太空之上巨大的镜面收缩，上百艘移民战舰带着炎黄城的居民向着烈日城方向飞进去，而众多大思维者则是要跟逐渐收缩的人定胜天号离去。自此进化第二部曲以和原剧情截然不同的风格和结果下落幕。
随着庞大镜面不断收起，和移民舰队的远航，月球要塞的最高武器控制权解锁，一切权限移交给人类联盟，锁死月球要塞权限，以及固定关键机械结构，干扰锁死电路程序的法力从月球要塞中撤出，十分钟后回到破晓化身身边。
破晓化身回头看了一眼碳基生物圈仍在美丽地球。然后丝毫不留恋的走进人定胜天号战舰。而其他大思维者也缅怀了一下地球，毕竟即将发生的太阳系战争谁胜谁负还不知晓。或许这是最后一眼看地球。但是为了未来必须无视一切荆棘。
端木也多愁善感，离开地球似乎摆脱了什么，找到了属于自己的东西。这一刻端木为自己而活。镜面逐渐收拢，端木转身，蔚蓝的地球在端木背后高照，茫茫太空中一身飘扬古风打扮的端木眼中是无比的确定。这个特写，相比原剧情中端木阻挡两大强天位为人类保留了一块生存地的解脱神情特写，是两种精神意志。
月球要塞的人类用复杂的眼光目送破晓等人的离去，无论是剧情中的本来任务还是魔方穿越者。一瞬间感觉到时代不再属于自己。月球要塞上一切纪年全都是按照太阳历来计算的，硅机生物圈预示人类的新时代已经被开创了，新纪元似乎已经落幕，太阳历在所有人心中落下浓厚的烙印。
虽然获得了月球要塞上歼星弹粒子炮等一系列武器系统，但是哪怕最疯狂的魔方穿越者也不敢用这些武器对付原主人。只有最先进的人类群体才能代表人类文明。此战已经让人类联盟心中动摇自己代表人类的信念。
人类联盟在大战结束后派遣了一只天位和王级代表的队伍重新登录地球，大量拍摄画面，大量的信息通过立体视频传递到月球上，月球要塞中央大厅中，六大强天位和众多小天位，看着上百个立体投影画面。
地球的探索者没到达一个地点就放下一个向着四面八方放射声波以及电磁波的探测器，以这个探测器所在的点，将周围一切信息记录在立体视频送回月球。
现在整个地球上硅机浩劫的痕迹依稀可见，网格状的沟壑延伸到地下数十千米，然后化为无数无底洞形成血管一样的网路插入地幔，所有这样的深洞到现在还向着地表冒出热量。
这样的深洞不仅仅存在与沟壑中，更是出现被沟壑分成的板块上。一个个洞口就像烧砖形成的气孔，但是这个气孔是以地球这么大的目标来看的，这一个个几百米直径的大洞不能说是天坑，而是超级无底洞。
地球地貌的超级改变，令人震撼。多方探查小队深入地下，发现了大量硅机生命的尸体，以及存在过的遗骸。但是一切都静静的摆在那里。有的跌落在岩浆中在火红的熔岩中融化，如果不出意外的化十年之内硅机生命存在的一切痕迹都会在熔岩的侵蚀下彻底消失。
看着探查人员不断送回来的报告，赵泽下令到测量元素含量。在太空超大镜面抽取钋元素时候，人类联盟还不知道是怎么回事，还在感叹这么庞大的镜面到底会发动什么攻击。
直到背后81号元素抽取时候，大量的（金它）元素在太空中形成一道可观察的气体带时，人类联盟的所有人才直到攻击已经开始了，通过光学测量发现这条气体带是一种单质，一种极难提取的元素。以人类联盟的知识量，和一些科学家的推测，已经明白，认知文明这个超级镜面到底发动的是什么攻击了。
不仅仅原剧情的土著，就连穿越者们也倒吸一口冷气。这种场面本来就能拍成电影，形成超级科幻片。云莲明猛然想起，王冲传达的那一句“干净的地球”。第二部曲的超级势力连同元灵催生数百年极度进化的硅基生物圈被连根拔起，果然是干净。
等到探查队到达地球的时候，人类联盟的高层第一件重要事情就是验证，验证硅基生物的状况，和地壳中的元素含量。大量的硅基生命尸体被收集。全部静静的死去，就像睡着一样，体内结构似乎没有遭到任何外力损害，探查不出死亡原因。如果真的不知道还好，如果之前没在地球生存过，了解地球上老鼠药曾经被81号元素制造过也就算了。可是所有天位已经知道了真相，恐怖的真相。
当前进阶级成为统治阶级时，认知文明已经变成了纯粹的文明。天位再次见识到思维的力量，同时感到了无力。穿越者也见识到了一种恐怖的毁灭方式，毁灭一个星球的抵抗力量，并不需要动用母舰庞大的能量将整个星球炸掉。而是直接消灭承载思维的身躯。认知文明在太阳上看似牲畜无害，人类联盟也想证明自己更强。但是如今失去了胆量。灵气看似万能，但是终究不能抵挡一切。
