而且鲨鱼身处海洋生物链顶层，生平吃了很多其他鱼类，体内积聚不少水银和重金属，故鱼翅含水银，不宜多吃。消费者消费鱼翅的心理动机主要是“为了显示个人的品位或身份”、“高档次的鱼翅能给个人的事业或健康带来帮助”。
渔民在捕捞上一条鲨鱼后不论大小，都会在甲板上用电锯活生生地把鲨鱼的背鳍、两个胸鳍和一部分尾鳍割掉，然后将全身血流不止的鲨鱼扔回海中，因为船舱没那么大的地方装鲨鱼肉。
这些鲨鱼身体被直接抛回海洋，沉入深海中，无法游动、无法觅食，痛、饿、血流不止，最后在深海死去。在中国的餐饮业内，鱼翅的地位仍是难以撼动，很多酒楼都把最大的鱼翅，展示在大堂最醒目的地方，以作标榜。
中国目前是世界第一大鱼翅进口国，随着中国民众生活水平的提高，鱼翅已不再是少数人特享，并且，根据上海，《第一财经日报》今天引用的一份调查报告，鱼翅被水银污染的程度高达百分之七十，而且食用鱼翅正使全球鲨鱼种群遭遇绝灭之灾。鲨鱼总数大幅减少——50年来下降了80%
因为鱼翅的价格甚高，近年吸引各地渔民争相在海中捕杀鲨鱼，引致海中生态出现不平衡，导致部分鲨鱼濒危。由于鲨肉价值很低，因此鱼翅渔业者在扑鲨后，仅割下鲨鱼的鳍部分，便将鲨鱼抛回海中以保持更多的空间存放价值更高的鱼翅。这些鲨鱼并不会立刻死亡，但会因失去游弋能力窒息而死，或者被其他鲨鱼捕食。也正由于牵涉庞大的利益，该行业倍受有黑社会活动介入的指控。
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7成左右的鱼翅被汞污染，如果大量食用可能会对健康产生威胁。鱼翅也并无特别的营养价值。事实上，近几年来，因为工业废水不断地排入海洋，每年进入海洋环境的石油高达两百万吨以上，使得海水中重金属含量较高，而鲨鱼处于海洋食物链的顶端，吞食了其他鱼类后，食物中的重金属也随之进入鲨鱼体内，积累下来，因此鲨鱼体内的重金属的含量会越来越多。
三丁基锡是用于船体防污涂料中的一种化合物，在意大利沿岸海域捕获到的鲨鱼的肾脏内已发现这种化合物。在东地中海的几种鲨鱼物种组织样本中也已经发现镉、铅、砷等金属元素。而2001年，曼谷唐人街市场的鱼翅抽查表明，10个鱼翅中有7个含有高含量的水银，最高含量为允许量的42倍。2008年，香港市场的抽查表明，10个鱼翅中有8个含有高含量水银，最高含量为允许量的4倍。
2011年3月11日，因为日本福岛核泄漏，造成食物链高端的鲨鱼体内积累大量放射型物质。日本文部科学省3月16日至19日取样检测。结果显示，鲨鱼体内中锶－89的放射性活度为最高每千克260贝克勒尔，锶－90则为最高每千克32贝克勒尔。锶－90的放射性活度为最高每千克5．9贝克勒尔。放射性锶是铀－235的裂变产物，锶－89的半衰期约为50天，锶－90的半衰期约29年。长期接触可能会得白血病。
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根据联合国附属机构濒危野生动植物种国际贸易公约大会（CITES），过去评核约370多种鲨鱼中，只有大白鲨、鲸鲨及姥鲨属于受濒危绝种威胁的品种，其中鲸鲨及大白鲨鱼鳍并没有翅针，不会被用作鱼翅；姥鲨鱼鳍，亦即价钱极其昂贵的天九翅，近年在香港的入口量占整体远低于1%。现时鱼翅主要来自并未濒危的蓝鲨及青鲨。
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一个环境调查组的研究表明，在鲨鱼鱼翅汤内含有高浓度的毒性物质──水银，而水银对人高级神经系统有害。在对曼谷销售的鲨鱼鱼翅进行的两项随机检测毒性试验表明，鱼翅这种美味高档的营养品被水银污染的程度高达70%，含有可被人体吸收的水银比率已超出正常允许含量42倍。而水银的来源是未被处理过的废水。澳大利亚和新西兰最近也向国人提出警告，特别提醒那些怀孕的妇女尽量不要食用鲨鱼肉。因为摄入过量的水银会对孕妇和她们的孩子产生非常大的危害，尤其会影响孩子大脑和神经细胞的生成。鱼翅中的水银成分大都来自污染的海水，而鲨鱼在食物链中处于最高的位置，因此它们体内的水银成分总是能够越积越多。
当今人们视鱼翅为美味佳肴、滋补佳品，出现了吃“鱼翅热”。据统计，这次由市科协、国际野生动物协会和广州海洋馆联合举办的科普挂图展示活动，目的是为了让市民重新了解鲨鱼、不吃鱼翅。
广州市海洋馆研究发现，鱼翅含有水银或其他重金属的分量均比其他鱼类高很多。这是因为人类把工业生产过程中的废水不断地排入海洋，使得海水中水银和其他重金属含量较高，海洋生物也随之受到影响。鲨鱼处于海洋食物链的顶端，体内往往会积累大量的污染毒素。而水银除了可能造成男性不育外，若人体内含量过高还会损害人的中枢神经系统及肾脏。因此，多吃鲨鱼肉、鱼翅可能会对人体有害。
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据美国《赫芬顿邮报》今晨报道，一项美国最新研究显示，制作鱼翅不仅让大量鲨鱼濒临绝种，而且还因为含有高浓度神经毒素，可能会导致老年痴呆症。
报道称，该研究发表在最新一期的《海洋药物》杂志上，美国迈阿密大学科学家经过分析佛罗里达州海域的鲨鱼鳍后发现，鲨鱼含有高浓度的β-甲氨基-L-丙氨酸（BMAA），这是一种与脑退化症和葛雷克氏症有关的神经毒素。专家认为，食用鲨鱼肉与鲨鱼软骨，都可能会危害食用者健康。