但是南军依然负隅顽抗，罗伯特李和约翰斯顿的部队集合在一起，准备继续作战，但是他们已经被北军团团包围，到处都是北军，4月8日，罗伯特李率领仅仅3万人的参军被北军包围在了距离里士满80英里的阿波马托克斯的小村子，包围他们的北军达到了7万之众。在两倍敌人的包围下的南军，弹尽粮绝，士气低落,完全丧失了抵抗的力量。南军大势已去，罗伯特李不得已，遂在1865年的4月9日向格兰特投降。罗伯特李的投降，标志着南北战争的军事对抗基本结束。在罗伯特李的示范下，剩余南军纷纷投降，到了5月末，南军最后一支部队在新奥尔良投下你给，内战终于以北方联邦的彻底胜利而告终。
历史4年的美国内战以北方工业资产阶级的完全胜利而结束，从而巩固了政权，美利坚合众国的完整性得以保存，资本主义发展的最大障碍奴隶制度被扫除，社会生产力也取得了迅速发展。这些因素使得美国在30年内就居于世界领先地位。
当然，南部同盟的失败是不可避免的，因为他们违背了历史的发展潮流，无论是在人心所向，还是在物质基础方面，南部同盟都远远不是北方联邦的对手。
罗伯特李投降后的第三天，林肯发表了他一生的最后一次演讲。他重申了对南部重建问题的意见和政策，因为在打碎了南部的社会制度和政治制度之后，需要在废墟上进行重建，就好像二战之后，日本的重建，美军攻占了阿富汗和伊拉克之后，也进行了战后重建。林肯对于南部重建的主要思想就是宽容，他提出，只要原先参加南部同盟各州只要有10%的白人举行了宣誓效忠并且成立了州政府，那这些州就可以重入联邦，再一次加入到大家庭之中。战争结束之后一般都是要审判战犯的，比较著名的比如东京审判。但是林肯甚至拒绝逮捕导致内战的元凶、也是南部同盟的总统戴维斯以及他的内阁成员，并主张不要去迫害过去的敌人。林肯一直不是一个激进派，他是一个温和派，废奴如此，战后重建亦如此，而且从他的主张中，可以看出他似乎或多或少也带有一些种族歧视的意味。
但是，失败了南部同盟的奴隶主们并没有对林肯抛出的橄榄枝表示出感激，而是恰恰相反，他们因为失败而更加仇恨。1865年4月14日，林肯总统召开了他最后一次内阁会议，会议决定解除对南部的封锁。当天晚上，林肯带着他的夫人来到了福特剧院，参加庆祝胜利的晚会。但是，他所不知道的是，他的人生也在此进入到了倒计时。
就在林肯观看演出时，一个支持南部的顽固分子雨涵威尔克斯布斯混进了林肯总统的包厢，在背后射出了罪恶的子弹。伟大的总统就此倒了下去，在他的威望正如日中天的时候，他与世长辞，美国失去了他们伟大的总统，世界失去了一个高伤的人格。其实，林肯在这时倒下也未尝不是最好的结果，如果在之后的执政过程中，出现了问题，可能会对他的形象造成影响，如同二战期间的麦克阿瑟，他最好的结局可能就是在仁川登陆的时候倒在登陆的阵地上。
林肯的逝世引起了巨大的震动，举国皆哀。有150人怀着崇敬的心情瞻仰了林肯的遗容，自动出来致哀的达到了700多万人。许多国家都举行了哀悼仪式，就连提出了科学社会主义这一资本主义大敌的马克思都在国际工人协会的吊唁中对林肯进行了崇高的评价。林肯的同僚陆军部长以及其悲痛的心情说道：“现在他是属于所有时代的人物了。”
林肯受到如此多的赞美和崇敬，确实当之无愧。他在美国自由劳动制度与奴隶制度生死决战的关键时刻，领导美国人民进行一场维护进步与统一的斗争，平息了奴隶主的叛乱，消灭了奴隶制度，从而推动了美国社会的发展。
林肯坚持一切人生而平等的原则，倡导“民有、民治、民享”。坚定不移地反对奴隶制度，《解放黑人奴隶宣言》这一废除奴隶制的历史文献，已经永远同林肯的名字连在一起了。他以杰出的历史贡献，在美国历史上，直与开国元勋乔治华盛顿齐名。
内战摧毁了奴隶制，历史从而进入到了重建时期。其实在内战后期，在北方联邦已经建立起了相当大的优势之后，就开始讨论对战后南部各州的处理和改造问题上。当时，美国的南部重建面临着两大难题，第一个问题，曾经宣布退出联邦的南部同盟各州，该如何重新加入联邦，如果没能重归联邦的话，那重建谁阿。第二个问题，就是刚刚获得了解放的黑人的权利和地位到底是什么。
