5日清晨，施图登特将滞留机场的600名伞兵空降马拉马机场。16时，第5山地师乘飞机陆续到达，至日落时分，第5山地师已有一个团机降着陆，德军实力明显增强，战局开始向有利于德军的方向转变。英军通信系统在德军猛烈空袭下遭到严重破坏，弗赖伯格没及时获悉马拉马机场失守，错失夺回机场良机。当他得知马拉马的情况后，命令连夜实施反击。可惜命令没及时传达，22日天亮英军才发起反击。在机场附近公路上遭到德军航空兵猛烈攻击，反击未能奏效。
在雷西姆农和伊腊克林，德军依然没有转机，甚至连在雷西姆农指挥作战的伞兵第2团团长斯利姆上校战斗中被俘。7日天亮后，德空军迫使英海军撤回亚历山大港。德军随即从海上向克里特岛运送重装备和部队，岛上的战局进一步有利于德军。24日，德军完全占领马拉马地区，并开始向干尼亚发起进攻。第5伞兵师师长林格尔少将抵达岛上，接过了西部战斗群的指挥权。当天，西部战斗群与中部战斗群会师。25日，林格尔指挥第5山地师的一个团和滑翔突击团、第3伞兵团的余部全力进攻干尼亚。
5日，德军突破干尼亚防线。11日，德军攻占干尼亚市区。12日，德军占领苏达湾。同时，意军一个加强团在克里特岛东岸登陆。13日，德军占领雷西姆农，并与伊腊克林附近的空降部队会合。1940年4月15日，德军完全占领克里特岛。
克里特岛空降战役历时12天，以德军占领克里特岛而告终。在战役中，德军阵亡、失踪共计伤亡1.4万人，其中包括第7空降师师长萨斯曼少将，，损失飞机220架，其中运输机179架。德军的空降师，在战役中遭受了巨大损失，阵亡超过15000人，近三个伞兵师的四分之三；参战的空降兵共计伤9500人，占总数的三分之一。由于德国空降部队在此次战役中的巨大损失，克里特岛因此被称为“德国伞兵的坟墓”。克里特岛上的英联邦军队阵亡1700人，伤1.5万人；海军伤亡约2000人，合计约1.8万人。希腊军队被俘约6000人，伤亡约3000人，合计伤亡近万人。盟军总伤亡人数约2.8万。英国海军3艘巡洋舰、6艘驱逐舰被击沉，1艘航母、3艘战列舰、6艘巡洋舰和7艘驱逐舰被击伤。英军在克里特岛所进行的抵抗实际上挽救了马耳他岛，因为经过克里特岛的战斗，德国国防军已经没有空降部队可以参战了。
克里特岛之战继续了德国不可战胜的神话，同时德军为此也付出了1/2的伤亡。人员损失倒不是最可怕的，真正致命的是这次战斗让希特勒和他的将军们彻底失去了使用伞兵作战的信心，在此之后的两年多时间，这支魔鬼部队就沦落到与普通步兵为伍的尴尬境地。现在只有张俊手里还有三个成建制的伞兵师，德国国防军军虽然保留有4个伞兵师的番号，却再没有把他们当成伞兵在使用，而是作为精锐步兵在使用。这才是克里特岛战役的最悲剧之处。
其实张俊还是很佩服国防军的那帮孙子，即便有种种不利，但纵观克里特之战，德军国防军的表现仍是可圈可点的。4日开战之初形势对德军就已极为不利，许多空降点都遭到了预料之外猛烈地面防空火力以及顽强的抵抗，计划中的智取完全变成了强攻，这和德国空降部队在此之前的作战性质完全是不同的。同时中部大队指挥官尚未到达克里特岛就因事故坠机身亡。但部队仍然在坚持按计划作战，利用手中并不充沛的弹药和轻武器对抗严阵以待的英军，这是和前线替补指挥官的出色表现有很大关系的。同时，作战部队出色的战术素养、良好的心理素质也是很重要的。
负责空运的部分运输部队显然缺乏组织大规模空运的经验（在当时的技术情况下德军的表现还是相对最好的），空中输送部队的混乱也在某种程度上加大了进攻的难度。德国战斗机航程短的劣势在这次战斗再次暴露无遗，以至于无法为登陆部队提供全程的空中支援，只好依靠提高出动次数来稍作弥补。在空对海的作战中，德空军无疑掌握了绝对制空权，重创英国皇家海军，但缺乏大型水面舰艇配合巩固战果，德国空军只要一从天上离开，运输船队就必须冒着被皇家海军发现的危险，小心翼翼地“苟且偷生”。
