发布会结束后，约翰带着剧组进入了环球影城25号影棚。
《黑客帝国》的拍摄大部分都会在摄影棚里完成，少数的戏份会放在曼哈顿和史丹顿拍摄。
值得一提的是，约翰让建模团队建造了一座微缩版的史丹顿，作为整个《黑客帝国》故事的背景城市，风中烛火大厦、螺旋塔、王国大厦、小黄瓜、碎片大厦……这些标志性建筑都将会一一出现在电影中。
当然，约翰这么做除了宣传史丹顿外，还有一个更重要的原因。约翰知道，史丹顿绝对逃不过好莱坞那群贱人的毒手。那头猩猩可能以后不蹲帝国大厦，改蹲螺旋塔了，靓汤不去爬哈利法塔，改爬风中烛火大厦，日本那头怪物也不去曼哈顿了搞破坏了，改来史丹顿下蛋了，蝙蝠侠和小丑会在史丹顿相爱相杀，擎天柱和威震天也会在史丹顿进行世纪大战，还有漫威那群变态，dc那个内裤反穿的家伙……，史丹顿人民未来将会水深火热，成为全球最多灾多难的人。
所以，与其让那群贱人动手，约翰决定自己先来，男人对第一次还是很在意的，花了几百亿建了这么多大楼，怎么能将这些大楼的第一次拱手让给好莱坞那群贱人呢！特别是爆炸贝那个家伙，对毁灭一切标志性建筑都乐此不疲，简直就是史丹顿的灾难。
“奈特！”
约翰走进影棚将远处正在和道具团队谈话的奈特叫了过来。
“准备怎么样？”
“道具、服装、灯光、演员……都ok了！”
“好，通知大家准备开机了！”
“好的！”
奈特点点头转身离去。
约翰随后又把宝爷和特效总监叫了过来。
“宝爷，你先看我拍文戏，熟悉后，你在拍武戏。”
宝爷作为演员和导演自然会拍戏，但粤港与北美的拍摄方式很不同，规矩很多，粤港三个星期就能拍出一部电影，这在北美是不可能的，吴雨森来北美拍都会有水土不服的情况，所以约翰希望宝爷在旁看他怎么拍，然后快速找到北美的拍摄方式。
“没问题！”
宝爷点点头，一个地方有一个地方的规矩，别说国与国之间，就是一国之内北方人和南方人的生活习惯饮食可能都不同。想要在一个地方生根，就得熟悉这个地方的水土。
“特效这边全程支持，拍完一段就制作一段，我们的时间很紧，明年6月成片必须出来，今年超级碗预告片也必须要弄出来。”
《黑客帝国》最废时间的不是前期的拍摄，而是后期的特效制作，一段几分钟的特效可能就需要几个月才能完成，而《黑客帝国》的特效很多，为了能在明年暑假档准时上映，约翰这次一口气请了四家特效公司来制作。
“好的！”
特效总监点点头。
奈特通知众人准备开机后，演员、剧组成员忙碌了起来，约翰来到监视器后坐了下来，见准备好后，喊了开机。
第一场戏是尼奥与莫菲斯在房间里的一次谈话，由于演员准备得充分，二个演员演技也都到位，拍摄十分顺利，二遍就过了。
随后约翰又拍摄了五条，完成了今天的任务后，才宣布解散。
剧组每天拍什么戏，拍几段都有规划，耽误一天费用就会多一点，所以拍摄期间是不能出现任何意外，一旦出现意外，成本绝对会超支，这对于制片方来说就是灾难。
经过几天的拍摄，剧组渐渐磨合好后，拍摄越来越顺，《黑客帝国》只是一部商业片，对演员的演技要求不是很高，只要基本过得去就行，而且也不讲什么深奥复杂的理论，带有一些神棍的气息就行，太复杂会把观众看糊涂，这对于一部商业片来说是致命的，约翰可不想花上亿美元搞出一部神秘的哲学片出来。
“卡，好了今天的拍摄任务结束了！”
连续拍拍摄了三个多星期后，文戏全部完成，接下来就是武戏，武戏由宝爷负责，约翰会退居二线，将主导权交给宝爷。
“宝爷，剧组明天就交给你了！拍摄的时候慢一点没关系，但千万要注意演员和剧组成员的安全，太危险的地方劲量用替身。”
约翰叮嘱了一遍，武戏最容易受伤，所以剧组为每个演员配了二个替身，受伤一个还有一个，但演员只有一个，一旦受伤，特别是伤到骨头就麻烦了，伤筋动骨一百天，等伤养好了黄花菜都凉了。
“好的，明白！”
宝爷知道约翰担心什么，事实上他的压力也大，这是他第一次执导投资如此大的电影，如果出现了意外，那就是灾难。
将该叮嘱的事叮嘱完，约翰带着雨果离开了影棚，返回皇冠工作室。
“对了雨果，你姐姐现在怎么样？”
车上，约翰看着窗外的建筑突然想起了雨果的姐姐。
“前段时间听她说要请什么女魔头帮她设计一座中档住宅区，现在估计在为这事忙着呢！”雨果回道。
“扎哈哈迪德的设计费可不便宜，会增加很大的成本，作为中档住宅区可能不好卖！”约翰道。女魔头的设计费是总投资的30%，贵得要死，一个中档住宅区最少数亿美元的投资，设计费起码一亿美元起步。
“姐姐说了，这个小区不赚钱，只为了打响公司的知名度，给史丹顿政府一个好印象，未来才能拿到更多的地。”雨果歪着脑袋看着约翰道。
“你姐姐蛮有经商头脑的，最主要的是不贪。”约翰赞赏的点点头，不贪的人才能走得更远，活得长久才是王道，昙花一现再美也只是一时的。
“那当然，我姐姐可是很聪明的。”雨果看见姐姐事业起步心里很高兴。“对了boss我还没好好谢谢你，要不是你帮忙，我姐姐也不能这么顺利。”
约翰摆摆手。“不用谢，作为你的老板，帮点小忙应该的，再说这也是帮我自己。”
约翰对身边人从来都不吝啬，而且他也喜欢帮助有野心的人。