“关于海军改组方案，本来是两个计划，一是对将领按照资历和年限予以晋升军衔；二是某些将领年岁已高，他们自己也不止一次地提出让贤，这次就准备让他们安度晚年并提拔一些年轻人候补。但经过今天的检阅，特别是方才总统、陆总长和萨次长的意见，我觉得还需要对某些不力将领予以调整，要把年轻英锐提拔到能够让他们大显身手的位置上去……”
改组会议的讨论整整持续了一夜，最终达成了如下方案。
海军司令部，为海军中枢指挥机关。
总司令：萨镇冰上将（国防次长兼，统管海军）
海防总监：程壁光中将（副总参谋长兼，协同统管海军）
海军顾问：谭学衡原清末海军大臣，赋闲后重新出山，不授军衔）
常务副司令：汤芗铭中将（留任）
副司令：吴应科少将（长江舰队署理司令转任，原副司令蓝建枢少将年老退役）
海军参谋长：黄裳治少将（海军后勤部主任转任，原参谋长徐振鹏因不称职而免）
副参谋长：毛仲芳代将（留任，晋升军衔一级）
海军政治部主任：李景曦少将（留任）
副主任：谢葆璋代将（留任。晋升军衔一级）
海军装备部主任：吴纫礼少将（海军研究所所长转任。晋升军衔一级。原主任李和少将年老退役）
副主任：吴德章代将（留任。晋升军衔一级）
海军后勤部主任：刘传绶少将（原海军一级参事转任）
副主任：谢刚哲代将（留任。晋升军衔一级）
海军学院。直属海军政治部。
院长：叶在馥少将（留任，晋升军衔一级）
常务副院长：高平寒代将（留任，晋升军衔一级）
副院长：王桐代将（新任，晋升军衔一级）
教育总监：曹嘉祥代将（原海军部高等参谋转任，谢葆璋不再兼此职）
教育少监：江中清上校（留任。晋升军衔一级）
技术总监：裴复原上校（原秦皇岛副总工程师转任，晋升军衔一级）
技术少监：顾燕逸中校（留任，晋升军衔一级）
训练总监：叶幼峰上校（留任，晋升军衔一级）
训练少监：朱正霖中校（留任，晋升军衔一级）
海军研究所，直属总装备部。
所长：刘冠南代将（原副所长转任。晋升军衔一级）
副所长：黄履川准将（留任）
舰船研究处处长：曾瑞祺代将（留任）
副处长：王伯屏上校（原海军学院技术总监转任）
兵器研究处处长：王齐辰代将（留任）
副处长：沈觐宸上校（留任，因主持研制海军航空兵起降设备有功晋升一级）
工程研究处处长：陈恩焘代将（主要负责岸防、要塞工事，晋升军衔一级）
副处长：朱荣上校（留任，晋升军衔一级）
兵员研究处处长：许世芳上校（负责海军将士身体健康、主持海军军医学院工作）
副处长：经亨咸中校（留任，晋升军衔一级）
海洋研究所处长：吴光宗上校（负责海域、海情、海图、气象等）
副处长：林继荫中校（留任，晋升军衔一级）
海军装备部四大直属船厂
江南造船厂厂长：陈兆锵少将（留任，晋升军衔一级）
总工程师：邝国华代将（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：陈杜衡上校（留任，晋升军衔一级）
秦皇岛造船厂厂长：郑清濂少将（留任。晋升军衔一级）
总工程师：曾宗瀛代将（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：郑滋樨上校（留任，晋升军衔一级）
大沽造船厂厂长：吴毓麟代将（留任。晋升军衔一级）
总工程师：寇御麟上校（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：曹树棠中校（留任，晋升军衔一级）
福州造船厂厂长：何品璋代将（原江南厂副厂长转任，晋升军衔一级）
总工程师：任照上校（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：韩孟杰中校（留任，晋升军衔一级）
