第一指挥室，看到碇司令惊人的出场方式，葛城美里等人惊骇不已。“碇司令？！他果然没死。只是他这次出现的目的是……”葛城美里看着碇司令的影像思索着。
“光谱分析居然是蓝色？！碇司令是使徒？这怎么可能？”伊吹摩耶突然站起来惊呼，脸上的表情好像看到鬼一样，让所有人都心中一震。
“怎么回事？仪器损坏了吗？”赤木律子急忙过去查看。
另一边，站在远处山头上观看战场的加持良治也表现的异常吃惊，喃喃自语：“尼布甲尼撒之匙，没想到碇司令居然把它用在了自己身上。灵魂与神结合的路标，成为‘李林之王’，但这又是为什么，他明知道……这么说来，我之前的猜测全都是错误的。”
看着碇司令那丝毫没有表情变化的脸，加持良治脸上的微笑渐渐消失，转为疑惑：“碇司令，你们究竟想要做什么？又是……为了谁？”
当所有人都吃惊碇司令的出场的时候，初号机已经来到第十使徒面前，无视它的反抗挣扎，左手一连突破数组at力场，猛然插入它的胸膛，击碎保护核心的肋骨，硬生生的把第十使徒的核心取了出来。
失去核心，第十使徒就好像失去了动力的机器人，一下瘫倒在地再也动弹不了。但就是这样，初号机也没有放过它，右手握拳一击，瞬间就打碎了第十使徒的脑袋，让它永远沉默了下来。
不过只要核心还在，使徒就不会真正死亡，只要再过一段时间，它们的身体能从核心里再孕育出来。
但初号机并不会给它复活的机会，嘴巴处的拘束装甲自动解开，初号机张开大嘴，居然直接把血红色的核心吞进了肚子。
吞下核心后，初号机头顶的红色光环展开的速度一下变快不少。不一会儿，初号机竟然直接飞了起来，向着碇源渡飘去。整个地下空间也都仿佛失去了重力一般，所有东西都往上浮了起来。
初号机的驾驶舱内，消灭敌人后逐渐恢复理智的碇真嗣惊骇的发现，他居然不知何时失去了对初号机的控制。无论他怎么操控、按键，仪器都没有丝毫反应，就好像驾驶舱失去了电力一样。不过他仍旧能够窗口看到外界的景象。
碇真嗣冷静下来，很快就察觉到了异常发生的原因：父亲！自从他父亲出现后，初号机就好像有了自己的意识一样，它在按照某个明确的目的行动。
终于，初号机来到碇司令面前。摸着初号机看起来有点狰狞的脸，碇司令温柔的说道：“唯，我终于能和你在一起了。让我们开始吧！一切的牺牲，都是有价值的。”
这时的初号机，已经得到使徒的生命之果以及人类的智慧之果，半只脚踏入真正的‘神域’，只差最后一步就能完成‘神化’，化身为‘神’。
初号机的背后，一个巨大的抽象化的光之十字架伸展开来。庞大的具现化力场直接捅破了上方的第三新东京，让这座城市彻底消失在了地图上。
初号机继续上升，头顶的guf门扉也一直在扩大，此刻已经覆盖了整座城市。初号机背后的十字架的顶部直直插入它的中心深处。
碇司令立在初号机的肩膀上，看着初号机背后张开的at力场，右手一伸，右掌就按在了十字架的交叉点：“‘天元’已经到位，莉莉丝和亚当，你们也应该就位了。”
十字架开始发出红光，就好像表面涂满了鲜血一样。就在同一时刻，下方的渚薰和凌波丽感觉到了一股巨大的吸力。这股力量是如此的强大，即便他们全力展开at力场都无法抵抗，只能身不由己的被吸了上去。
六号机和零号机，就这样分别被固定在了十字架的左右两端，全身被牢牢的固定住，样子像受难时的耶稣。
“it’sonlylove,it’sonlylove,如果有一个愿望能够给我实现，我愿在你的身旁入眠，无论你身在何处！”
碇真嗣的耳边忽然响起了一个悦耳的女声，清脆的歌声让人不自觉的想要沉入其中。
