战国时期，各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有三十岁左右，导致平均寿命大副下降的重要原因之一是：连幼小的孩童也要上战场，而大量的孩子就这么轻易地死在了战场上。
当时，最为强大的两个族群——森之千手一族和团扇宇智波一族，历史的渊源赋予了两大种族无法摆脱的宿命，两大族群无休止地交战着。长久的战争，使两大族群疲惫不堪。作为两大家族的成员，宇智波一族族长之子——宇智波斑同千手一族族长之子——千手柱间就这样因缘巧合的相遇了。残酷的战争，给世界，也给这两个宿命的家族带来了巨大的创伤，斑有四个兄弟战死，柱间的两个兄弟也因战争夭折。
……
一次偶然的相遇，两个并未透露出自己姓氏的少年，两个对战争同样厌恶但却不得不站在对立面的年轻忍者，通过一次简单的对话，开始了两人纠葛的交集。当时的两人，拥有着同样的理想，但对于理想却有着不同的理解，二人经常站在河的对岸，交换着自己的想法，千手柱间提出用签署协议和设立同盟的方法来结束战争，宇智波斑认为和平需要坚持自己的意志和足够的力量，否则一切都行不通，于是整日和柱间修炼和谈论关于未来的话题。
两人通过打水漂、爬山、对练、嬉戏的方式逐渐建立起了深厚的友谊，二人的羁绊随着时间的流逝不断加深，两个孩子甚至谈论着将来建立村子的话题。
但这一情况终究被双方的父亲发现，千手柱间接到从斑身上获取宇智波一族情报的任务，对应的，宇智波斑也接到相同的任务，两人都不愿意执行这样的任务，在会面时各自在石头刻上字，隔着河互打水漂暗示对方撤离。但埋伏着的双方父亲、兄弟（千手一方是父辈千手佛间和弟弟千手扉间，而宇智波一方是父辈宇智波田岛和弟弟宇智波泉奈）都不肯罢手，在几乎同一时间向对手发起了进攻。
……
斑与柱间不得不走向对立面，斑也不得不斩断和柱间的羁绊，双眼开启了单勾玉写轮眼，两个曾经在一起讨论着未来的人，就此走上了完全对立的方向。从那以后，两人日复一日年复一年不停地在战斗，不知不觉间，二人都成为各自族群的首领，每次交手后两人的实力都几乎不相伯仲。
后来在一次战斗中，千手扉间使用“飞雷神斩”重伤了宇智波泉奈，导致宇智波泉奈伤重不治。临死前，泉奈将自己的双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，而斑也因此意外地开启了永恒万花筒写轮眼。
战争的天平渐渐地倾向于千手一族，形势慢慢变得对宇智波一族不利，越来越多的族人选择了屈服，但是身为族长的斑还是坚持抵抗到底。为了守护对弟弟的承诺，宇智波斑决定拼死一搏，单枪匹马对千手柱间发起了挑战。经过一天一夜的漫长争斗，斑第一次倒下了，柱间提出两大族群就此停手，共同建立忍者村以换取和平的想法，但斑要求柱间必须选择自杀或者杀死其弟扉间，才能相信他们。情谊深重的柱间毅然选择自杀，并告诫其弟扉间要以维护和平为大任，斑被柱间的诚意打动，阻止了柱间自尽，两大族群就此罢斗，曾经战斗了无数次的千手和宇智波终于首次结成了同盟。
……
经过讨论和规划，两大族群终于签订了协议，一起创立了木叶忍者村，隶属于火之国。千手一族和宇智波一族联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的模式，组建了各自的忍者组织。随着忍村的建立，战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平，斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
木叶忍者村建立后，千手柱间因受到广泛的支持，而担任了木叶忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝着美好的方向发展着。
宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其内容令斑为之震惊，也为日后发生的一切埋下了伏笔……
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧，因理念的不同，崇尚力量的斑并没有被木叶的人所认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑与千手柱间的隔阂开始日益加深。
斑预测千手柱间死后，其弟千手扉间定会继承火影大位，而宇智波一族也迟早是兔死狗烹的下场。虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做第二代火影，但是斑看出：除了柱间，没有人能和他坦诚相待。斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”。
……
而后斑就好像彻底消失了一样，没有人再听到过他的消息。但是，突然有一天，斑回来了，并且像是想要摧毁曾经的梦想一样向木叶发起了袭击，为了保护村子，千手柱间毅然出战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中最为强大的九尾与千手柱间抗衡，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并手刃了曾经的友人，暂时地守护了木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑借此获得了重生。