苏辰首先改革的就是军队，军队是他的立身之本，军队最主要的莫过于统兵之权和调兵之权，以现如今的军制，将领既有统兵之权，又有调兵之权，虽然能够在战时更加高效，可长此以往，必定会产生尾大不掉的局面。
尤其是他现在掌握四州之地，地盘横跨大汉朝南北，他如果长期在涿郡，对于江东之地鞭长莫及，久而久之，对这地方的控制力就会减弱，说得具体点，如果周瑜和孙策二人合谋，占领江东自立，他恐怕并不能在第一时间快速做出反应，尤其是孙家在江东也有不少底蕴，这个结果他不能不防。
对于历史上分开统兵权和调兵权的例子他知道的不多，唯独两人比较出名，一个是赵匡胤，另一个就是朱元璋了，明朝的案例值得他效仿。
所以他召集三大谋士商议：“今日召集三位先生，实则是为了商量一件大事，那就是改革军制，准确地说就是将统兵权和调兵权分开，具体的章程寡人已经写在了上面，你们三人先看一看，然后咱们再讨论讨论。”
苏辰一上来就抛出一个重磅炸弹，把三人炸得晕晕的，郭嘉本来当场就要反驳，可听到他如此说，也耐着性子仔细阅读起来。
苏辰的办法说简单也简单，他准备在各州设立都督府，都督府分别有大都督一人，副都督两人，都督府统帅州郡所有士兵，负责日常军队建设，包括招募新兵、训练士卒等等。
当然，这也是建立在府兵制度的基础上，他准备在每个郡设立一个折冲府，由折冲都尉担任主官，凡是年满十八岁的男丁，由各地的折冲府遴选，每家每户至少出一名府兵（如果没有成年男子则不用），府兵农闲时训练，农忙时耕种，每年至少要参加三个月的日常训练。
成为府兵的农户每年可以减免一定的赋税，具体数量再议，如果在训练中立下功劳，还可以授予一定数量的军功田，府兵的数量根据不同州郡的情况略有不同。
折冲府在每个县设立一个军府，由一名司马或者军侯负责训练，折冲都尉只有训练士兵的权利。
除了折冲府之外，每个郡设立一个鹰扬卫，鹰扬卫掌管所有的郡兵和县兵，鹰扬卫的主官为校尉，每个鹰扬卫的士兵数量根据不同州郡不一样，由都督府核准。
折冲府和鹰扬卫都归属都督府管辖，折冲府鹰扬卫甚至是都督府都只有统兵权而没有调兵权，调兵权归属于军机处，军机处设立六位军机大臣，为首者为军师，分别是左右军师，其余四人为参军，军机处直接归属于苏辰领导，每逢战事，由军机处给各个都督府直接下达调兵令，没有军机处调令，都督府不能调动一兵一卒，军官的铨叙之权也归于军机处。
看完了苏辰写出来的军制改革，三人表情各有不同，郭嘉率先问出了自己的疑惑：“主公，如果敌军来袭，而鹰扬卫和都督府都没有调兵之权，岂不是任由敌军攻城，如此一来，就像是给我军捆上了镣铐，若是照此施行下去，怕是不妥。”
这个问题，苏辰也考虑到了，当即答道：“奉孝一语中的，类似这种情况本王也考虑过，如果是遇到敌军来袭，鹰扬卫或者都督府可以在第一时间御敌，但必须给当地的主官，也就是太守和刺史报备，而且必须在第一时间将军情送达军机处，由军机处做出判断。”
“可战机稍纵即逝，军机处远在中枢，一来一往难免靡费时日，错过了战机，这又该如何是好？”郭嘉不愧是郭嘉，这么快就发现了这个问题，若是苏辰已经同意了整个大汉朝，此举到没有太大的影响，可眼下强敌环饲，的确有诸多车胄。
“奉孝说的在理，本王的想法是遇到这种情况，这种情况和敌军突袭有相似之处，未免贻误战机，本王也做了补充，遇到这种情况，都督府可以在向当地主官报备的情况下出兵，但同样必须在第一时间将军情呈报给军机处，为此我军必须建立一个完善快捷的情报系统，这就有赖于奉孝了。”
苏辰所说的这个情报系统自然就是刺刀了，刺刀本来就是为了查探各地军情，在各个鹰扬卫设立一个情报点也是必须的事情，今后刺刀也将慢慢地从暗地里转到明面上来，同样归属于军机处领导，否则将来刺刀也必然会成为一个毒瘤。
“当然，关于这套军制，也是本王一个初步的构想，还需要详细雕琢，你们也给本王提提意见，商量出一个最佳结果。”
三人都是在军事上谋略非凡之人，不仅对于谋略很精通，对于兵事同样十分熟悉，接下来三人根据苏辰提出的这个军制，又进行了一些补充，总的来说，都是和他最初的设想差不多，补充的方面主要是针对发生突然情况。
荀攸提出了一个很重要的事情，那就是军资的管理，如果把管理军资的权利也交给都督府，那么这个都督府的权利就太大了，所谓的分离统兵权和调兵权也形同虚设，这一点苏辰倒真是没有注意到，最后商议的结果是成立一个军需处，军需处负责采购所有军需，军需处在各个州郡都设立一个办事机构，中枢机构的军需处则隶属于政事堂管辖。
苏辰麾下有四州之地，幽州一分为二，共计五个州，因此需要设立五个都督府，分别是平州都督府，幽州都督府，青州都督府，徐州都督府和扬州都督府。
平州都督府仍旧以徐晃为大都督，两位副都督的人选由太史慈自己遴选，呈报军机处报备。
青州都督府以张辽为大都督，两大副都督仍旧由张辽推荐，至于徐州都督府，则由鞠义担任大都督，于禁和李典担任副都督。
扬州都督府由孙策担任大都督，朱治和凌操担任副都督，而海军也被他一分为二，成立两大都督府，分别是辽东海军都督府和扬州水师都督府，辽东海军都督府以太史慈为大都督，徐盛吕岱为副都督，扬州水师都督府则由周瑜为大都督，蒋钦周泰二人为副都督。而张飞则担任豫州都督府大都督，当然豫州现在只有沛国和梁国在燕国手中。
不只是针对军队，对于政务苏辰也要进行改革，总的一句话就是军政分离，互不干涉。