成，反而惹得大家一肚子气。
殷仲文劝他非常时期还是宽厚点，桓玄怒道：“将领们作战不力，上天也不帮忙，现在形势何其艰难，所以才回到楚国故都，以期找回国运，而一些别有用心的肖小之辈，竟然发出奇怪的议论，不用激烈的手段，予以无情的制裁，还要姑息养奸不成！”
殷仲文只得保持沉默，心里骂这孙子真不是个东西。
当时荆州、江州各郡的郡长，听说桓玄向西撤退，不时有人上疏致以问候，祝福皇上起居平安，但桓玄认为受到了羞辱，一律不接受，而让他们重递奏章，把措辞改为“恭贺皇上乔迁新都”。
楚国本已沦落到了逆风的位置，但桓玄还这么矫情，终于让部属亲信们都心怀怨恨，不久便爆发祸患。
桓氏族人因为利益休戚相关，所以还是很拼命的。
桓玄的侄子桓歆引导氐民族部落酋长杨秋，攻击历阳，东晋豫州督导官魏咏之，率诸葛长民、刘敬宣、刘钟等人，共同迎击，大破氐军，并斩了杨秋。
败仗都吃习惯了，桓玄也没表现得怎么样，接着任命武卫将军庾稚祖、江夏郡长桓道恭，率数千人增援龙骧将军何澹之，加强湓口的防御。
(本章完)