9月1日，萧天下令对南京展开总攻
晨。在大炮的支援下，北洋军在朝阳门一带挖地道进去，用炸药将城墙轰塌两丈有余后，北洋军随即蜂拥而入。
这时，太平门通济门神策门也相继被攻破，何海鸣等人率领士兵们在钟楼内桥鸽子桥花牌楼等处与北洋军展开残酷的巷战。
1号整整一天，北洋军以军事进攻加上政治进攻，不断压迫讨袁军在南京的生存空间。南京，逐步掌握在了北洋军手里。
次日上午，何海鸣率领最后讨袁军在雨花台和北洋军进行决战，伤亡殆尽的情况下才最终溃散。
何海鸣等人在武定桥下乘小船逃走。
就在萧天收复南京的同时，日本国驻南京领事馆却在悄悄地注视着这一切的生。
萧天，这个名字不光响彻中国，而且也早已经成为了日本人最头疼的一个人物。
此时萧天再克南京，一路过来如同风卷残云，必然再度名声大噪，而这也是日本人最害怕看到的事情。
但是，日本人目前似乎没有找到更好的解决办法
南京光复之后，所有人的目光都盯在了江苏都督的位置上。
但是，这一战最大的功臣是萧天，总指挥也是萧天在进入南京之后。萧天没有任何迟疑，向北京政府推举吴佩孚出任江苏都督
从徐州会战到南京攻克，吴佩孚所指挥的独立旅表现得实在太突出了，萧天的举荐，让人没有任何反驳的借口
次后，袁世凯下令吴佩孚担任江苏都督之职。
在加入小北洋系之前，吴佩孚不过是个炮团团长，但自从被萧天招揽，一路青云直上，先是独立旅旅长，接着根本让人意想不到的脱颖而出，成为江苏都督。
对于萧天的感激，吴佩孚已经无法用语言表达。也正是这一天起，奠定了吴佩孚对于萧天忠贞不二的忠诚
南京战事结束后，二次革命也就基本差不多了。在上海，尽管陈其美已经宣布独立，并屡次进攻制造局，但终究因为不是正规军而一再遭到失败。等到南京的萧天腾出手来，摆出进攻上海的架势之后，上海的讨袁军也就风吹云散，完全瓦解。
安徽的独立，从一开始就是假独立。柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱，宣布拥袁，这就是柏文蔚率卫队等前往南京的原因了。
至于福建，都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布独立的。当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然出通电，向袁世凯陈述冤情，宣布取消独立。
在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制。无奈之下，陈炯明特意派人去上海请了专门与袁世凯作对的前清官僚岑春煊来广东，试图利用他之前与龙济光陆荣廷的部属关系缓和局势，但岑春煊这个老领导在龙陆面前已经过气，这两人非但不听岑春煊的劝告，反进兵广东，最后将陈炯明逼走。
湖南的情况和福建差不多，也都是阳奉阴违见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立。但是，袁世凯对湖南并不放心，他随后又派出北洋军曹锟等部进入湖南，最后由海军中将汤芗铭接任湖南都督。
至于四川方面。熊克武在8月9日宣告独立，一个月后便自己宣布解职下野了。
在各地的讨袁军相继失败后，袁世凯指黄兴陈其美钮永建何海鸣岑春煊五人为这次战乱的一等犯，其余如孙中山张继李烈钧柏文蔚谭人凤陈炯明等人也都在通缉之列。
在此之前或之后，孙中山黄兴李烈钧柏文蔚陈其美居正等人也都先后亡命日本，重新开始了他们的流亡生涯。
随后，袁世凯下令撤销孙中山筹办全国铁路的全权，并称黄兴陈其美柏文蔚为叛徒，黄兴和陈其美还被悬赏十万和五万元加以捉拿。在此之前，黄兴的陆军上将衔也被剥夺，
这些心怀天下的革命党人弄到最后不过是竹篮打水一场空，为袁世凯做了嫁衣裳。
