根据朱可夫的提议，西伯利亚三个特别军区被分别改组成东北方面军、东方方面军和东南方面军。两天以后，又成立了北方方面军和南方方面军。斯大林不断要求得到边境情况和执行２号命令所采取的措施的报告。他好几次当面或者打电话对铁木辛哥、朱可夫和瓦图京说：“你们究竟什么时候才能把边境的战斗情况清清楚楚地报告上来？巴甫洛夫、基尔波诺斯、库兹涅佐夫都在干什么？还有总参谋部在干什么？”
瓦图京有两三次把作战地图带到克里姆林宫。但是并没有什么令人宽心的消息。地图上用红蓝铅笔仔细地标出各个集团军和军的配置地区、航空兵的基地以及预备兵团的开进方向。但是却没有主要的东西：战斗究竟在什么地方进行？敌人在何处？苏联部队的行动是什么性质的？克里姆林宫中的人们还没有意识到，中**队已经破坏了他们的指挥和通讯联络，而对东方方面军则几乎已经使之完全瘫痪了。巴甫洛夫大将在敌人入侵几小时后就丧失了对本方面军部队的指挥线索。中国侦察机几个月来几乎不受惩罚的飞行和间谍的报告使华军指挥部能十分准确地切断所有的指挥所、通讯线路、机场、仓库和部队的部署位置。华军的第一次打击（空军的、炮兵的、坦克的）是极有成效的。华军空投的破坏人员破坏了有线通讯。而有线通讯在当时比无线通讯有更大的作用。
东北方面的情况也不妙。据第８集团军司令部报告的情况，“没有保卫边界的任何明确的计划。部队主要是在筑垒地区修建工事，修筑机场。各部队都没有补足编制。永久性工事没有修好。当天早晨军区的飞机就几乎全部在机场上被烧毁。本应支援第８集团军的混合航空兵师只剩下５至６架飞机了……”
而斯大林一直在等待着胜利的消息，或者至少是让人产生希望的消息。这样的消息不见到来。只要他办公室的房门一打开，斯大林就迅速抬起头来，盯着来人的面孔。没有使人放心的战报。“领袖”坐立不安。在战争爆发的第一天里，斯大林只喝了一杯茶。他以为是军事首长们迟迟不肯行动，犹豫不决，对早晨发往各边境军区的命令的意义认识不足。国内战争时，他常常作为党的全权代表被派往各条战线。他相信用硬性的要求、威胁及各种行政性措施对司令部及其领导人施加巨大压力是卓有成效的办法。情况不明使他感到压抑。斯大林再也不能等待下去了。同莫洛托夫、日丹诺夫和马林科夫讨论铁木辛哥发来的关于建立最高统帅部的文件还没有结束，他就突然站起身来，在办公室里踱了个来回，命令道：“紧急派遣最高统帅部有权威的代表到东南方面军和东方方面军去。去巴甫洛夫处的是沙波什尼科夫和库利克，去基尔波诺斯处的是朱可夫。今天就乘飞机去。立即出发。”
他走到桌边，环顾了所有在场的人，又坚决而且似乎是用威胁的口吻说：“立即出发。”
大家都赞同地点点头。斯大林觉得，必须由中央不断发出强大的推动力来激发各司令部和部队采取更果断的行动。按照他的倡议和要求，瓦图京到黄昏时拟好了总军事委员会的又一份命令（由苏联元帅铁木辛哥任主席的最高统帅部是第二天才成立的）。这份命令的草稿经过斯大林仔细修改。三次使用“国境线”一词的句子结构本身表明，斯大林是“神不守舍”。这个命令由铁木辛哥、马林科夫和朱可夫签署。尽管朱可夫已经飞往基辅，斯大林仍旧命令署上他的名字。
战争的第一个昼夜快结束了。斯大林还希望从纵深开进的兵团会阻止，然后粉碎入侵的中**队。而且到晚上１０点钟时，瓦图京带来了总参谋部的战报，其中让人放心地归纳说：“红军野战部队的先头部队到达后，敌军在国境线大部分地段的进攻已被击退，并蒙受损失。”这份战报使大家有点活跃起来了，甚至是喜气洋洋。斯大林和他办公室里所有的人还不知道，华军在许多地方一昼夜间突入苏联领土达数十公里。
从4月3日早晨起，斯大林还抱有的幻想开始迅速烟消云散。他两次试图和巴甫洛夫本人取得联系。但两次东方方面军司令部都简单地回答说：“司令员下部队了。”从方面军参谋长克利莫夫斯基赫少将处也得不到一点确切的消息。于是产生了一种可怕的猜测：司令部失去了对部队的指挥，而且控制不了事态的悲剧性发展。