海军陆战队，直属海军参谋部，准备在营级规模上扩大为团级。
团长：暂时空缺
副团长：陈明礼中校（代理团长职务，主持全团工作。晋升军衔一级）
副团长：周天中校（秦皇岛海军行营守备营营长转任，晋升军衔一级）
参谋长：李晓佟少校（原陆战队参谋长转任，晋升军衔一级）
一营长：吕冰岩少校（原陆战队副营长转任，晋升军衔一级）
二营长：马专若少校（原陆战队副营长转任，晋升军衔一级）
三营长：常婴芮少校（原陆战队副参谋长转任，晋升军衔一级）
炮营营长：华备培少校（原陆战队炮连连长转任，晋升军衔一级）
海军各舰艇编成巡洋舰队、机动舰队、练习舰队、巡防舰队、雷击舰队和运输舰队共六部分。
巡洋舰队辖海圻、海容、海筹、海琛、应瑞、肇和六舰，以海圻为旗舰。
司令：汤芗铭（兼）
第一副司令：吴应科（兼）
常务副司令：葛宝炎代将（练习舰队司令转任，晋升军衔一级）
参谋长：曾兆麟上校（飞鹰舰长转任。晋升军衔一级）
副参谋长：张斌元中校（新任）
海圻舰长：葛宝炎代将（兼，原舰长汤廷光去职）
副舰长：吴振南上校（楚观舰长转任，晋升军衔一级，原副舰长郑祖怡转任海筹舰长）
海容舰长：林建章上校（副舰长转任、晋升军衔一级，原舰长杜锡撤职）
副舰长：朱天森中校（江利舰长转任，晋升军衔一级）
海筹舰长：郑祖怡上校（海圻副舰长转任，晋升军衔一级。原舰长林颂庄退役）
副舰长：陈世英中校（海琛大副转任，晋升军衔一级。即后世有名之陈季良）
海琛舰长：甘联敖上校（海琛副舰长转任。晋升军衔一级，原舰长林永谟去职）
副舰长：郑硕简中校（豫康舰长转任。晋升军衔一级。原副舰长甘联敖升任舰长）
应瑞舰长：陈绍宽中校（原代舰长转任）
副舰长：周光祖少校（原练习舰队参谋，晋升军衔一级）,
肇和舰长：程耀垣中校（原代舰长转任）
副舰长：刘华式少校（原练习舰队参谋，晋升军衔一级）
机动舰队辖希望、春、夏、秋、冬、飞鹰、建安、建威、联鲸九舰，以希望号为旗舰
司令：沈鸿烈上校
副司令：凌霄中校参谋长：杨启祥少校
希望舰长：沈鸿烈（兼）
副舰长：张楚材中校（福安副舰长转任，晋升军衔一级）
航空兵长官：陈英昊中校（新任）
春号舰长：方念祖中校（北巡舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：岳文华少校（新任）
夏号舰长：宋式善中校（北视舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：孔重平少校（新任）
秋号舰长：杨宣诚中校（春号副舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：武因凯少校（新任）
冬号舰长：刘田甫中校（夏号副舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：钱飞扬少校（新任）
飞鹰舰长：赵士淦中校（副舰长转任。晋升军衔一级）
副舰长：苗炜蓝少校（新任）
建威舰长：佘振兴中校（留任，晋升军衔一级）
副舰长：万昆和少校（新任）
建安舰长：林国赓中校（留任，晋升军衔一级）
副舰长：于志民少校（新任）
联鲸舰长：许凤藻少校（留任。晋升军衔一级）
练习舰队辖通济、海训、北训、飞鸿、龙湍五舰，以通济为旗舰。
司令：刘永浩上校（副司令转任，晋升军衔一级，原司令葛宝炎转任海圻舰长）副司令：郑礼庆上校（北训舰长转任，晋升军衔一级）
参谋长：孟幕超上校（晋升军衔一级）
参谋：唐德、饶秉钧、刘贻远（均晋升为少校军衔）
