商军为殷商会所组建的军队，是旧金乌星系主力部队，受到宇宙特工组织“碧游”的帮助，驱逐了外星殖民者，形式上统一星系。
因信仰上的矛盾以及圣祖预言的出现，商军联合北邙军，对西野门进行了镇压，从而拉开内战序幕。西野门义军聚集西岐后，商军展开五次围剿，虽然重创义军，但也损失不少精英，且未能将西岐军彻底消灭。
在“凌霄盟”侵占金乌北部后，商军元老之一的黄飞虎联合北邙军崇黑虎，发动“惊天之变”，迫使当时身处白虎星的殷商会长紫寿同意重新联合西野门，商军成为正面抵抗侵略者的主要军队，西野门领导的西周军与铁虎军相对独立，战斗于沦陷区。而北邙军以殷商军身份战斗于白虎区。
反侵略战争初期到中期，由于商军高层将希望寄托外星“宇宙联合军”的援助，无心全力抵抗，导致金乌星系九大行星，七颗落入敌手，唯有“白虎星”与最南端的“亚图姆星”幸存。不过商军在天照、青龙、朱雀各星域依然保有阵地，牵制敌军、保卫殷商会首脑栖身的“亚图姆”。而白虎区“潭星”的金鸡军团，更是三次挫败从朱庇特、震旦各区攻来的敌军。
在青龙区，殷商“东方游击军”向来仇视西野门的铁虎军，两军矛盾爆发，东方游击军在“黑松战役”中几乎全灭。此时，西周军在朱庇特区发动“百战雄师”行动，展示了敌后战斗发展出的非凡实力，引起紫寿警觉。因此，紫寿一方面让申公豹开始破坏西野门在金乌东部的秘密组织，另一方面以“魁雨军团”、“渑池军团”为主力，东方游击军为配合，消灭铁虎军主力于“泾星”。
此役后，紫寿在政治舆论上陷入被动局面，被迫默许西野门重组铁虎军。
当宇宙大战全面爆发，商军以“丛狐军团”为代表，在东部边缘地带，有力支援了宇宙联合军，并逐渐展开对侵略者的反攻。可惜在金乌星系内面对凌霄军的进攻，又屡屡吃亏，连潭星都不幸失守。
在宇宙联合军及外星碧游的支持下，商军积攒了足够实力，反侵略战争末期也曾有捷报传来，但还未将后备军力投入战场，凌霄大帝便迫于宇宙局势宣布投降。
紫寿将商军与外星碧游相结合，重组各军团，在与西野门谈判和平建国同时，抢占各大行星。
殷商会中潜伏的阴谋派，策划“孝纺大厦惨案”，展示出殷商会的真实意图，迫使紫寿加快行动。
商军元老卓尔文借口要抓捕碧游叛徒洪锦，命令魁雨军团围杀西野门震旦游击军，引发了“周商大战”。
在周商大战中，北邙军起义，投入周军。历经玄武、白虎、朱庇特三处大战，商军损失大批主力精锐部队，被迫转入守势，紫寿放弃首都，再度逃往亚图姆星，周军很快又歼灭魁雨军团，攻占震旦星。
由于紫寿儿子殷洪的挑衅，筹备建国的大周令主力部队又攻克青龙区与天照区（除最东端的中型行星“东宁星”）。
大周建国后，南下夺取朱雀，最后与商军决战亚图姆，全歼紫寿最后王牌“万仙军团”与超级战舰“鹿台”号。
此后，商军残部退守“东宁”，再难主导“金乌”。
以下介绍商军主要军团和著名师团：
一、佳梦军团
指挥官：摩利尔四兄弟
部队特技：雪白光环、混元护罩、玉琴噪音、变形战舰。
发展历程：
1、殷商军驱逐凌霄盟“瀚洋军团”时的主力部队之一，是击溃敌“北洋师团”的前锋。
2、卓尔文抓捕哪吒时，该军团负责包围“陈塘军团”，防止李靖等跟着哪吒一起叛变。幸好哪吒自尽，陈塘军团表示效忠殷商会，故无战事。
3、第五次围剿西野军的部队，由于西野门掌门管鲜命令义军正面对抗佳梦军，给予佳梦军“以压倒性实力重创西野军各部”的机会，殷商军也趁机夺回白虎区各星，西野军被迫“光荣远征”。
