由于北洋政府拖欠教职员的薪金，克扣教育经费，引发了北大等8所学校的教职员工全体辞职后，发生了震动学界的“六三”惨案，和清华大学的罢考试留级风波。
191年6于日阴雨霏霏，北大等国立8校的教职员，及自愿声援的校学生共千余人，手制“教育破产”的标语，赴总统府求见总统徐世昌。
李大钊、马叙伦等几位教授走在队伍的最前列，队伍行至新华门，教育部次长马邻翼出面，表示可以代转要求给总理但不能负责。代表们不满马的应付态度想要一拥而入，早有准备的军警荷枪持刀见人就打。马叙伦教授、法专校长王家驹、医专代理校长张焕文、北大教职员代表沈士远教授等均被打受伤，教育部次长本人也遭到了痛殴，伤者不计其数。这便是震动全国“六三”惨案。
这一事件引起北京各校师生和社会各界的强烈愤慨，国内外教育界纷纷致电声援，在广州重组军政府的孙中山也致电8校教职员，邀请他们和北京教育界南下到广东办学。当时位于北京郊区的清华，是用“庚子赔款”建立的留美预备学校，不存在教育经费被克扣的问题，所以一度置身事外。
“六三”惨案发生以后，北京各校学生立刻罢课抗议，清华学子们也认为万难坐视，包括闻一多、罗隆基在内的学生力主罢课。清华全体学生大会投票表决，以9票对119票通过了“同情罢课案”。在接下来的6月1日期末大考当天，清华学生无一人进入考场，为此学校也和董事会往返商榷，以开除学籍和留级相威胁。
清华学生最后仍以绝对多数主张拒绝参加大考，但是决绝大考受影响最大的还是这一届的毕业生辛酉级，为辛酉级留洋准备的“中国号”轮船，三个月前便已经准备好了，全体学生早已为毕业做好了准备。长时间争辩之后，辛酉级表决通过了参加大考之提案，50多人走进了考场，但闻一多、罗隆基、何浩若、吴泽霖等9人仍拒绝参加毕业考试。最终教潮平息，8校教职员工宣告复职，在多方交涉下，闻一多等9人留级一年之后赴美。闻一多进入芝加哥美术学院学美术，罗隆基、何浩若、浦学凤等专攻政治学。
民国时期教会学校的变革
191年，教育部部长范源濂对教会学校表示强烈不满，并发表公开声明。19年，蔡元培提出教育与宗教分离的主张，得到纷纷响应。19年，“少年中国学会”的领导人之一余家菊在《中华教育界》杂志上发表了题为《教会教育问题》的文章，提出了“收回教育权”的口号。
194年，广州“圣三一”学校发生学生运动，学生进行了罢课斗争，发表了宣言，提出了“反对奴隶式教育”、“争回教育主权”的口号。这次运动很快波及广州十几所教会学校，得到各界机构和人士的支持。“收回教育权”运动很快就成为全国规模的运动，中国两个有影响的教育社团“中华教育改进社”、“全国教育会联合会”都在194年的年会上通过了“收回教育权的决议案”，而且都把它作为当届年会的重要议题。
当时教育界为“收回教育权”提出了种种办法和解决措施。如规定以后毕业于教会学校的学生，不给予本国学校毕业生同等待遇，不承认有相应的升学资格，不能参加国家安排的留学考试等。“收回教育权运动”到195年以和“五卅”反帝爱国运动汇合到一起。
虽然“收回教育权运动”最后没有达到取缔教会学校的目的，但它的意义重大：
在这以前，教会学校被看成是中国国家教育系统以外的外国学校，但在这以后大部分传教士开始承认中国政府有权监督中国境内的一切学校，大多数教会学校都向中国政府申请注册；教会学校开始重新组织课程，向中国政府教育部规定的课程标准靠拢；在学校管理上开始吸收中国人作为行政管理人员。（未完待续）