而东方方面军司令部的确在一昼夜之后失去了对部队的指挥。巴甫洛夫这位方面军司令员从司令部所获得的零星消息中，在战争爆发后的第４天才明白了：敌军的快速集团两三天后就能从东北和东南方向逼近鄂木斯克。在突出部作战的方面军所属第３和第１０集团军各部队处境艰难。它们受到两翼迂回，一部分甚至被敌军绕到了后方。在这种情况下，巴甫洛夫决定退却看来是正确的，因为他看到在鄂木斯克方向还留有一条５０至６０公里宽的走廊。但要实现这个决定却极其困难。在这个时候，巴甫洛夫大将签署了在这场战争中的为数不多的命令之一：
“第１３、第１０、第３及第４集团军司令员：今天，即4月3至4日夜间，不晚于２１点开始退却，各部应做好准备。以坦克为前卫，骑兵及强大的反坦克防御部队为后卫。这次行军应在强有力的后卫掩护下，昼夜兼程疾进。在辽阔的战线上甩掉敌人……应在一昼夜间一举跃出６０公里以上……允许各部队充分征用当地工具并征集任何数量的马拉大车……”
巴甫洛夫在指示退却的最后路线时，并不知道部队已经没有燃料和运输工具了，它们在战斗的最初几天里被敌人夺走或是被摧毁了。各兵团零乱的退却是在华军空军握有制空权、华军的快速集团迅速迂回运动的极其困难的条件下进行的。斯大林指望得到令人宽心的消息是没有根据的。事态的悲剧性发展日益加剧。
此后几天内，特别是到月底时，斯大林终于意识到了致命威胁的规模，他在一段时间里简直丧失了自制力，处于精神极其压抑的状态。4月6至8日，斯大林极为沮丧和震惊，以致不能表现出自己是一个认真的领导者。他的精神危机是深刻的，虽然为时不算太久。而在这次危机到来之前，他曾试图采取一些措施，发布某些命令，尝试过给最高指挥机构打气。在2日早晨讨论成立武装力量统帅部最高统帅部时，他出乎大家意料，打断了讨论，建议在最高统帅部下设立常任顾问室。马林科夫和铁木辛哥正在起草文件，他们交换了一个眼色，可是并没有表示异议。斯大林迅速地口述了常任顾问的名单：在最高统帅部下设立最高统帅部常任顾问室，成员有库利克元帅、沙波什尼科夫元帅、梅列茨科夫、空军司令日加廖夫、瓦图京、防空司令沃罗诺夫、米高扬、卡冈诺维奇、沃兹涅先斯基、日丹诺夫、马林科夫、梅赫利斯等。作为政府决议发出的这份决定由波斯克列贝舍夫签署后，用电报发给各军区和方面军。但是这个顾问室只存在了两星期，就悄悄地“寿终正寝”了，没有来得及发挥作用。
斯大林和总参谋部战前失误的还有事先不曾仔细地研究成立战时领导国家的特别机构——国防委员会，以及武装力量的最高战略领导机构——最高统帅部的问题。这两个机构是在战争已经开始之后才成立的。此外，总参谋部也被削弱了，总参谋长就接连换了三个。这些失误，还有其他的许多疏漏立刻就尖锐地显示出来了。
从各方面军司令部来的零星消息、航空侦察所得资料和最高统帅部全权代表的报告使斯大林陷入极端的惘然若失的状态。在听取瓦图京的例行报告时，他本人表现出的几乎是令人麻木的惊慌不安。瓦图京字斟句酌，低声报告东方方面军和东北方面军试图进行反击，但空中掩护薄弱，行动不协调，炮火保障很差，因此没有获得预期的结果。部队受到了巨大损失，继续退却。而且往往是凌乱的后撤。瓦图京补充说，处境特别艰难的是第３和第１０集团军各部。它们实际上已经被包围。华军的坦克纵队已逼近鄂木斯克。
“您说什么？逼近鄂木斯克？！您怕是搞错了吧？！您这是从哪儿来的消息？”
“不是，我没有搞错，斯大林同志，”瓦图京仍旧声音不高，用歉意的口吻回答说，“总参谋部派到部队去的代表的报告和航空侦察的材料是一致的。今天可以说，一线部队没能在国境线上阻住敌人并保证后续部队的展开。东方方面军的战线实际上已经被突破了……”
“……可是五六天里怎么会让敌军深入苏联国土１５０至２００公里？！这简直不可理解！巴甫洛夫、库利克、沙波什尼科夫是干什么的？总参谋部为什么不去指挥部队？”
军人们一声不响，听着斯大林恶狠狠的、令人难堪的唠叨，等到终于得到准许时，赶紧返回自己的总参谋部去了。