“谁？谁在唱歌？在哪里？”碇真嗣环顾四周，却没有声音的来源，自然也没看到唱歌的人。
“这个声音，为什么这么熟悉，让我感到发自内心的安心，我好像在哪里听到过……到底是哪里？”碇真嗣开始挖掘大脑深处的记忆。他现在唯一的念头就是弄清楚唱歌的人的身份。因为他本能的感应到，这首歌是为他而唱的。
“beautifulworld，毫不迟疑的注视着你的身影，beautifulboy,你尚未察觉到你自己的美丽。”
到底是谁？碇真嗣越是寻找，就越迷茫，脑子里已经乱成一团乱麻。这种让人感到心安的感觉，就仿佛在母亲怀里的婴儿一样。母亲？对了，就是母亲！这确实是母亲的声音！
联想到父亲之前对初号机的异常态度还有那句‘唯’，碇真嗣现在可以百分百肯定，唱这歌的人是他的母亲。他甚至已经遗忘了她的样子，但还依稀记得她的声音。
“妈妈！你在哪里？”碇真嗣的眼眶一下就湿润了，身体不由自主的站了起来，朝四周大喊。不过他的喊声好像没有一点效果，歌声还是继续唱着。
“it’sonlylove,无论是沉睡还是醒来，都是身处漫画般的梦境，可这并非是我想要的人生，不明白自己到底在渴望着什么。”
这是什么歌？歌词有什么意义？碇真嗣确认，自己并没有听过这样的歌曲。也许是他从未听过的一首歌，但他却更加相信，这是一首她母亲为他而创造的歌曲。似乎母亲想要向他传达什么！
“只一味的伸手索求，脸上满是温热的泪痕，我并没有想说的话，只希望与你再见一面！我说不出心中想说的话，或许是因为我太过软弱，不过我毫不在乎。”
这段歌词让碇真嗣瞬间失神，眼泪不由自主的落下，不知不觉间，碇真嗣已经泪流满面。
“妈妈！原来你一直都在我身边。一直都在保护我！”碇真嗣终于回忆起自己小时候的记忆，亲眼见到母亲被送入初号机的体内，实验失败，母亲一点点失去人形，最终活生生被溶解在了lcl溶液里。这让碇真嗣泪流不止。他心里后悔，自己应该早就意识到，初号机里存在母亲的灵魂。不然的话，为什么初号机会一次又一次的主动保护他。
“无论什么都应该去尝试一下，即使失败受挫，也会吸取到一些经验……最近你的情况怎么样？只要你一切都好的话，我什么都无所谓。如果直到我的世界消失都无法相见，我愿在你身旁入眠，无论你身处何方。”
“妈妈！你在哪里？”碇真嗣无力的瘫坐回驾驶座。他心里忽然有种不好的预感。母亲即将离他而去，而这次，是永远！
“beautifulworld，在如梦幻般流逝的时光中，beautifulboy，你善变的情性也是天性使然。如果我有一个愿望能够实现，我愿在你身旁入眠。beautifulworld……”
歌曲终于到了尾声，优美的歌声渐渐远去。
“母亲”碇真嗣的目光迷茫，微笑着伸出右手，他好像真的看到了他的母亲碇唯。
动人的歌声不仅碇真嗣听到，在场的所有人也都听到了这首自心底响起的歌。
“碇唯？！”赤木律子几乎是在听到歌声的一瞬间就认出了唱歌的人的身份。作为一名研究员，赤木律子自然知道碇唯的存在。她可谓是eva的开创者，eva后来的发展方向也都是由她一个人奠定。没有她，就没有现在的eva。不折不扣的一个天才研究员。甚至还有传言说，她解开了人类灵魂的奥秘。
当初听到这话的时候，赤木律子还以为是笑话，不过现在看来，事情确实和传言接近了。不然明明已经‘死亡’的人怎么会突然出现。
“有多架不明飞行物快速接近！五、六……一共十二架。光谱分析，eva?十二架eva?!”日向城突然惊慌的汇报。