如今是安政六年（1859年）九月，是直秀接任箱馆奉行的第二年。
他的任命，是幕府在大老井伊扫部头的带领下对北地的大整顿，说起来真是好大的手笔。
安政五年八月，幕府降旨：
箱馆白主合而为一，以闲居的旗本寄合席崛直秀为新的箱馆奉行，任原白主奉行江川英敏为奉行并，许原箱馆奉行堀利熙戴罪立功，以其为新设的箱馆目付。
至于番头、组头等役职，由合并的两家奉行所申报，由江户酌情任命。
连重要的役职任用都基本下放，可见幕府这次是发了狠，下定决心在北地与鲁西亚好好做过一场。
可不发狠也不行啊，内外的巨大压力迫使幕府不得不这么做——鲁西亚在两次白主之战中惨败，给扶桑带来的震动太多了：
首先，被压制下去的齐昭一派有了复出的迹象。
因为两次对外的“大胜”，大名、幕臣和民间中攘夷的呼声又高涨起来，于是从各个渠道，幕府都得到了复起齐昭一系的请求。
“鲁人贪得无厌，屡屡挑起战端，水户隐居老人不出，奈扶桑苍生何?”
齐昭等人一直致力于整顿军备、抵御外侮，积累了几十年的声望，真不是简单打倒的就能完事的。
而且，更要命的是，开国通商的约定刚签署，虽然贸易的好坏还要等明年正式通商才知道，但西洋人大规模入侵的后果却开始显露——西洋人带来的可不光是军船和商品，还有严重的外来疾病！
西洋人带来的疾病，给扶桑带来了巨大创痛的同时，也引发了普遍的攘夷浪潮，这给齐昭一系复出带来了希望。
自安政五年（1858年）五月起，扶桑沿海霍乱大起，起因则可以追溯到造访长崎的米人身上。
密西西比号蒸汽风帆混合战舰，自嘉永七年（1854年）黑船第一次来访起，多次叩港扶桑。而它五月的这次来访，又给扶桑带来了一次深重的灾难。
此船的出发地为中华松江，而由于长发之乱，当地流民聚集，民生困苦，由此而生大疫——说起来，霍乱对中华也是一种外来疾症，其实它本身源于天竺恒河，随着入侵此地的西洋人而流传来开。
本来嘛，长崎奉行所在奉行小栗忠顺的统领下，对西洋人是有一套检疫制度的。可扶桑势弱，这啥好程序也执行不下去。
但谁也不知道，是有人与密西西比号船员有过接触，还是米人公然违例到市井饮食的缘故，反正霍乱最终在长崎大爆发了。
长崎是仅次于大坂、江户和京都的商港，人员流动极其频繁，因此，随后疫病开始蔓延，九州岛、关西、大坂都不能幸免。
更要命的是，密西西比号是给米人特使哈里斯撑场子来的，尽管长崎奉行小栗忠顺多方阻挠，但这艘船还是继续启程前往伊豆下田港，由此在六月将霍乱带到了关东——这件事造成的后果之一，就是日后小栗对西洋人份外强硬，尤其反米。
到了七月，也就是幕府与英吉利签署通商约定的当月，江户霍乱大爆发，甚至连西洋人也难以幸免——这也是当时鲁人北上时英米两国船队没有随行的原因之一，船员大面积病倒，自己的命还顾不过来，哪还有闲心强力围观。
当然，这样也导致鲁人把霍乱带到了白主：
他们在箱馆只有一次短促的登陆，没机会传播疫病，但在白主惨败后被俘虏了四百多人，在被关押的时候霍乱终于爆发了。
在没有直秀乱入的世界里，这次霍乱造成了非常严重的后果：
光是在江户，有记载从当年七月二十七日到九月二十三日，江户人在寺庙消籍的数字达到了惊人的二十八万人之多！
“ 因霍乱全家皆亡，绝嗣、死产者数不胜数！”
因为死亡人数众多，棺材很多就不够了，木桶就成了最终的选择，到了后来，连木桶也来不及制作，只能用席子包裹下葬，甚至到了最后，裸身火葬成了无奈之下的结果。
但就算这样，死亡的人数还是大大超过了江户应对能力的极限，江户的寺庙墓地里，到处堆积