斯大林并不知道，战争的最初几天里，各条战线都是乱糟糟的，有时简直是一片混乱。司令部不断发出新的命令和指示，而这些命令和指示又都落后于急速变化的形势。不仅处境危殆的东方方面军是这样，而且其他各方面军的情况也是这样。第８机械化军军长里亚贝舍夫后来回忆战争的最初几天时（在专送总参谋部的报告里）说：“直到2日１０时，我才接到２６集团军司令员的命令，让我军在比斯克市以西集结……我们行军８０公里后，在3日19时到达指定的集结地区，而在２２时３０分又接到新的命令：2日１２时前，我军应开到以东２５公里处。这天下午，已划归第６集团军的我军又奉命开到巴尔瑙尔地区……我们赶到了。２３时，东南方面军司令员的命令又给我们提出了新任务：4日早晨对敌人实施突击。而在此以前，我军一昼夜半中行军３００公里……4月3日，第８机械化军在指定地区集结。早晨转入进攻，获得局部胜利，但整个说来没有完成任务。燃料耗尽了。空中只有中国人的飞机。6日４时，我们接到新的命令：全军后撤，作为方面军的预备队。我们开始后撤。６时４０分来了新命令：向敌人实施突击。但部队已经开始后撤。１０时，东南方面军军事委员、军级政委瓦舒金来到军指挥所。他以枪决相威胁，要求我执行命令。但部队已被包围。后来查明，方面军司令部原定的进攻已经取消了……我们以两个师的兵力据守时，才得知进攻的命令早已取消了……我们各部队分别突围出来。按照方面军司令部的命令撤退。我们向方面军司令部送去报告，但司令部所在地已被敌军占领……”由于战斗和不停的调动，“撤到安全地带的只有不超过１０％的坦克和２１％的装甲车辆。后来该军即被解散……”
在战争的最初几天和几个星期中，苏联最高领导和方面军领导被出乎意料的事态发展吓呆了，以自己并不符合实际情况的举动增添了混乱。没完没了的调动、缺乏灵活的协同动作、失去对各兵团的指挥能力以及不了解真实情况，只能加剧部队原来已经十分危急的处境。
战前的失算、指导能力不强、害怕挑衅、许多新提拔的指挥员和司令员训练不够，使得苏联军队和防务都很虚弱，难以驾驭，以致很快就丧失了自信心。尽管苏联报纸介绍了边防军人的英勇气概、航空兵和坦克兵的功绩，报道了全国奋起抗击敌人的情景……这些都是真实的。但是在前线——这是不能对人民隐瞒的——惨剧日益逼近。斯大林感到全国都在看着他这位“领袖”，他和伏罗希洛夫一起曾经一再向苏联人民保证红军有能力粉碎任何敌人。在这些日子里，他的“钢铁”意志剧烈地变形了，而且无论如何也不能振作起来。有时他似乎觉得已经是走投无路了。当瓦图京在例行报告中，在地图上指出第８和第１１集团军沿着不同的方向撤退时，斯大林清楚地看到东方方面军和东北方面军之间的一个１３０公里宽的大缺口！东方方面军的主力不是被包围，就是被击溃了。而东南方面军眼下还能屹立不动。他斯大林怎么会不听专家的意见，批驳了最可能的主要打击方向就是东方方面军的看法呢？他怎么会一时糊涂了呢？为什么人们没有说服他呢？为什么军人们没有让他注意中国人战略的特点呢？现在只好对部队做大规模的调整。然而时间紧迫！
斯大林烦躁不安，对人严厉，不时召见一些人，有时则独自呆在别墅或办公室里，一连几个小时不见动静。铁木辛哥等人民委员同时被任命为最高统帅部首脑，他感到这个职务十分尴尬。周围的人们也明白，实际的领导作用和全部权力反正是掌握在斯大林手中的。而他的举止却火气大得有些反常；大家都看出了他的压抑和极端忧郁。斯大林的情绪在某种程度上也传染了总参谋部的领导。结果在最初的三四天里没有如实地权衡正在形成的局面，直到4月7日才一本正经地谈到防御，谈到修筑防御地区，动用预备队。最高统帅部给部队发出的命令在许多情况下只能被认为是在绝望和不了解情况下作出的姿态，是一种不择手段、不计场合而只求取得些许成功的意愿。
最高统帅部一再命令巴甫洛夫立即对敌人的坦克加以包围并歼灭之，并为空中进行打击做好准备。事实上这些命令已经不可能被执行，但最高统帅部还是接二连三的发出这样的命令，有的拿到甚至连使用一个坦克排的兵力都做了规定……
斯大林夜间回到近郊的别墅后，就走进自己的办公室，和衣躺在长沙发上。可是他不能入睡。他起身走过客厅、饭厅。在列宁像的上方依旧亮着一盏电灯。漆成仿橡树的深色墙壁恰好映衬着斯大林阴沉的情绪。他漫无目的地在几个房间里走了走，瞟着电话机（别墅里有三架克里姆林宫的“自动电话”，分别放在不同的地方），似乎是在等待着，同时又害怕听到可怕的新消息。