取得开封府和汝宁府的控制权以后，英国公张世泽和山东总兵牟文绶，分别自荣阳、西平进军，由东、南两个方向，对聚拢在宜阳的郝摇旗一部残余大顺军形成合围之势。
首先就是南阳府的战事，这一带李自成也留有将领和地方官镇守，但并非是什么名将，也没有太多兵马，只有几万人而已。
听闻朝廷大军来临，并且全歼了张能，此地的大顺留守将军击杀李自成布置在这里的节度使，扯旗归顺了朝廷。
南阳一带，只有邓州的大顺军还在顽抗，但是很快，牟文绶率领山东军进剿，击溃了该部流寇，将整个南阳府重新纳入大明版图。
收复南阳以后，接下来要做的，就是尽快与张世泽的京军会是。
大约在崇祯二十一年的六月初，张世泽与牟文绶在宜阳县胜利会师，郝摇旗督兵出战，被牟文绶部下的部将周世锡击溃。
在合围宜阳的时间之内，还有一件事要做，便是派快马前往汝州、河间府境内，招降地方，肃清残余流贼势力。
肃清地方的任务，交给了援剿过来的居庸关、保定等处其它地方明军，张世泽和牟文绶一面派重兵环城，又一面对城中顺将不断招揽，好言好语。
六月初五，郝摇旗部将，大顺果毅将军焦言等三人经受不住诱惑，计杀郝摇旗，提着他的我脑袋，率数万大顺军开城投降。
至此，河南全境光复。
后来，为正法三军，张世泽下令杀焦言等三人，传首河南，他又将宜阳投降的大顺军之中老弱解散，尽数发回原籍重新编户入册。
余的青壮还是老样子处理，有的回家务农，大多数被分散发往全国各地，当兵的、帮工的都有不少。
拿下河南后不久传来消息，崇祯皇帝御驾亲征，潼关已在官军之手。
张世泽留在河南稳定地方，牟文绶则与其分兵，率山东军自洛南入陕，迅速逼近伪顺政权的心脏“西安”。
另一方面，接到河南全境丢失，官军正从两个方向进逼而来，李自成吐出一口老血，当即不省人事。
不过他在醒过来的时候，还是很果断而坚决的下达了全面放弃陕西的指令，照他的意思，大顺军主力将取道商洛进入湖广，再图后事。
李自成这条命令下达之后，本来因官军大兵压境二人心惶惶的大顺文武们，更都是一瞬失去了主心骨。
主子又要跑路了，自己怎么办？
李自成率领主力撤出西安之后，堵胤锡率军在后一路掩杀，追杀了大约几十里的距离，斩首数以万计，俘获衣甲、辎重更是无计。
最后在商州一带，堵胤锡的五省联军与堵胤锡的山东军胜利会师，形成一支多达二十余万的明军主力。
这支主力军队追着李自成的屁股一路撵着走，但令人疑惑的是，他们追的阵势大，但一点也不急，直到把李自成逼入商洛山为止，就不再追击了。
接下来去干什么，堵胤锡留下一部分兵马封住李自成再出来的路，实际上这货被打成落汤鸡，也压根不会想再回来了。
余的兵马则分散到陕西各处，比如牟文绶的山东军，也分成几个部分，向洛川、汉阳一带进发。
不得不说，堵胤锡的猜测很正确，大顺的腹地着实太空虚了，尤其是李自成带着主力撤走以后，余的根本没有组织起像样的抵抗。
到了六月底的时候，潼关之战结束不过也就半个多月的时间，延安、洛川、灵州、临洮、洮州、榆林等处都被官军拿下。
这些地方的顺军几无抵抗，纷至沓来的，都是屈膝投降。
世人皆知，陕西四镇是除西安以外，最主要的地区，在余的明军进行陕西各地收复工作时，堵胤锡率禁军亲自负责对这四个军镇的工作。
即便是这四个军镇，固原、延绥、甘肃也已全部光复，唯有宁夏一镇的大顺军联合当地土司还在负隅顽抗，妄图凭借地势之利，抗衡朝廷天军。
该地留守的果毅将军田虎，联合当地土蛮酋长吴忠，假意归顺，实则暗地备战。
六月二十六日，率部前去接收宁夏镇归降的巴东总兵王学诗在红寺堡遭到流寇与土蛮军的伏击。
后战报传来，巴东总兵王学诗力战死，该部明军一万八千余人无一生还，王学诗的首级还被土蛮酋长吴忠挂在梁上炫耀。
消息传到西安，崇祯皇帝震怒，增派山东军入宁夏，并下谕旨，让马进忠等部尽快援剿，对那些顽抗的土蛮酋长不予姑息。
七月初三，山东总兵牟文绶攻克红寺堡，斩杀土蛮酋长高沙。
同日，密云总兵马进忠三战三捷，连克永康、宣和、镇罗三堡，三地土蛮酋长高银、刘罗、宋清均死于乱军之中。
七月初五，马进忠与牟文绶合兵一处，四战四捷，歼灭土蛮部落十余个，杀酋长及王子二十余人。
五日之后，官军进围宁夏镇城。
土蛮酋长吴忠杀大顺留守将军田虎，提头在城头投降，但是这一提议被马进忠及牟文绶以圣旨为由坚辞拒绝。
当日，官军开始总攻。
官军以重炮环城，实施连续不绝的火力压制，两个时辰之后，城池西南角落被轰开缺口，官军将士鱼贯而入，遂克宁夏镇城。
土蛮大酋长吴忠死于牟文绶部将周世锡手中，城中聚齐的土蛮部落及酋长，都被全部歼灭得一干二净。
堵胤锡传来军令，宁夏进攻战以山东军将领周世锡为首功。
此后，马进忠留守宁夏，负责宁夏镇内的残余清剿，牟文绶则率山东军向下，支持余部明军进行整个陕西的收复和平乱。
现在的陕西，宁夏被迅速平定之后，更是风声鹤唳，牟文绶下去以后，最多的工作就是对各地流民、百姓的安抚，就算偶有战事，也是地方上出现了一些小乱子，兵至即平。
在此期间，官军对整个陕西累积多年的豪强结寨、山匪聚众，都进行了彻底的清除和剿灭。
因为一切都有崇祯皇帝在陕西坐镇，所以即便是清剿豪强的过程中，也并未遇到太多阻力。