着腐烂的遗体。
当然，也有不同的说法，有另外一份统计，认为真实的死亡数字应该是十二万人。
但无论哪种统计结果，这个数目都是非常惊人的！
江户号称人口百万，前一种说法是四个人中因病死亡一个，而后一种也是百人中就损失了一成多，堪称是江户从未有过的大灾难。
这与当时的医疗水平低下、民生环境困苦有关。
不过既然直秀已经乱入了，这个情况就被大大缓解：
霍乱，在扶桑被称之 “热病”、“变病”、“冒署”、“日射病”、“罗汉得病”等等，民间传闻与狐、狼、狸作祟有关。
因为发作快、传播迅速，此病是当时人人避之不及的严重疫病。
但因为长崎奉行小栗忠顺的上书，此病的根源得以广为人知，因为是西洋人带来的，霍乱从此在扶桑被成为“鬼之霍乱”——鬼在这里代指大家对西洋人的蔑称“南蛮鬼”。
霍乱在江户六月出现，到七月爆发，在八月直秀离开江户的时候已经大大缓解，虽然也死了千余人，但和本来可能出现的大危机相比，情况减轻了好多。
江户疫情得到控制，其中一个人功莫大焉——虽然幕府将其归功于公方样家定，“公方样睿智，大老、老中等幕臣得力，实乃天幸”，但知情的幕臣都知道这其实是御医伊东玄朴的功劳。
玄朴先生上位于嘉永六年（1853年）。
当时十二代征夷大将军德川家庆因病情突然加突然过世，之后老中首席阿部侍从将大奥医官狠狠地惩罚了一遍，顺便任命了幕府第一个兰医御医，那就是伊东玄朴。
这个任命之后不但救了阿部侍从自己的性命，而且也救了新任公方样家定的命，如今更是救了江户全城民众于水火之间。
兰医的兴起，自八代将军吉宗（1684年-1751年）大力引入兰学后。之后，汉医和兰医开始争斗不休，总体上一直还是汉医大占上风——虽然，因兰医治病有方，汉医一方无法根除对手，但压制还是不成问题的。
因此，虽然被任命为御医，但江户城里的御医多了，因此玄朴先生依然是被打压的对象。
但玄朴先生名气大，原本就被称为“江户三大兰方医”，近年来又因为在江户推广种痘术而广为人知。
天花、麻疹和水痘，在江户时代被称为“人生の役三病”，历来被认为是三绝症。
可如今，天花亦然被基本根治，这里面伊东玄朴和绪方洪庵的出力甚多。
从十年前开始，绪方在大坂、备中，伊东在江户、肥前，两人加上各地兰医的共同努力，终于使种痘术得以普及，最终种痘法于安政三年（1856年）获得幕府的公开承认——在没有直秀的世界里，这个时间点要被推迟到1858年。
医术好，又享有鼎鼎大名，加上老中阿部时有照拂，玄朴先生渐渐在御医中站住了脚。
尤其是种痘术得到官方承认后，公方样家定非常好奇，他也想尝试一下，最后经玄朴先生妙手种痘成功，这增加了玄朴先生在江户城的威望，不过也让他再次被冷遇。
这是因为，此时的种痘法还是有一定风险的。
御医中的汉医借此攻讦伊东，任凭玄朴先生如何辩解，“医术精湛有把握”，但“置风险于不顾，曲意媚上”这个理由太强大了，导致最后他还是被严令禁止随便进入江户内城。
要不是当时老中阿部回护了一下，玄朴先生可能就被下狱了。
也算善有善报吧，不久之后阿部赖伊东妙手得以活命——安政四年（1857年）六月，胜手方老中阿部突发恶疾，当时群医束手，是闻讯赶来的玄朴先生妙手回春。
由此阿部侍从逃脱了“心灰意冷不肯医治自己”的命运。
也不算完全逃脱吧，至少“心灰意冷”是真的——病是好了，但以“体弱不能理事”为名，阿部辞掉了身上的役职，并迅速将备后福山藩主的位置让于养子正教，就此脱离了让他心力交瘁的幕政。
