消息传到南京，所有人无不大惊失色。马士英老于官场，见自己部将窝里反，想来争也没用。连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。
史可法一开始还蒙在鼓里，指手画脚的不服，又在写给马士英的信中痛骂朱由崧昏聩糊涂。没想到却成为落在别人手中的把柄。随即马士英便带领大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。大势已定，满心悔恨的史可法和东林党人也只好接受这个现实了。
最后官员们一致佣立朱由崧成为南明帝国的新皇帝，定都南京。而原来在南明历史上有名的江北四镇，由于刘泽清早早的死在刘佩手里， 所以南明四镇就变成了南明三镇。
而且黄得功，高杰和刘良佐这三个人已经明显出现了军阀化的苗头，各自佣兵镇守一方。但是出于对文官系统的习惯性畏惧，他们依旧在朝堂上没有太多的发言权。所以整个南明朝堂上依旧是文官的天下！
但是这里问题就出现了，本来就占据朝堂多数的东林党人老家根本就是江南地区，所以在拥立弘光帝之后，朝堂上东林党人再次占据上风！
本来在国破家亡的危机关头，按理来说，朝堂上的人都应该团结起来共御外敌！可是这些东林党完全埋头不向北看，就当北方什么事情都没发生，关起门来一心一意的过自己的小日子。
结果就出现了一个很奇葩的情况：刘佩在这里打垮了大顺军，又击退的清军，现在马上就要将整个大顺军的控制区全部纳入麾下的时候，他们才发现北方出现了这么一只可怕的力量！而且他们居然不知道刘佩北上对抗清军的消息。
这些东林党人在临时安稳的这段时间内，完全忘记了外敌的情况。他们旧病复发，再次开始了内部斗争！
所有人都认为应该让“正人”来占据朝堂，但是谁是“正人”那？只有自己这一派才是“正人”！
而且自己才是本派系里“正人中的正人”！
所以他们今天你弹劾我，明天我揭露你！在同一个旗帜下的东林党分成几派，你打我拉的闹成一团！他们完全忘记了该做的事情，甚至连最起码的北上侦查都没有做出来！
他们收到的消息来源竟然是那些商人！那些进入到山东的商人收到消息并带了回去。而那些能够长途行商的商人大部分都是背后有人的。他们讲消息传到背后的官员那里，这件事情才在庙堂上逐步传开。
在消息传开之后，整个南明朝堂上虽然没有人明确提出来，但是大家却在暗中相互印证，相互打探。最终确定了李自成被击败的消息！
但是所有收到消息的人，都不约而同的将刘佩北上击退清军的消息当做夸张的流言，从自家的消息当中排除了出去！就这样，整个南明朝堂上大家都在装糊涂！
在正常历史上，南明在这方面做的也是一塌糊涂！他们甚至根本不知道吴三桂是真的投降清军了，而是一厢情愿的认为他依然忠于大明！甚至还为大清击败了大顺军而连连叫好！他们忘记了大清同样是食人的猛兽！
而且最离谱的是，他们对远处的事情摸不清，对近在眼前的事情同样搞不清楚！
当清军开始在中原攻城掠地，他们也明确知道清军明显是怀着敌意的时候，他们居然依然没有向北方侦查的行动！
在清军在追剿李自成等人的时候，因为兵力不足，清军不得不将最先占领的山东地区兵力抽空！他们只在山东留下了象征性的兵力，以表示占领。
可是南明方面却居然根本不知道这些情况，白白的错过了夺回山东和部分山西地区的好机会！让清军有了从容调度兵力的时间！如果他们稍有进取心，只要派一支兵马北上，就可以在当地百姓的配合下夺回大片的土地！甚至可以再次威胁京师地区！
可是南明那时候偏偏就没有做出一点反应，而是忙于分辨哪些人是“正人”，哪些人是“小人”！结果最终等来了自己的绞索！但是最令人发笑的是，清军到来的时候，“正人”们基本上都投降了，而“小人”却战死了！
就在南明的官员们私下里讨论刘佩的时候，一个想升官想疯了的御史终于把这件事情掀开了。这时候整个南明朝堂才明白一件事情，那就是真的有人击败了李自成！
最终在朝廷上的结局很有趣。那些本来把这些消息压着的官员们没有得到预想中的好处，所以干脆把火撒在了那个小御史身上。他升官不成，却一纸调令调出了南京，不知道哪里去了！
但是事情既然已经掀开了，大家自然要讨论一下！于是整个南京庙堂上便出现了多种意见。
一种意见就是直接命令刘佩到南京来朝拜新皇帝！毕竟崇祯皇帝死了，弘光帝就是唯一的正统了！只要他来南京，封条一个爵位，就像对付以前的勋贵那样养起来！至于军队嘛，自然由朝廷接手！毕竟中兴的名臣怎么可能是个武人那！一定要是文臣才对！
还有一批人坚决认为刘佩早已有反心！不然的话，他早就应该到南京来朝外新帝了！结果他居然自顾自在和大顺军打仗，所以应该治他的罪，并且派出大军去讨伐他！
还有一种意见就是刘佩是一个独立的力量了，在摸清他到底想什么之前不应该轻举妄动。如果能将他和平纳入朝廷之中最好，如果不能的话再出兵讨伐！
南明的朝廷里面大体上的意见就是这三种，还有一些意见则被无视了！但是奇怪的是，他们这三类人，无一不是认为对付刘佩都应该是手到擒来！
至于刘佩击败了大顺军这件事情被他们选择性的遗忘了！似乎他们一出马，刘佩就会纳头便拜，听他们摆弄一样！天知道他们那里来的信心？