石莫制定下了计算机硬件的发展方向后，继续安排其他的研发事项。
2012实验室计算机系统研究所，主要从事图形界面系统、多媒体、计算机科学基础等领域的研究，致力于推动计算机科学前沿发展，着眼下一代革命性技术的研究，助力公司实现长远发展战略。这个研究所由姚期知负责。
姚期知，计算机学家，1946年出生于中国上海，1967年姚期智获得台湾大学物理学士学位；1972年获得哈佛大学物理博士学位；1975年获得伊利诺依大学计算机科学博士学位，之后先后在美国麻省理工学院数学系、斯坦福大学计算机系、加州大学伯克利分校计算机系任助理教授、教授；2000年图灵奖获得者，是美国国家科学院院士、美国艺术与科学学院院士、中国科学院院士、港科院创院院士。
姚期知的研究方向包括计算理论及其在密码学和量子计算中的应用，最先提出量子通信复杂性，提出分布式量子计算模式，后来成为分布式量子算法和量子通讯协议安全性的基础。
石莫任命好计算机系统研究所的负责人，姚期知就向石莫问道：“老板，这个图形界面系统是美国施乐公司设计的那种系统吗？”
pc上的第一个图形界面系统是xerox alto，其于1973年被施乐公司所设计，施乐的工程师在发明鼠标的时候，顺便设计了配合鼠标使用的图形操作系统，但该系统并未商用，主要用于大学和研究机构。
现在it行业主要用图形界面系统还很少。苹果公司的第一个图形界面系统是1984年发布的。微软的windows 1.0系统要到1985年秋天才会正式发布，之前用的一直是dos系统。
石莫说道：“是的，因为现在的unix系统使用门槛太高了，电脑的每一个操作都必须下指令，靠输入指令来运行程序，如此难用，这会制约个人电脑的市场化普及。计算机其实可以更好用，可以通过点击鼠标来完成大部分的操作。未来必然是操作简单快捷的图形界面系统的时代，因此我们要提前布局，现在就组建团队开始设计图形操作系统，到82年时要配合我们的cpu芯片，研制出一台划时代的个人电脑来，开启操作系统和应用软件的革命。”
“这个操作系统要完整地集成桌面和应用程序以及图形界面，相比xerox alto系统，我们还要开发一些新技术，比如，基于窗口用图标的ui，窗口可以被鼠标移动，可以使用鼠标拖动文件和目录以完成文件的copy和move，可以执行多个程序并在各个程序之间自由切换。”石莫怕姚期智做的跟xerox alto系统一样简单，这些技术在xerox alto上都是没有的，因此提示说道。
“好的，老板，我知道如何做了。”姚期智点头应声道。
石莫继续说道：“期智，除了操作系统，你还要做支撑软件，包括一系列的基本工具，比如：编程语言、编译器、数据库管理、存储器格式化、文件系统管理、用户身份验证、驱动管理、网络连接等方面的工具。”
支撑软件是支撑各种软件的开发与维护的软件，又称为软件开发环境（sde）。软件产品的研发是研发人员通过编写特定计算机编程语言，然后利用该语言环境下的一系列工具，手动或自动对其编写的代码进行编译、执行、调试、集成和测试的过程。
姚期智点了点头，表示自己了解。
……
2102实验室计算机应用软件研究所，主要是研发办公软件、多媒体软件、分析软件、商务软件、协作软件等面向用户的应用软件。
应用软件是为满足用户不同领域、不同问题的应用需求而提供的那部分软件，它可以拓宽计算机系统的应用领域，放大硬件的功能，这些产品往往是用户最有感知的。这个研究所的负责人为刘炯郎。
刘炯郎，生于gd省广州市，少年时期长于葡属澳门。留美顺利取得麻省理工学院计算机硕士、博士。之后曾经执教麻省理工学院、伊利诺大学、国立清华大学等，并担任伊利诺大学香槟校区助理副校长一职。
刘炯郎先后当选美国电子电机工程师学会院士、美国计算机协会（acm）杰出会员，并于2000年当选台湾“中央研究院”院士。2002卸下国立清华大学校长一职后，依旧于清华大学信息系、香港科技大学继续从事教学工作。
刘炯郎对于即时系统、电脑辅助设计、vlsi布局、组合优化、离散数学等领域均有杰出贡献，并且在2011年获得有“eda界的诺贝尔奖”之称的卡夫曼奖。
石莫对刘炯郎说道：“你要到82年时研发出一套办公软件出来，还有电子邮件和超市收银软件，到时配合我们公司的个人计算机一起发布。”现在还是互联网发展早期，并没有浏览器等，所以石莫没提。
“好的，老板，我晓得。”刘炯郎点头应道。
“炯郎，你还需要研发一些工业软件，设计软件和辅助软件等。比如：cad、eda、仿真软件等。”这些软件普通人看不见它，而且投资巨大，但又是某些领域必须用到的。
硬件设计离不开电子设计自动化（eda），eda技术就是以计算机为工具，硬件设计者在其eda软件上完成电路设计、仿真和生成交付给制造厂商的硬件电路图。从后世集成电路的复杂程度和晶体管数量来看，可以毫不夸张地说，没有eda软件就无法设计硬件电路，自然也就无法制造硬件了。
还有一个叫做cadence的电子设计辅助软件，由于未来芯片都到了纳米的维度，没有这种软件，芯片产品根本就设计不出来。后世这些工业软件大多被美国科技企业牢牢把持，石莫可不想授人与柄，因此要提前布局。