叶行远在任期的最后惹上了麻烦，户部和御史台忽然派人下到琼关，说是接到举报，有人营私舞弊，贪污国库。便提出要调查历年账目，还要与特区当地官员一一约谈。
他与户部那位洪郎中还有御史台的刘御史谈过以后，回来斩钉截铁与李夫人道：“又是内阁那帮老家伙在捣鬼，我都到这穷乡僻壤三年了，算来与他们没什么矛盾，想不到还要紧盯着我不放。
他们是不是属王八的？一口咬住便不愿松口了？”
牢骚归牢骚，叶行远不得不面对现实，京中内阁这些大佬真的是有办法拿捏他。
李夫人蹙眉道：“此事必有内情，这两年来风平浪静，何至于在这种时候他们又搞风搞雨，我去打听一下。”
叶行远嗤笑道：“不必打听了，锦衣卫那边已经给了我消息，是京中有人担心我谋取六科给事中之职。所以想找机会敲打我一下，只要拖过这段时间，等京中角力结束，便可放过琼关了。”
简直是受迫害妄想症，他们觉得自己还会在乎区区一个七品给事中？叶行远自认搞了琼关特区之后，就算皇帝要给他一个中书舍人他都不想干，仰人鼻息怎能与自己当家作主相提并论？
这种莫名其妙的猜疑让叶行远甚为窝火，恼道：“他们怕我争这职位，我偏要争一争，让他们乱了手脚也好。”
短时间内叶行远不想回京，不过对方投之以桃，他当然得报之以李。略作思考，当日便上了一份奏折，宇文经看到这奏折题目，便如五雷轰顶。
叶行远上书《论六科给事中改革折》，你这算是什么意思？区区一个地方转运副使，来论及朝廷中央机构的职能，这妥当吗？
然而太祖规定，读书人都可上书议事，叶行远不以官员身份，只以进士身份议政，谁也说不得他什么。一般官员若是上书胡言乱语，内阁自然可以将之弃若敝履束之高阁，但叶行远一来绝不会是胡言乱语，二来还有皇帝挺他，他的奏折又怎么会默默无闻？
宇文经开始后悔自己不该搞些小动作了，显然这就是叶行远的反击。他很明显的告诉你们，我对六科给事中本来没兴趣，但你们要来撩拨我，那我倒也可以稍微有兴趣一下。
对这种无赖的态度，宇文经也是无能为力。或许严首辅的态度才是对的，就该让他自生自灭，完全不要给他机会？
他叹息着翻开了叶行远的奏折，一看内容，偏偏又被深深吸引，甚至想要拍案叫绝，还是忍了好久才忍住。
叶行远说是论六科给事中的职能，但从前面的篇幅来看，简直是打算建议朝廷废六科给事中。他说当初太祖皇帝定这规矩，是想让低阶的官员参与朝政，从另一个角度来看待国家大事。
但因为给事中的权力过大，导致了权力寻租，自然而然的与内阁和六部纠葛在一处，偏偏六科职能还不明确，只能算是一个监察机构，这就更形成了一笔糊涂账。
到最后给事中要么卖直，故意特立独行，沽名钓誉。要么干脆与朝廷高官沆瀣一气，这些在本朝历史上都是比比皆是。
既然如此，那何不废除名不副实的六科给事中呢？叶行远却又提出了不同的意见。他认为对朝廷、内阁的监督是必要的，而且也不是仅仅御史台与六科可以承担的责任。
太祖重视读书人，认为年轻读书人有锐气，便可以此为纲，重订六科，将六科进一步扩大，收国子监生与举人，在京中专事监督之职。削除其备而不用的封驳圣旨之权，但有权就朝廷大政及圣旨发动联名上书，若联名者超过六科科员总数六成，便可请内阁再议。
六科凡三年改选一次，科员必须换掉三分之一以上，以此来保证基本的公平。
“这哪里还是六科！”宇文经感慨不已，他敏锐的发现叶行远仍然保留了六科监督反驳的权力，但将这种权力分开，不再集中于给事中一人，而是需要整个六科联名，才能反对内阁的动议。
这已经成了上古之时所鼓吹的士绅议政，若以此为例，京中要有六科，地方上岂不是也要有类似的士绅机构，这可是政局的巨大变化！
宇文经无奈，只能说叶行远此人脑袋中真不知装了什么东西，难道真是得仙人传授？只要稍稍刺激他一下，便会喷薄而出各种前所未有的想法，偏偏又言之成理，让人头疼不已。
