398年8月，杨佺期与桓玄率领舰队突然在湓口出现，江州督导官王愉没有防备，仓惶逃往临川，被桓玄的特遣部队擒获。
大祸已经开始，司马道子让世子司马元显为剿匪司令官，然后派首都卫戍司令官王珣、右将军谢琰，联合率军讨伐王恭，谯王司马尚之则率军讨伐庾楷。
9月10日，司马尚之在牛渚大破豫州督导官庾楷，庾楷单人匹马投奔桓玄，司马道子于是任命司马尚之为豫州督导官，其弟司马恢之为骠骑将军府军政官、兼首都建康市长，司马允之为吴国郡长、司马休之为襄城郡长，每个人都手握强大武装部队，为司马道子声援。
几天后，桓玄在白石大破朝廷军队，与杨佺期挺进到横江，司马尚之撤退，司马恢之所属水师全军覆没，形势至为紧急，司马道子把大本营设在中央政府办事处，派司马元显驻防石头、王珣防御北郊、谢琰守卫宣阳门，严阵以待。
但两大军区的军队长驱直入，这些人显然是抵挡不住的，不出意外的话，当年的苏峻之乱将要重演了。
然而意外还是发生了。
王恭自从诛杀了王国宝，自认为威力无边，从不把别人看在眼里，就算最得力的左右手、军政官刘牢之，也只是把他当作普通部属，并没有特别优待，而刘牢之能力突出，战功卓著，对此深感羞辱。
司马元显得到这个情报，立刻派庐江郡长高素，秘密游说刘牢之，唆使他背叛王恭，承诺事成之后，把王恭的官位转授于他。
高素带上司马道子的亲笔书信，详细分析了祸福利害，刘牢之确实心动了，与儿子刘敬宣商议说：“王恭从前蒙受先帝的大恩，而今又是皇上的舅舅，不思拥戴皇家，反而几次出兵，攻击京都，我不能想象他的野心到底有多大，一旦战胜，他难道还肯屈居人臣吗？我打算接受朝廷的指示，讨伐叛逆，你觉得如何？”
刘敬宣说：“朝廷虽然称不上英明神武，却也并没有太恶劣的暴行，王恭仗恃手中的军队，欺负皇家，父亲跟他在感情上既不是骨肉，道义上也不是君臣，虽然在一起共事了一段时间，情意却并不能相投，今天讨伐他，于公于私并不失据，父亲何需多虑？”
刘牢之终于下定决心。
但在刘牢之出手之前，王恭的军事参议官何澹之却意外探听到了他们父子的阴谋，第一时间报告给王恭，请求王恭将刘牢之废黜。
因为何澹之与刘牢之平时就不怎么和睦，王恭却不相信何澹之的报告，甚至还设下筵席，邀请刘牢之共餐，并在大庭广众之下，戏剧性地与刘牢之义结金兰，尊称刘牢之为大哥，还把所有的精锐部队全都配属给刘牢之，让他担任前锋司令。
刘牢之对于王恭，好比杨佺期对于殷仲堪，同是互相依赖的关系，王恭并没什么军事才能，全都仰仗刘牢之的部署，可对这一亲信又不能真正亲之信之，因此招来祸患，此时受到何澹之的点拨，反而开了窍。
然而毕竟晚了一步，开弓没有回头箭，刘牢之虽觉遗憾，却已无法再事奉王恭，领军到竹里后，立即倒戈，向朝廷投降，并派刘敬宣和女婿高雅之率军折返京口，袭击王恭的大本营。
王恭正在城外炫耀他的兵力，刘敬宣派出骑兵，展开大举突袭，王恭大军瞬间溃散，王恭本要返回城中，高雅之已抢先入城，并紧闭城门，王恭只得单人匹马投奔曲阿。
一路上，王恭恨得浑身发颤，怎么也想不到刘牢之居然敢做出这种事，而因为平时从没有练习过骑马，经过长途奔跑，大腿都磨破了，更是愤恨不已。
抵达曲阿后，王恭在旧部殷确的帮助下，准备乘船投奔上游的桓玄，结果划到长塘湖时，遭人检举捕获，被押解到倪塘斩首示众。
临死时，王恭倒也不失气节，从容不迫地梳头发理胡须，神色与平常一样，苦笑着对监刑官说：“我自己昏庸，轻率地相信别人，以致到了今天这个地步，追究我的本心，岂不忠于国家，只不过希望百世之后，仍有人知道有个王恭罢了。”
首恶铲除，子弟党羽也全都处死，司马道子履行自己先前的承诺，任命刘牢之为兖青冀幽并徐六州及扬州晋陵军区司令长官，接替王恭的官位。
这时西路叛军杨佺期和桓玄已进抵石头城下，殷仲堪则进抵芜湖，司马元显从竹里快马返回京都，派首都建康市长王恺，征发京师的知识分子和民众数万人，据守石头抵御。
杨佺期和桓玄听说王恭的死讯后，并不知道刘牢之与朝廷的秘密交易，上疏为王恭申辩，要求诛杀刘牢之，但刘牢之很快就率北府兵团，在新亭扎营，杨桓二人方才得知刘牢之已和司马道子站到了同一战线，只得先撤退到蔡洲再作打算。
朝廷因为不知西路军的虚实，而殷仲堪的将士数万人，布满了京畿地区，司马道子仍然焦灼不堪。
首都东区卫戍司令官桓修，是桓冲的儿子，也是司马道子的姐夫，机智的他已想到一个绝妙的点子，兴奋地对司马道子说：“我已经洞察了他们的内情，西路叛军可以解决！”
司马道子也为之兴奋，赶忙询问对策，桓修认为殷仲堪和桓玄以下的将领，全都指望王恭，但王恭兵败身死，沮丧与恐惧的情绪在军中弥漫，如果用重大利益引诱桓玄和杨佺期，二人心里一定暗暗欢喜，桓玄可以克制殷仲堪，杨佺期也可能叛变，生擒殷仲堪。
司马道子瞬间展颜，便以司马德宗的名义任命桓玄为江州督导官，召回郗恢担任政府行政官，任命杨佺期接管梁雍秦三州军区司令长官、兼雍州督导官，贬黜殷仲堪为广州督导官，派殷仲堪的叔叔、祭祀部长殷茂，前往西路叛军大营宣读诏书，让大军立刻撤退。
桓修则被擢升为荆州督导官，暂时兼管首都东区卫戍司令官的官属，刘牢之选派了一千人的北府精兵，负责护送桓修到差上任。
殷仲堪听到殷茂宣读的诏书，简直不能更生气，催促桓玄和杨佺期立刻发动攻击。
但桓杨二人却开始犹豫起来，拼尽气力起兵还不就是为了荣华富贵，如今富贵近在咫尺，且不用付出半点辛苦，何乐不为呢？
殷仲堪得知桓杨不听号令，更加恼怒，立即从芜湖回军，并派人向蔡洲大营的士卒宣告：“你们如果不能马上离开军营，赶紧逃回，等我到了江陵，屠灭你们全家！”
这招釜底抽薪还是很管用的，杨佺期和桓玄都有不少家人在江陵，说什么也不能把家人往火坑里推，火速追赶殷仲堪，终于在寻阳会师。
但殷仲堪还是意识到了自己的危险，他已失去了荆州督导官的合法地位，只能依靠桓玄等外援，而桓玄等人极有可能为了封赏铤而走险，杨佺期素来野心勃勃，更不是省油的灯。
三人之间开始互相猜忌，可又不得不抱团取暖，关系十分微妙，桓修的计谋大获全胜。
(本章完)