明妮·魏特琳担任金陵女子文理学院院长和教育系主任，身后留下了一部日记，其中详细记载了她亲身经历的侵华日军南京大屠杀的罪行，以及此后数年间日军在南京实施殖民统治的情况。
“1937年12月13日，日军从南京坍塌的城墙缺口蜂拥而入，日军开始持续六周的大屠杀，强奸、抢劫、焚烧。此时妇女和儿童蜂拥来到金陵女大的难民收容所，一个个惊恐万分。“
日军屠城的第二天(1937年12月17日星期五)：“又有许多疲惫不堪、神情惊恐的妇女来了，说她们过了一个恐怖之夜。曰本兵不断地光顾她们的家。从12岁的少女到60岁的老妇都被强奸。丈夫们被迫离开卧室，怀孕的妻子被刺刀剖腹。”
如1937年12月16日(星期四)的一段日记：“我不知道今天有多少无辜、勤劳的农民和工人被杀害。我们让所有40岁以上的妇女回家与她们的丈夫及儿子在一起，仅让她们的女儿和儿媳留下。今夜我们要照看四千多名妇女和儿童。不知道在这种压力下我们还能坚持多久，这是一种无以名状的恐怖。”
“我们怎么也忘不了在校门口目送妻子、女儿进入收容所的那些丈夫、父亲的面容。”
“一天中的大多数时间我都像卫兵一样守卫在前门或是被叫去处理其他问题———跑到学校的其他地方去对付进入校园的一批又一批日本兵。”
“今天看到一个中国小男孩戴着一个臂章来给住在金女大的姐姐送饭，便上前对那小孩说：“你不用佩戴太阳旗，你是中国人，你们的国家没有亡！你要记住是哪年哪月戴过这个东西的，你永远不要忘记！”之后我将臂章抛在地上.“
“我们这些人认为战争是民族的罪行，是违反在天地万物心灵深处创世精神的一种罪过，但我们可以把自己的力量奉献给那些无辜受害者，以及献给那些家庭被烧、被抢，或是那些在战争时期被大炮、飞机炸伤的人，帮助他们康复。”
“从军事角度而言，占领南京也许会被认为是日军的一个胜利，但从道义方面而言，这是失败，是日本民族的耻辱。”
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“魏特琳几次拒绝了美国大使馆让她撤离的建议，最后更是在美国大使馆最后一次召集所有尚滞留南京的为数不多的美国公民，警告他们：“再不撤离，以后我们将无法保证你们的生命安全。”魏特琳再次坚定地表示.
“我不能在这个时候抛开中国！”然后，她在大使馆出示的“无论如何也不离宁”的证书上签上自己的姓名———这是她第四次郑重拒绝了美国大使馆要她离开南京的要求。
1937年12月13日，日军攻入南京城，一直生活在和平环境与工作在学校中的魏特琳第一次目睹了日军令人发指的暴行，感到震惊与愤怒。12月16日她在日记中写道：“今晚一辆载有8———10名女子的车子从我们这儿经过。当车子开过时，她们高喊‘救命，救命’。街上和山下不时传来的枪声，使我意识到又有一些人遭受悲惨的枪杀命运，而且很可能他们不是士兵。”
12月13日晨，日军首批由中华门入城后，到处奸淫掠烧杀。此时妇女儿童蜂拥而来金女院的难民收容所。有青年妇女装扮成老妇的，有女扮男装的，还有老妇、儿童和男人，一个个惊恐万分。
魏特琳守着大门劝说，为了多保护一些年轻女子和儿童，请男士和老妇回家。难民们哭着求着，只要能在草坪上有一个立足之地。保护上万妇孺的人生安全，在当时特殊的环境里，谈何容易！
魏特琳面对的是一群比野兽更为凶残的日本侵略兵，他们不可理喻。美国教会学校的牌子，国际安全区的布告，对他们没有任何约束力。在日军进城的头10天里，每天至少有10到20群日本兵到金女院抓人，强奸妇女、抢劫钱财。
他们不仅从学校的大门、侧门强行入内，还有翻越围墙进校园，更有夜间从学校低矮的篱笆上爬过来，在无灯光的大楼里，楼上楼下乱摸一气，摸着哪一个就对她强奸。
魏特琳一面组织校内教职员工巡逻校园，一面请来在“国际安全区”服务的外籍男士轮流守夜。她自己更是日夜操劳，不是守在门房，就是被叫去阻止进校来奸掠的日兵，从他们手里夺回中国妇女。
她整天无法吃上一餐安顿的饭，无法睡上一个安顿的觉。不少日兵因此恼怒，拿着血迹斑斑的刺刀威胁她；还有的野蛮地打她耳光。华女士都忍受了，她自觉地承担了保护万余名中国妇女儿童的重任，她说，金陵女院就是我的家，我绝不离开。
可是就是这样的一个救助了那么多中国人的友人却在1940年的时候被某些媒体无端诬陷.
1940年4月初的一天（即汪精卫伪政府在南京成立后不久），《紫金山晚报》上刊登了一篇名为“真正的罪犯”的文章，将矛头对准在南京大屠杀期间帮助中国难民度过困难难的西方人。
自称“真相卫士”的作者表示：“让我们看看那个所谓的慈悲女菩萨吧！明妮·魏特林其实是一个人贩子，一个出卖中国人的叛徒。我们必须揭露她，必须把献给日军的那些妇女和姑娘们的帐算在她头上。”（事实上，日军几乎把所谓“金女大”当成一个妓院对待，1937年的平安夜，日军的某一高级军事顾问表明：“我们从1万难民中挑选100名妓女。”并且，魏特琳要求对方必须“许诺不会抓走良家妇女，并且要让姑娘们自愿。
或许很多人确实接受不了这样的选择，但是这在那种时候确实是最无奈的一个选择.
在猖狂的曰本人的枪炮之下，能保住一些人已经是魏特林能做到的最大限度的努力了.
而因此她也遭受着无边的自我良心的谴责和折磨，就在被媒体污蔑栽赃之后几天魏特琳递交了辞职报告。她患上了严重的精神抑郁症。