通济舰长：彭瀛中校（通济副舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：萧宝所少校（原练习舰队参谋转任，晋升军衔一级）
北训舰长：姚葵常中校（副舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：李右文少校（原练习舰队参谋转任，晋升军衔一级）
海训舰长：郑纶中校（建威舰长转任。晋升军衔一级）
副舰长：陈训泳少校（新任）
飞鸿舰长：叶芳哲中校（留任，晋升军衔一级）
副舰长：魏子浩少校（新任）
龙湍舰长：陈石英少校（留任）
巡防舰队辖北巡、北视、六楚、四江、二永、甘泉、舞风、鲸波共17艘军舰，以北巡为旗舰。
司令：饶怀文上校
副司令：何广成中校（原楚同舰长转任）
北巡舰长：费开元少校（新任）
北视舰长：刘同济少校（新任）
楚观舰长：吕德元少校（留任）
楚谦舰长：王光熊少校（留任）
楚豫舰长：方佑生少校（留任）
楚泰舰长：饶涵昌少校（留任）
楚同舰长：王传炯少校（舞风舰长转任）
楚有舰长：李毓麟少校（留任）
江元舰长：郁邦彦少校（留任）
江亨舰长：邓家骅少校（留任）
江贞舰长：周兆瑞少校（留任）
江利舰长：沈继芳少校（留任）
永翔舰长：薛启华少校（留任）
永丰舰长：林霆亮少校（留任）
甘泉舰长：杜逢时少校（留任）
舞风舰长：孙义琨少校（新任）
雷击舰队辖同安、豫章、豫康三艘鱼雷艇领舰和辽兴、辽平、辽远、辽静、辽安、辽康、辽威、辽武、湖鹏、湖鹰、湖隼、湖鹗12艘鱼雷艇，一般分为3个小编队，另有江鲲、江犀两艘布雷舰。
雷击舰队司令：陈复中校
同安舰长：陈复中校（兼）
豫章舰长：吴志馨少校
豫康舰长：陈策少校
各鱼雷艇艇长略。
运输舰队辖海运、北运、福安三艘运输舰，以海运为旗舰。
司令：王时泽上校（留任）
海运舰长：杨征祥中校（北运副舰长转任，晋升军衔一级）
副舰长：章世炎少校（新任）
北运舰长：杨征祥中校（原副舰长转任，晋升军衔一级）
福安舰长：李国堂中校（留任）
副舰长：方可原少校（新任）
这次方案调整，最引人注目是海军主力舰、四海舰长的调整。四大舰长原本均为闽系中坚，在这次改组方案中竟然悉数落马。而造成他们落马的原因除了在账目和公款上不明的情况外。主要原因在于他们对各自军舰的训练不够抓紧。用秦时竹的话说：“海军不是养懒人的地方，我们用人要贯彻一个原则，即贪者下、庸者让、能者上。四海舰长虽然在个人品德上并没有太大的问题，但他们未能正常履行作为舰长的职责，就是他们最大的问题，也是他们去职地根源。”
在这次调整中。一批原本怪话连天、懒散松懈的官兵都被驱逐出海军行列。如果说海军第一次整肃重点抓的是军人风貌、纪律的话。第二次整肃重点在于狠抓海军队伍建设和技战术训练。经过第二次整肃，原为海军主体的闽系比例继续下降。各方面也明白了上层铁腕治军的决心，海军地凝聚力和战斗力进一步提高。不久后，海军开展了大练兵、大学习活动，整体面貌焕然一新。
为了切实体现德奥同盟精神，7月30日中午时分德国武装力量奉令进入战争戒备状态。随后德国政府向俄国政府发出通蝶。要求俄国在12小时内取消总动员。又向法国政府发出照会，询问法国政府：一旦德、俄开战，法国是否严守中立。限期18小时内回复。截止最后时限，俄、法都无回音，德国政府立即宣布总动员令。当晚，德国政府驻俄国大使向俄国递送照会，宣布自公元1914年8月1日下午7时起，德俄进入战争状态，听得德国下令总动员后，当日法国政府也下令总动员。至此，欧洲大战已经箭在弦上。
为了有效应对。小毛奇代表德国陆军，提尔皮茨代表德国海军各自阐述了陆海军对于战争的准备，充分表达了对胜利的信心，威廉二世大喜过望，下定决心投入这场世界大战……