这个奏折一上，谁来担任六科给事中已经不重要了，现在重要的是到底有没有必要按照这奏折的说法重组六科。
有人大加赞赏道：“六科给事中原本就不合理，要么无用，要么就是又臭又硬，早该取消。这重组六科之法倒是新鲜，也甚得太祖之意，可行之。”
也有人批驳道：“胡言乱语，岂可轻议朝廷大政，正是因为这些不守本分的年轻人，所以国事艰难，岂能再给他们多言的机会？”
但更有人心中如明镜一般，“这个立论一出，不管是好是坏，总是会有不少人支持的。六科一扩大，光是官位就多了上百个，你说那些举人和监生要不要打破头去抢？这些举人和监生背后的势力，要不要为他们去争取？叶行远此折，可是一石激起千层浪！”
宇文经搬起石头砸了自己的脚，只能闭口不言，在家中面壁思过。这两年他屡屡出谋划策，却屡战屡败，小严相公原本就不喜欢他，如今更是经常在外面说他的坏话。
有时候他的好友陈直听说了，只气得七窍生烟，却也无能为力。
叶行远听说京中闹了起来，拍手称快，反正他是没心思他淌这浑水，事不关己，乐得看热闹。倒是有年轻举人们联名上书，说要推举叶行远为新六科给事中，但他也不置可否。
此事尘埃落定绝非轻易，叶行远就在这烟幕中在琼关过着惬意的小日子——户部和御史台的调查者早就灰溜溜回京，没有得到丝毫证据。
叶行远最后在琼关要处理的只是一些手尾，就比如矿业四大家看一年过去，跑过来索讨分红。叶行远却正色告知，这两年要扩大投入，提高工人薪资水平，扩大再生产，铁器厂虽有盈利，但并不打算分红，而是要再增资。
除此之外，内库与琼关特区打算再增资三十万两，建设西北的钢铁中心，希望四大家一起同比例增资，以保证股份不被稀释。
这下沙、孟、毛、金四家可傻了眼，他们的这两年的出货全都作为股份投入到铁器厂，原本的收入锐减，手上本就没有什么资金，哪里拿的出增资？
沙一毛弱弱询问，若是想保持同样的比例，需要增资多少？叶行远不用计算，就答道：“二十万两足矣。”
四大家哑然，他们砸锅卖铁，二十万两还是拿得出来的，但是他们这时候也明白了，就算投入了这二十万两，明年说要再增资，那该如何是好，那时候就算是卖身，也绝对凑不足银两了。
他们商量一阵，觉得王公公的威胁已经过去了，此时铁器厂稳定运营，应该也不会换人，便想向叶行远提出撤资退股。
叶行远翻脸不认人，翻出协议，证明四大家是答应拿每年的出产入股，若是反悔，得拿出双倍的违约金。这四大家连增资的钱都拿不出来，又哪里能够拿违约金？只好求到后台崔家，辗转再找到姜克清帮忙说和。
姜克清故作为难，其实与叶行远商量好了，便最后向四大家摊牌。第一，每年的产品入股，这一点不能变。第二，四大家既然无力增资，那所占的股份便按比例稀释，最后只剩下一成左右。
第三，为了安抚四大家，还是给一部分分红，算下来大约比单纯贩卖货物还要多赚一点。这样四大家也不必多操心思，渐渐就连矿上的事都不太管了。
后来铁器厂干脆反过来将三座铁矿和一座煤矿完全收购下来，让这四家做了富家翁，在特区过过地主老财的日子，也算是他们识相，才得善终，此事后话不提。
姜克清对叶行远一连串的手段赞叹不已，心中也多有余悸，再不敢随随便便与人合伙做生意。这小股东被人侵吞的一干二净，还不是毫无办法？
姜克清看得出来叶行远还是心慈手软，给四大家留了一线余地，否则轻轻易易便可让他们扫地出门，连一毛钱都拿不到，自此对叶行远更是五体投地。
此事之后，叶行远的三年任期也终于满了，他拜托李夫人谋取的蜀中省按察使司佥事一职，也通过吏部定案。只待过了年，他便要交卸特区转运使衙门的差事，前往蜀中任职。
本来他还需要回京述职，但大约是内阁中人厌弃他，怕他回来搞什么花样。干脆就说你直接赴任，不必回京，这也是难得的待遇。