seele的会议室里，见到这一幕的众人都沉默了下来。
此刻即便是他们，也不知道碇源渡那个‘叛徒’想要做什么了，而此刻，在他们眼前正好有一个人能够解开他们的疑惑。
“碇源渡，这个男人真是让我感到难以理解，难道这一切全都是为了保护他的儿子吗？”01沉声问道。
碇真嗣被选为初号机的驾驶员，自然不是偶然。应该说，他的到来是seele为了确保碇源渡忠心的一道保险。不过这一步棋显然没有多大作用，因为根据后来的观察，碇源渡对他儿子的态度可实在不怎么好，甚至只把他当成一件道具来使用。这个男人似乎完全抹杀了自己的感情！在这点上，seele确实被碇源渡的表现给欺骗了。
但这也并没让seele放弃对碇真嗣的利用，他们意外的发现他的内心同样存在巨大的精神缺陷。同时，在几个作为‘神之凭依’的候选者中，碇真嗣的条件也是最佳，甚至超出最高标准不少。所以很自然的，碇真嗣就成为了人类补完计划的核心。
冬月副司令点点头：“保护真嗣确实是我们最初的目的之一。不过却并不是如你们想象的那样。可以说，让真嗣成为补完的核心，并不是你们选择的结果，而是碇唯的安排！”
“你说什么？碇唯，她不是早就死了吗？”02显的很气愤：“难道这一切都是你们早就计划好的，演给我们看的吗。”
冬月点点头又摇摇头，面带怀念，视线看向天花板，开始回忆：“一切都是从真嗣出生的那一刻开始改变的……”
seele当初在初步制定出人类补完计划后，就开始四处收罗各个领域的人才，准备‘迎接’十二使徒的到来。很快的，拥有惊世之才的碇唯就进入了他们的视线。通过秘密调查，他们意外的发现她居然在研究灵魂的数据化，而且已经取得了不错的进展。所以他们极力邀请，三顾茅庐之后才让她同意加入这个神秘组织。
这里提一下，seele并不是一个‘反派组织’，他们建立的初衷就是为了人类未来的延续。只是很多事情都是高度机密，所以他们虽然做事一向都是神神秘秘，不过并不会强人所难。当然，像碇唯这种急需的人才，他们还是得用了很大的心思的。
也许是他们的诚意感动了碇唯，也或者是碇唯对他们的目的和条件感到好奇，在思虑几天后，她答应了seele的邀请。
碇唯的加入，对seele来说可谓如虎添翼，极大的加快了seele的研究步伐。尤其是她贡献出改良版的灵魂数据化技术后，碇唯获得了seele高层的认可，于是他们把人类补完计划告诉了她。
当时的碇唯，并没有表现出任何异常，只有知道世界真相后的震惊罢了。之后，碇唯继续她的研究，而这个时候，六分仪源渡，也就是后来的碇源渡，这个男人进入了她的内心世界。
这个来历颇为神秘的男人似乎知道seele的计划，又不知从何处获得情报，知道了seele的首席研究员碇唯的存在。
后来的事情大家都知道了，虽然有点狗血，不过这就是真实的人性！碇源渡爱上了碇唯，两人很快从恋人发展成夫妻。不久，碇唯十月怀胎，生下了碇真嗣。
碇真嗣的出生是第一个重大的转折，面对新生的儿子，他们坚定了心中的某个信念。碇唯认为，没有身体的人类，就不再是完整的人类了。一旦补完计划成功，人类与莉莉丝融为一体，人类就不再是人类。即便那时大家都获得了永生，但同时也失去了无限的未来。
人类必须要有属于自己的未来！即便那付出怎样的代价，也不能取代他们‘儿子的位置’。于是他们私下开始制定属于他们自己的人类补完计划，并暗中开始为这项计划做准备。
然后是第二次转折，随着碇真嗣一天天长大，某天，他居然如鬼附身般开始用笔在墙壁上写满密密麻麻的0和1的代码。这让看到这一幕的碇唯和碇源渡惊骇不已。
因为只要是稍微了解电脑程序的人都能看出，这并不是小孩的随手涂鸦，而是某种加密过的某种信息，而且加密的算法还相当的高明。知道事情不简单的两人急忙在拍下照片后消除了‘证据’。