保守派认为，不用赶尽杀绝，只要南部同盟各州停止分裂和叛乱，废除奴隶制，服从联邦宪法，承认联邦统一之后，就可以恢复其在联邦中的地位。但是，激进派认为，南部各州宣布脱离联邦建立所谓的南部同盟并且还掀起了叛乱，已经和自绝于联邦，丧失了它们原本有的“州”的地位，现在应该作为被征服的省份加以管制，对他们的领导分子和骨干分子应该严加惩办，还要彻底剥夺叛乱分子的选举权，要保证黑人的选举权，只有在这些的基础上，才能够重新加入联邦。
林肯总统遇刺之后，他的继任者安德鲁约翰逊推行了更为宽大的重建纲领，在1865年5月29日公开发表的《大赦宣言》，几乎赦免了绝大部分的叛乱者。除德克萨斯州之外的南部各州据此在剥夺了黑人的选举权的基础上建立起由南部同盟旧官员控制的州政府，掌权的那部分人还是原先那一部分人。事实上，约翰逊的重建计划几乎是按照前南部同盟各州所坚持的条件重新加入联邦。
约翰逊的重建纲领在南部各州的实施，一度造成了南部政治出现倒退和反动，逃亡的种植园主们纷纷回到了故地，已经被黑人们分掉的土地重新又被夺了回去，并且还向政府所要那些被没收的财产。南部各州以战前的奴隶法典为蓝本制定了《黑人法典》。《黑人法典》限制了黑人的自由和权利，在政治、经济、人身自由、种族歧视等等方面都限制了。
当时，身为执政党的共和党内部分成了三派，分别是保守派、温和派和激进派，约翰逊是保守派的代表，因为保守派的大多数是那些与南部种植园经济有着千丝万缕联系，他们害怕自己在南部的经济利益受到损害，因为支持约翰逊的重建纲领，谋求与南部种植园主的和解。
而激进派的利益与南部种植园主的利益相反，种植园主希望低关税，这样他们在进口所需的工业品的时候，就会便宜很多，而激进派则要求实行高关税，保护本国的工业。而温和派则是一个介于保守派和激进派之间的一个不稳定集团，他们既不想南部种植园主们重新获得领导地位，又不希望恶化同约翰逊总统的关系。温和派，也就是骑墙的这群人，是三个派别中人数最多的。
本来温和派还打算和稀泥的，但是有句话说的好，天作孽，犹可恕，自作孽，不可活；又有一句网络流行语说得好：不作死就不会死，南部各州的种种行为将温和派推向了激进派。无论是南部各州的《黑人法典》，还是迫害黑人的百人恐怖组织“3K党”，都让温和派看不下去了，他们认识到，重新执政的南部各州的民主党人，根本不肯承认内战的结局和黑人的解放，，而约翰逊的重建纲领只能助长南部的形势更为的恶化，再加上约翰逊的狭隘估值，刚愎自用，也引起了温和派的反感。至此，约翰逊和保守派被空前的孤立了起来，在1866年的国会选举中，激进派取得了决定性的胜利，稳固地掌握了两院的三分之二的多数票。因为在美国三权分立的政治格局中，国会是有着制约总统的权力的，但是需要一定的席位作为支撑，这三分之二的多数票，保证了国会可以做自己任何想做的事。
在1866年1月，参议员特朗布尔提出了公民权利法案，法案规定，除了不纳税的印第安人之外，合众国所有的合法居住者，都享有平等的公民权利，不论其种族、肤色、之前是否为奴隶。任何州和个人都不能用任何借口来剥夺公民应该享有的权利，凡是违反的，都是犯罪，都要抓起来，如果情况实在恶化的厉害，那么美利坚合众国的武装力量则是最后的保障。虽然保守党们极力反对，但是国会还是通过了该法案，但是在让总统签字的时候，约翰逊总统却借口“偏袒”黑人、“侵犯州权”和干涉劳资关系为借口给否决了，总统是有这个权力的，但是随后国会又以三分之二的多数票驳回了总统的否决，这下约翰逊总统也没辙了，因为总统只能否决一次。
在公民权利法案的基础上，4月30日，史蒂文提出了第十四条宪法修正案，国会虽然经过了1月多月的讨论，但是只要激进派能达成共识，那么就肯定会通过，最终在6月13日，该宪法修正案获得了通过。第十四条宪法修正案规定，凡是美利坚合众国的所有合法居住者都是美国公民，各州不得制定或者施行剥夺合众国公民的特权与豁免权的法律，也不得剥夺公民的生命、自由和财产的权利，各州在国会的众议员名额按照其人口进行分配，剥夺部分叛乱者的参政权，宣布南部同盟和各州的战争债务无效，也不得因丧失奴隶而给奴隶主任何的补偿。
第十四条宪法修正案，也是南部政治重建的总的政策的规定。（未完待续）