在秦王庄外城的军营大帐中，朱由检接见了解胜这一支秦兵中的大小头目。这些人都是部队中的骨干，但因为在名义上只是民团，他们的身份也都是团勇，因此并无职位，更无军阶的高低之分。
过去秦兵的兵力非常少，朱由检还顾不上考虑编制问题。现在秦兵的总兵力已经上万，而且还要进一步扩充。所以编制问题已经到了非解决不可的地步，否则就会直接影响战斗力。
在解决编制问题之前，朱由检也曾与孙传庭探讨过明军现有的编制。结果令他大失所望，因为现状就是一个字：乱！
从整体上看，明军分为边军和卫所两大体系。边军即是辽东、蓟州、宣府、大同、太原、延绥、宁夏、陕西、甘肃这九个边陲重镇，这里的军事长官是总兵官，简称总兵。
总兵责任重大，权力同样很大，可以根据战事需要，对麾下部属任意编制。九镇的编制各有不同，简直是随心所欲，可以说总兵基本上不能换，一换就要乱套。久而久之，就出现了像李成梁、祖大寿这样的半军阀。
而九边的边军即使奉诏赶赴同一战场作战，也是只听自己长官的命令，各打各的，根本谈不上什么协同。所以才会有满桂与祖大寿交恶的情况出现。除非最高长官“督师”出面，否则谁也不服谁。这样的部队，不被各个击破才怪！
而卫所截然不同于边军，可以看作是明军分驻各地的地方卫戍部队。按明初之制，凡州府必设一所，几个府合起来共设一卫，卫、所之间是上下级的统辖关系。卫设指挥使，统兵五千六百人；卫下有千户所，统兵一千一百二十人，长官是千户；千户所下有百户所，统兵一百一十二人，长官是百户。百户所之内，五十人为一总旗，一总旗下设五小旗，长官为旗长。
总的来说，卫所制就是按照辖地进行兵力的平均分配。这在兵种单一、作战手段简单的冷兵器时代以及和平年代，当然未尝不可。可现在已是乱世，一则军户制名存实亡，各卫所吃空饷现象十分严重，兵力普遍不到定额的四成；二则面对凶残的女真和蒙古骑兵，以及飘忽不定、来去如风的流贼，以卫所为单位的明军也明显力不从心。
除此之外，还有京师三大营，即所谓五军营、三千营和神机营，每营定员五万。在明朝开国之初，这本是马上皇帝朱元璋和朱棣的亲军，战斗力最为强悍。不过土木堡一战，三大营全军覆没，虽然后来重新组建，但逐渐不再承担野战任务，而转为京师的卫戍部队，战斗力直线下降。而且同样缺员严重，实际只有七八万人而已。
最后还有“亲军二十六卫”，像孝陵卫、锦衣卫、腾骧右卫、秦王卫等等都算。这些“卫”名为军队，实则并非执行作战任务，真上战场是不行的。
当然，因为流贼肆虐，官军应接不暇，又出现了“民军”，像秦兵、天雄军就是典型的例子。这些部队的建制就更加混乱，甚至根本没有建制。
而朝廷虽然在名义上设有五军都督府，负责全国兵力的调度，但实权则控制在各地的镇守太监手中。这些太监哪懂军事，基本上是谁和他关系好，他就让谁升官做主将，更把本来就战斗力低下的明军搅得一塌糊涂。而真正有战斗力的部队，则基本处于失控状态，像辽东边军，现在已经快成了祖大寿的私兵了。
了解到明军的建制现状以后，朱由检清醒地认识到：如果还按照明军这一套来，根本无法实现多兵种协同作战的现代战争模式，也无法充分发挥秦兵的威力。因此他决心按照现代军队的编制方式，对秦兵进行一次整体改编。由于解胜的部队就驻在秦王庄，又打着民团的旗号，所以就成为了朱由检最先进行改编的一支。
众头目给朱由检见礼之后，朱由检开门见山地道：“今天召集各位，是要对民团进行改编，组建一支新式军队。这支军队按照大体‘三三制’组建，也就是说，高一级的单位下辖三个较低一级的单位，而这较低一级的单位又下辖三个更低一级的单位。
“具体来说，最底层的单位为班，每班设班长一人，战士九人，标准建制为十人。三个班为一排，三个排为一连。一个连约为一百人。三个连为一营，三个营为一团，一个团约为一千人。咱们现在共有三千人，如果组建更高级别的师，人数嫌少了些，不如组成一个加强团，下设八个营。”
“殿下，为何要实行‘三三制’？”陈五娃好奇地问道，“为什么不是‘二二’或‘四四’、‘五五’？”
“问得好，说明你肯动脑筋！”朱由检先肯定了陈五娃的敢于发问，然后耐心地解释道，“一个最小、最基本的作战单位，就是三个人。这三个人可以形成掎角之势，互为支援掩护。而在兵力较多的情况下，我们往往会安排一部主攻，一部辅攻，剩余一部做预备队，也恰好是三部。所以‘三三制’较为方便部队的作战。但是这也不是绝对的，像咱们这个加强团，就要设立八个营。每个营都有每个营的作战特点，打仗的时候才好调配。”
众将听了恍然大悟，均对这位王爷的军事素养和精心安排感到敬佩。其实朱由检并不是军人出身，只不过在前世看过一些军事方面的书籍，又有现成的制度，可以直接照搬而已。
接下来，朱由检宣布将这个团的番号定为秦兵第一团。当然番号只对内，对外还是叫民团，以免太过招摇。至于番号的意义，朱由检也为众人讲解了一番。有了番号，除了调配部队更为方便之外，一旦在战场上打乱了套，尤其在是军事长官阵亡或失去联系的情况下，也可以根据部队的番号迅速收拢和安置部队。
对获得“第一团”这个番号，众将都极为激动，因为“第一”这个称号还有更多的象征意义。朱由检也趁机为他们打气道：“希望诸位不要辜负‘第一团’这个光荣的名字，事事处处都要勇争第一！”