最令这些革命党人人悲哀的是，由那些信念最坚定的革命党人起的这次革命，大部分的国人对此都不予理解也不予支持。在辛亥革命后做记者的老同盟会员梁漱溟，他曾在一次公开演讲中说：
现在很清楚摆在外面的，就是武人势力的局面。至于说到助长这种武人势力的原因，却不能不责备革命先辈，他们无论如何，不应用二次革命那种手段。二次革命实在是以武力为政争的开端。从此以后，凡是要为政治活动的，总要去奔走武人的门下
的确，正是这些革命党人，开创了以武力解决政治争端的先河
这是一个很恶劣的开始
就连云南都督蔡锷，也毫不含糊地公开声明：
宋案应以法律为制裁，故审判之结果如何，自有法律判判。试问我国现势，弱息仅存，邦人君子方将戮力同心，相与救亡之不暇。岂堪同室操戈，自召分裂谁为祸，即属仇雠。万一有人难，当视为全国公敌。
国民党内的那些激烈派万万没有想到的是，他们的行动竟然遭到了社会各界的普遍反对，有人甚至直接指斥他们是以反袁为借口，实质上是为了权力之争，有人甚至骂他们用革命的名义绑架全国人民，所谓的二次革命根本不配叫革命。
不管怎么说，孙中山动的所谓二次革命失败了
在这次对政权的争夺中，最大的受益者除了袁世凯，就是萧天了。
身为直鲁豫三省巡阅使的萧天，不光控制住了河南山东二省，现在由吴佩孚出任都督的江苏，也牢牢的控制在了萧天手中
小北洋系，借着这次二次革命，将自己的势力进一步延伸
江苏已经在自己控制之中，从此河南山东江苏连成一片，背靠上海繁荣之地，窥视安徽等地，萧天风头之劲，无可匹敌
更加重要的是，借助这次讨逆机会。萧天军事力量得到进一步加强。
此时的萧天，代理第六军军长，下辖第十九师第五师武卫前军巡防营，南京攻克之后，袁大总统既没有下令萧天正式出任第六军军长，也没有撤消这个职位，因此萧天这个军长也就顺理成章的代理下去了。
对于第五师的靳云鹏，萧天采取了最直接的办法，招商银行的银行本票
靳云鹏是个聪明人，知道眼下小北洋系风头大盛，自己的第五师就在萧天辖区范围之内。不和萧天合作，只怕将来日子不会好过。
在银行本票面前，靳云鹏选择了全面合作。
至于将来自己会不会得罪萧天，会不会被剥夺第五师耳朵指挥权，就不在考虑之中了
武卫前军是个问题，张勋素来以满清忠臣自居，这次又没有被萧天委以攻克南京，一雪前耻之任，未免心带怨愤。要想让他听命萧天，只怕不太可能。
但这个时候的萧天，已经下了杀张勋之念，只是早晚事情，因为武卫前军的事情也就被暂时放了下来。
那些大量投降的讨袁军部队，也都开始有条不紊开始进行改造。
从军官学校毕业出来的中低级军官，被大量充实进这些部队之中，萧天要一点一点剥夺那些指挥官的兵权，最后把这些部队牢牢的控制在自己手里。
对被俘的讨袁军士兵，萧天下令一律释放。
不愿意再当兵的，请回，愿意继续当兵的，被分配到了各个部队。
这些士兵，原本就有丰富作战经验，并且作战勇敢，是当兵的最好人选。更加重要的是，萧天对待他们的态度。
在这些士兵眼里，萧天是军人的楷模，并且为人宽厚，革命既然已经失败，加入到萧天的队伍中未尝不是一个明智选择。
短短两个月里，萧天手里经过改编的军队已经到达三万八千之众，一跃而成为北洋军中最大势力。
但萧天对此似乎并不满足，提出了在年底前扩军至八万人的计划。
同时，南京军事学校也在筹建创办之中，这是继安阳军官学校之后，萧天创办的第而所军事院校。
源源不断的人才，将是自己最可靠的基础
江苏鱼米之乡，河南山东用兵之所。上海经济繁华之地，有了这些支持，萧天的翅膀硬了
1o月，北京来电，召萧天回京授勋，并特别注明，调集一队精锐士兵回京参加检阅。
萧天选择了刚刚扩充的卫队营，以蒋介石充当卫队营营长，又破格提拔在徐州会战中表现出色的阮杰为副营长。