不过，阿部在离职前，向首席老中堀田正睦上
书，替伊东玄朴洗尽了冤屈。
就此，玄朴先生重回江户城，又成了公方样家定的御医。
有实力的人，想低调都难。
后世著名周星星曾说，“你这样出色的男人，就好像黑暗中的萤火虫一样，辣么鲜明，辣么出众”。
转过年来，安政五年（1858年）七月初，玄朴先生就又出众了一把。
当时公方样家定突然病危，这引起了幕府新任“大老”井伊扫部头的严重焦虑。
他亲自过问后，发现有一位御医的医治方案未得到重视——玄朴先生平时受众人排挤，而信任他的公方样家定又因病重时常昏迷，因此，没人支持玄朴先生的意见。
井伊扫部头的魄力还是有的，当即提拔玄朴先生为主治。
公方样快病死了，害怕获罪的御医们再也不敢排斥异己，于是这项任命顺利通过。
其实，江户城的御医水平也就那样：
说起来，大部分御医居然是世袭的！
这祖上是良医，后代就一定是良医么？就算耳濡目染、条件不错，可一样米养百样人，就算不顾个人天分、爱好的区别，可努力总是后天的吧，医官世袭，在江户时代习以为常，搁在后世，这就是个大笑话。
因此，真正的良医玄朴先生一出手，家定的病情就稳定了！
公方样家定的身体一向不怎么好，但这次病情加剧，玄朴先生认为是染了新病，新老病交织才导致如此严重。
这新病嘛，就是江户此时流行的霍乱。
在隔离、注意饮食和补水后，服用了咸亨洋行特供的阿司匹林后，家定的病情大为好转。
这次是“大老”井伊扫部头得以逃脱宿命——在直秀原本的世界里，有一种说法，公方样家定七月初昏迷，六日暴毙，可八月八日才发丧。期间井伊封锁消息，假托家定未死，矫诏打击政敌。
清醒后的家定非常开心，准备厚赏功臣伊东玄朴。
可没想到，玄朴先生却顾不得赏赐，直接向公方样奏明了江户如今霍乱流行的情况。
“可这洋药数量有限，恐怕救不得如许多的人吧？”
大病初愈的家定思路还是挺清晰的，不过，玄朴先生还真不是要求他拿出药来，而是求公方样出马解决另一种药的推广。
原来，和历五月长崎出现霍乱后，作为奉行的小栗忠顺就以快船上书江户，要求对此加以防范。
同时，作为小栗忠顺心腹的大商人纪伊国屋利八也找到了玄朴先生，要求他协助。
阿司匹林是可以治疗霍乱，但谁也没说过，别的药就不行啊，其实，玄朴先生手里的止泻散，对霍乱也有疗效。
止泻散本来是直秀早期发家时制造的，后来转让给江户各大医馆和几家豪商，纪伊国屋利八和伊东玄朴都是其中的受让者。
这次利八受小栗所托，希望能联合玄朴先生，劝说各家继续大力生产止泻散，而且小栗忠顺还暗示利八，希望这些商家和医馆能公开止泻散的制造方法。
不过断人财路犹如杀人父母，因此，尽管身为长崎奉行，但一向作风强硬的小栗，还是不敢如此专横，但事态紧急，他还是让飞书利八，让利八和玄朴先生一起想想办法。
尽管利八是小栗家仆役出身，如今还得仰仗老主子给自己遮风挡雨，但利八的纪伊国屋如今也是小栗家离不开的臂膀了——作为江户乃至关东八国的大粮食商人、分店开遍各地的两替商、江户十组问屋的重要成员，纪伊国屋也有了小栗家重臣的待遇。
因此，让纪伊国屋公开制造方法容易，可随后各大豪商和商馆的反弹，为官多年的小栗忠顺也得替利八考虑，总不能把忠犬一次就用死了。
这就是没有专利法的坏处了，如今全靠利益交换，可哪有这么多利益可用来交换！
说实话，利八觉得平价、大量供应止泻散就是天大的仁义了！
他当然不知道，直秀从多年前就提点小栗忠顺，西洋人带来的疫病着实可怕，无论多慎重对待都不过分。