4、与北邙军配合，意图消灭西野军于白虎、玄武两星域交界的白河两岸，但姬发指挥西野军“四渡白河”，佳梦军在追击过程中被义军各个击破，从此不复存在。
二、青龙军团：
指挥官：张桂芳、福尔林等
部队特技：催眠扩音等
发展历程：
1、卓尔文亲信部队，守卫青龙区，积极执行紫寿镇压西野门的命令，导致伯邑考自杀，并抓捕、屠杀大批西野门弟子。
2、参加第四次围剿西岐，企图让北邙军与义军自相残杀，从中渔利。结果，义军利用这种心理，先给北邙军教训，又集结全军进攻青龙军，最终导致青龙军团全灭。
三、三山军团
指挥官：邓九公
部队特技：无
发展历程：
1、负责守卫白虎区。在西野门起义之际，忙于镇压防区内起义军，却没想到义军在本区内的“西岐星域”聚义。
2、进行第一次围剿西岐，连吃两次败仗，邓九公之子邓秀被俘。邓九公后与义军秘密谈判，又察觉有“碧游”趁机欲行阴谋，最后两军停战，邓婵玉留在西岐，邓秀随父亲回归。
3、因西岐战败以及在战役中遭受重大损失，三山军团被缩编为“三山师团”，守卫青龙区幻都星。侵略者凌霄军利用秘密黑洞突袭幻都，三山师团遭遇全灭，唯有邓九公、邓秀少数人在各路正义之士帮助下逃生。
4、反侵略战争后期，三山师团重组，隶属“汜水军团”，师团长为邓秀。在“苏宝星”之战中，三山将士们（含邓秀）为抵抗侵略军，不幸遇难，但拖延了足够时间，让友军得以维持防线。该部队从此不复存在。
四、水德师团
指挥官：鲁雄
部队特技：高科技军队
发展历程：
1、紫寿直属的高科技部队，参与第二次围剿西岐。
2、在渡过“渭水”时，以高科技装备打开通道，让商军攻入“西岐星域”。
3、在企图从岐山之间穿越时，全灭于义军高科技设备之下。
五、潼关军团
指挥官：陈桐
部队特技：疾燕战机、光钩、毒液。
发展历程：
第二次围剿西岐的主力部队，利用“水德师团”试验出岐山之间的秘密，随即对义军展开全面攻击，被义军采用不同手段各个击破，从此全灭。
六、临潼军团
指挥官：张凤
部队特技：剑刃气、折射水泡等
发展历程：
1、镇守“朱庇特星”的殷商军。
2、参与第三次围剿西岐，与友军内讧，被义军所利用，麾下部队或被消灭或起义，自此撤编。
七、穿云军团
指挥官：陈梧
部队特技：幻火、巨石等。
发展历程：
第三次围剿西岐的主力军之一，与友军不和。在战役中，麾下“平火师团”曾击破义军公略舰队防线、杀西野门重要弟子毕高。后因内讧与麾下部队起义，该军团战败撤编。
八、滕蛇军团
指挥官：詹克?桑度
部队特技：激光枷锁
发展历程：
卓尔文一手打造出来的新兵军团。第一次围剿西岐时，代替“三山军团”守卫白虎，长期为进攻西岐的殷商军提供有力后勤供应。
西野军第四次反围剿时，反攻白虎，白虎星被击破，滕蛇军团覆灭，詹克等高级将领被管鲜部队俘虏后杀害。
九、龙德军团
指挥官：洪锦
部队特技：幻旗遁等
发展历程：
1、佳梦军击败义军、夺回白虎星后，黄飞虎麾下的龙德军团负责接管白虎防务。
2、“惊天之变”中，龙德军团支持黄飞虎，封锁白虎星，配合了抓捕紫寿的行动。不过军团长洪锦对被囚禁的紫寿极为尊重。
3、黄飞虎投奔西岐后，龙德军团被调到震旦星。
4、凌霄军进攻震旦星时，龙德军团在天空拼死抵抗敌军，伤亡惨重。听说殷商会高层放弃震旦逃跑，且朝歌城中有大批百姓没有撤出，龙德军团残部不顾生死返回朝歌救援，陷入朝歌大屠杀中，将士所剩仅几十人，后经龙吉救援，龙德余部加入西野门的“震旦游击军”，开启新生。