后来他们经过一段时间的研究，也只是勉强分析出这可能是某种求救信息。而加密的算法，居然是‘智能化’的围棋棋局。
要想解开这神秘信息，就必须破解这有着无数变化形式的围棋棋局。而让两人为难的是，他们找遍能找到的所有围棋高手，所有人在研究过后都对他们摇了头。
“唉，没想到这世界上还有这样神奇的棋局。对手的境界太高了，我们的所有举动都被他看穿了。如果对方不是先手抢占天元就好了，一旦被它占了这个位置，我们几乎找不到办法解开这个‘死局’。”
到最后，几乎所有棋手都想看看是谁创造出了这样的千古棋局。不过两人并没有向他们透露更多的信息。
经过这件事情，碇唯两人自然知道碇真嗣身上隐藏着某种秘密。于是，为了儿子的安危，也为了弄清事实真相，碇唯狠下心来，利用她创造出来的‘灵魂探测仪’，试着想要解开儿子身上的谜团。
结果一出来，让碇唯大吃一惊。因为她在碇真嗣的身上居然没有检测到人类的灵魂，取而代之的是一颗散发出某种能量场的透明多面体核心。就是这玩意，在不断的散发出神秘信号，诱导碇真嗣做出了怪异的事情。
“没有人类的灵魂？！这怎么可能？只要是由生命之树繁衍出来的生命，都应该有灵魂才对，也脱离不了‘生命的轮回’。地球上的生命都是……对了，那个‘变数’！”听到这，01惊讶的不由得的打断了冬月的回忆，但说着说着，他忽然明白了过来。现在在这个地球上，不是还有来自另一个世界的‘人类’吗。
“是那段神秘的求救信号引来的那个异世界的‘怪物’吗！？怪不得碇源渡一直在基地里循环播放这段信号，难道你们连这个都计算到了？”02接着问道，语气中带着一丝畏惧和好奇。
冬月摇摇头：“我们也只是抱着好奇的心态试试看罢了，所以才这么做的。当然，高飞的到来，完全是个意外，而且他的战斗力也出乎我们意料。不过这并影响我们的计划就是……他的到来，还帮了我们不少忙。最起码，我们对于使徒的态度都是一致的，不是吗？”
冬月继续说了下去。‘灵核’的发现，让碇唯欣喜若狂，因为这个跨时代的发现，让她找到一条全新的挽救人类的道路。原来即便没有灵魂，人类也能继续生存下去！就像他的儿子一样！
看着投影出来的外界图像，冬月的眼神透露出一股留恋：“为了人类、为了真嗣，碇唯和碇源渡牺牲的太多太多了……”
十万米高空中，初号机已经上升到了这个高度，同时guf门扉也覆盖了整个日本。这时，插在初号机身上的那把卡西乌斯之枪开始产生形态变化。
就好像开始快速生长的植物一样，从枪头处分化出几根像藤蔓一样的树根，沿着生命树图的轨迹开始不断生长。其中有三根最粗的根系分别连接到了六号机、零号机和碇源渡的身上。最终和插在他们身上的长枪融为一体。
三者身上的长枪很快也开始了相似的变化，不过只从枪头分化出一根主根系。
碇源渡身上的卡西乌斯之枪分化的主根系直接向着天空蔓延而上，直直伸入了guf门扉的中心，最终消失在‘轮回之门’内部。而零号机身上的朗基努斯之枪，分化的主根系直接插入量产机制作的代表莉莉丝神之国的反at力场中，之后也是同样消失不见。六号机身上的朗基努斯之枪也一样，不过它插入的是代表亚当的神之国。
除了主根系之外，那些次要的细一些的侧根则扩散出去，一一连到了量产机的身上。和它们身上的‘伪根’相连接。
这样，生命之树的复活条件终于满足，作为核心的初号机身上的长枪的生长速度一下变快百倍，从尾部开始从主干上不断分化出新的枝干。
最终，一棵以天空中的guf门扉作为土壤，倒垂而下的血红色大树成型。没有树叶、没有花、没有果实，只有根系、主干和分枝。高达几十公里，几乎连接到地面。
这还只是生命之树的幼苗形态，很难想象当他完全成长后的样子，会有多巨大！
当生命之树停止生长的时候，冬月望着它的样子，喃喃自语：“终于要真正开始了！人类的未来，就托付给碇唯和碇源渡的儿子身上了！”