虽然认知文明已经远离，人类联盟看似已经占据了整个地球，以及获得了强大的月球要塞。但是所有人的心中都留下浓厚的压抑，一种前进者将自己所有的缺点反衬的淋漓尽致的无奈。无法放弃因为血统力量而获得的统治的地位，无法放弃因为力量而不是思考取得的力量。自我勇气和毅力无法完成解决缺点的无奈。这种被证实并且点出来的缺陷，就像实话一样比单纯的恐吓跟让人害怕。直接剑指道心。
再也没有修炼来逆天的豪情，因为过不了自己这一关。元灵把握了所有血统者的缺点。喜好力量喜好凌驾他人的缺点。如果没有认知文明，这所有的一切都可以推到世界变化成弱肉强食的自然法则上，自己必须依照天地大变后的丛林法则生存，公元前的人类合作制度都是虚伪落后的。
人类联盟已经废了，进化三部曲的描述的思想精神已经废了，主线已死。充分认识自己缺点的人类联盟既然已经确定无法放弃约束梦想和生产力发展的统治地位，那么就会以维持自己高等地位为存在。一切玄幻中魔世界的豪情热血全部化为冰冷无情的家族血统门阀制度。
地球元灵现在面对正是这样一个现实的人类种族。一个绝对冰冷无情的人类。硅基生命被灭，让地球元灵知道自己在地球上制造劫难的手段已经不值得一提。硅基文明能被灭一次就能被灭第二次，至于其他种族，在认知文明遗留的高科技武器以及月球要塞下。人类联盟已经立于不败之地。地球上绝不会诞生其他种族威胁人类。
人类联盟现在没有梦想者领跑，没有外部威胁。已经处于一个非常稳定的时期。这个时期恰恰是众多穿越者熟悉的未来世界结构。万年不变一切停滞，高层依靠获取的资源优势维持优势的统治地位。一切梦想被地位差距压抑。宣扬的平等自由在人类社会财富分配不公平的事实下，被实际社会阶级无情的分割。二十一世纪的美国说的没错，这的确是人类社会的一种最终制度。
太阳历27年，烈日城上，梦想者汇聚的地方。已经时刻感觉到大决战的气息。破晓化身到达人类联盟后彻底解体，化为一块承载量子基因肉块重新融入程攀体内。
端木在内在地球炎黄城诞生的大思维者，惊奇看着烈日城这个壮丽的人造物。早就听说烈日城是大思维者的梦想圣地，炎黄城只是认知文明的一只偏师。但是一直不晓得其中的概念，现在发现烈日城中多大八千万大思维者的存在，端木发现之前在地球上认知联盟显示的实力不能用冰山一角来形容，而是九牛一毛。
只有大思维者才能作为文明的成员，庞大的工业体系已经让普通人无法摸透，只能在虚拟世界中不断实践之前的工业革命，在极度贴近现实虚拟世界中实践人类历史上的工业革命，让自己的思维进化到足以赶上这个壮丽的梦想时代。
梦想者即为统治阶级，以思维模式复杂程度为阶级划分。这种划分让认知文明的统治阶级无愧于统治阶级。掌握了最强的生产力，和最广阔的新人来源。进入这个阶级都是大智慧者大毅力大勇气的存在。端木闪烁着漂亮的蓝色眼睛说道：“我明白了，这才应该是未来。”
一道讯号打断了端木的陶醉。最高指挥官召开第一次会议，端木急忙用一丝思维沉入虚拟会议大厅中。
虚拟大厅中不过五分钟，八千万大思维者，化为光点来到这个超巨型虚拟空间中，整个空间是太阳系为背#景剧场，太阳系中众多星球清晰体现在这个浩瀚的虚拟空间中，在这片虚拟空间大思维者投放的思维不会像在现实中一样被约束，而是可以迅速到达某一个点。端木到达虚拟世界的地球，发现地球上的幻化的画面精度清晰到细胞上。
虚拟空间中程攀降临了，顿时吸引了所有人的注意力。程攀轻轻虚点，水星逐渐变化，被拆分在赤道上形成百叶窗的镜面，随后移动至南北极，形成两大太昊镜，这是一个纪录片记录每一个时间段太昊镜的进度。时间很快到达现在，但是太昊镜的变化没有结束。程攀说道：“接下来是工程预期”随后太阳上南北太昊镜子逐渐合拢，整个太阳系一片黑暗唯独对着地球投射一道光。
这时的动画的时间停在了太阳历28年八月。自此太阳系黑暗时代到来。程攀说道：“太昊镜只有一年的时间就，太阳就是我方蚌壳中的明珠。战争即将到来。”