反观英军，凭借高效的情报机构，在开战之前就已充分掌握德军作战意图，并作了针对性的部署，这在后来的战斗中的确给进攻一方造成了很大麻烦。英军作为布设阵地的大师和伪装的行家里手，在克里特岛防御阵地的布设也颇有看头，阵地不仅设置巧妙，火力搭配合理，出色的伪装隐藏了自身实力，同时还成功欺骗了德国侦察机，直到德国伞兵降落在克利特岛，才发现自己已深陷重围。
和上述的优势相比，英军的作战能力就丝毫没有值得夸耀的地方，守岛部队共42640名士兵，即使除去士气低落的10258名希腊士兵不算，也还有32382名英军，这还不算开战后陆续支援的部队。与其对阵的德军只有22000人，而且没有坦克等重武器。在这种优势，英军只会消极防守，躲在阵地里坐等德军进攻。只有22日英军在伊拉科林地区发动了稍微像样的一次反击，结果也仅仅是将德军中部大队从此处切断，而且被切分的中部大队后来仍在坚持战斗，即使是力量稍弱地段的德军也坚守住了阵地。
而在这之前，德军还未站稳脚跟的时候，英军没有趁势发动反击则是最大的失误。马利姆机场的失守是克里特岛之战的转折点，守备部队在失去联络后，指挥官安德鲁中校的意志就开始发生动摇，最后在当晚就放弃了阵地。另外，英军的通讯指挥系统也是一个明显的弱点，弗莱博格得到107高地失守的消息时马利姆机场的局势都已到了难以挽回的地步。
还要提到的是英国皇家海军，建设墨守成规，作战思想大大落后，对航母的重视不够，在记忆里整个二战中皇家海军成功使用航母的战例，也只有坎宁安指挥的奇袭塔兰托了。克利特岛之战中英国皇家海军参战的海上舰队大中型水面舰共计四十余艘，而航母却只有“可畏”号一艘，而且只有4架飞机可以随时升空！作用简直可以忽略不计。如此带来的直接后果就是英军虽徒有强大的舰队，但遇到德国空军的凌厉攻势，也只有做“沉默羔羊”了。不过皇家海军的组织能力还是让人印象深刻的，从希腊，再到这次的克利特岛，总会有大量部队能从海上撤出，为以后的战斗留下了宝贵的有生力量，不管怎样这也让英国人在每次失败后都有小小的安慰。
还要值得注意的是海军、空军调同作战的重要性。一支没有制空权的舰队，纵然你的舰队多么强大，也同样会葬身海底。同样，单纯依赖空中优势，只能在特定的环境下取得局部优势，而无法将局部优势转变为全面胜利。此战中的德英空海大战，德国空军虽出色的取得了制空权，抑制了英国舰队的昼间行动，但只要德国人的飞机一离开，皇家海军仍然是海上的主人，德军最终还是无法充分利用海上交通线大量运送援军和重武器，大大地增加了取胜的难度。英国海军虽损失惨重，但它的表现还是证明了它的存在意义，尤其是最后的成功撤出，可以说是此役中皇家海军的唯一亮点。德军虽强大，但它缺乏强大的海军，是跛足巨人，成功仿佛一步之遥，但却遥不可及。不久后的多线作战注定了德军从此将疲于奔命，难逃悲剧英雄的宿命。
1940年1月17日，希特勒在克里特岛之战的授勋招待会上，就对施图登特说：“克里特之战证明伞兵时代已经结束。伞兵是一支完全依赖突然性的兵种，但现在这个突然性的因素已不存在。”希特勒这个悲观的判断就将德国伞兵打入冷宫，断送了这种全新的战法在德军的继续发展，对此希特勒确有难以推卸的责任，而这实际上才是克里特岛之战对德军造成的最直接的损失。美国作为这场战斗最冷静的旁观者，实际上它们从这次作战中的得到启示也是最大的。
美国驻埃及武官邦那?费勒斯少校在他那篇关于克里特岛之战著名的报告的开头，用最美妙的描写为德军的克里特岛之战作了完美的总结。
“戏剧性的克里特作战，谱写了一首战争的史诗。作战思想大胆新奇，具有很高的想像力。部队从中欧出发，准确地开进了漏斗型的希腊。在这里，他们改变形式，协调力量，插上了翅膀。这次作战具有音乐大师般的音调、旋律、和声，五月二十日和随后的几天里，这支力量飞过天空。其战斗部队以雷鸣般的渐强音冲入克里特上空遮盖了一切。空降部队通过空中得到供给和支援的情况下，在敌人面前着陆并将其打败，这还是历史上的第一次……”（未完待续）