卢植被任命为幽州刺史之后，之前的幽州刺史刘虞就重新回到了洛阳，担任了宗正寺卿，但是如今的宗正寺卿已经和刘虞离开洛阳前往幽州担任刺史时不太一样了。
宗正寺卿作为九卿之一，是议事院的成员之一，宗正寺卿是有资格参加议事院的讨论的，刘虞相当于进入了大汉帝国的最高权力圈，这和之前只能管理大汉皇室成员的宗正寺卿的地位自然大不一样。
刘虞能够担任这个职务是因为前任宗正寺卿刘正在安平王被俘一事上的态度惹恼了议事院中的其他诸公，因此被其他诸公联名上书天子，要求罢免刘正宗正寺卿的职务。刘正虽然是天子刘宏的堂叔，在刘宏刚刚被立为天子，来到洛阳的时候，刘正一直对刘宏十分照顾，这让刘宏对刘正十分感激，在自己掌权之后立即任命刘正做了宗正寺卿，一直到了现在。
但是如今的天子已经形同虚设，没有丝毫的权力，因此对于议事院诸公的联名上书，天子刘宏也只能无奈的盖上了大印，表示同意。刘正从此就离开了自己工作过近十年的岗位上。
大半年前，兖州黄巾军刚刚起事的时候，安平王刘续亲自带领安平国的郡兵出兵迎战黄巾军，却无奈的兵败被俘。安平国人凑钱将刘续从黄巾军手中赎了出来。消息传到洛阳，在讨论如何处置刘续的过程中，刘正和议事院中的其他诸公发生了很大的冲突。刘正认为安平王刘续带兵征讨黄巾军是为了报效国家，虽然兵败被俘，但是其心可嘉，其情可悯，所以认为应该为刘续恢复封国，以显示朝廷对各地英勇作战的将士的嘉奖。
在其余诸公还没有做出决定的时候，议郎李燮提出：“刘续身为一个藩王，不仅没有尽到职责，损害了朝廷的声誉，不该让他恢复封国。”对于李夔的这番言论，议事院诸并没有发表意见，但是刘正却十分愤怒，指控李燮为诽谤宗室，送到左校去服苦役。
刘正的这番行为彻底惹恼了议事院中的其余诸公，在掌握了朝政权力之后，士族出身的诸公对大汉的皇室宗亲一直十分忌惮，害怕他们不甘心丧失权力，试图采取什么过激的行为恢复权力。在这些士族诸公的眼中，刘正这番打压朝臣的行为就是对他们的挑衅，如果不采取措施的话，会让宗室的力量再度恢复。于是议事院中的其余诸公一致上书要求严惩刘续。
此时士林人士也在为此事造势，将此事与其父李固不肯立质帝、桓帝事联系在一起，称颂说：“父不肯立帝，子不肯立王。”李固当年以直言善谏而闻名天下，因为反对立汉桓帝而被罢免之后，朝野多有同情之言，如今将李夔比作李固，朝野的同情心也被再次激发了出来。
面对着这样的局面，刘正没有丝毫的准备，一时间变得有些手足无措。
最终刘续被指控为大逆不道，处死，封国撤销。李燮被释放，重新任议郎。而刘正的宗正寺卿也被罢免，职位暂时空缺，直到现在被刘虞补上。
在平定黄巾军的过程中所立战功仅次于卢植的便是平定豫州的朱儁。经过议事院的讨论，朱儁被任命为了司隶校尉，并主管京师防卫。司隶校尉虽然不是九卿之一，但是仍然位高权重，尤其是朱儁的这个司隶校尉还被授命主管京师防卫，这就等于从大将军何进的手中分掉了很大的一部分权力。虽然何进平rì里并不过问朝中政务，而是以仲裁者的身份出现在朝中的纷争面前，但是其他诸公对何进还是颇为忌惮，并不放弃一切可以打压何进的机会。让其他诸公吃惊的是，何进对这个任命并没有任何的反对。
皇甫嵩虽然参战最晚，但是仍然带兵平定了兖州和青州两州的黄巾军，立下了仅次于卢植和朱儁的战功。战后，皇甫嵩被任命为了青州刺史，并督青州、兖州、徐州三州军事。
丁原带领的并州兵在平定黄巾军的过程中也立下了不小的战功，只是丁原毕竟只是行伍出身，为议事院中诸公所不喜，所以战后仍然只是保留了并州刺史的职务，只是被额外加封了太原县侯的爵位，食邑一千户。丁原帐下诸将也多有封赏，而且很多人都被任命到了其他郡中。
吕布被召入了京城，担任了羽林中郎将。羽林中郎将的品秩为比两千石，并且主管京师的羽林军，这个任命其实仍然是议事院诸公分何进权力的行为，但是何进仍然没有任何的反应。
张杨被任命为了河内太守，魏续、宋宪和曹xìng都被召入了玉林营中，担任了吕布的手下，秦谊则被安排在了豫州，担任了豫州军从事，只有高顺仍然留在了并州，继续做着丁原的手下。
在黄巾军被大致平定之后，对被黄巾军祸乱最严重的豫州、冀州、兖州三州以及荆州南阳郡的重建工作也被提上了rì程。冀州刺史王芬是在黄巾军起事之后、原来的冀州刺史被黄巾军杀掉之后重新任命的，在上任之后训练州兵，安排百姓恢复生产，得到了朝野上下的一致好评，因此职务得到了保留，并且被封为了邺县侯，食邑一千户。
兖州刺史由之前的东郡太守伏完担任。伏完在担任东郡太守期间，训练郡兵、安排防御，将黄巾军地挡在了兖州境内而不能和冀州的黄巾军汇合，为平定黄巾军做出了很大的贡献，此时论功行赏，得以从东郡太守的位置上升到了兖州刺史。
在豫州刺史的人选上，却出现了一些问题。
豫州地处中原腹地，而且距离京师洛阳的距离非常近，按说是一个人人争抢的好地方。但是豫州在这次黄巾军的其实过程中受到的破坏也最大，人口锐减，说十室九空有些夸张，但是人口至少也减少了一半，各种水利和基础设施的损失也十分严重，想要恢复生产十分不容易。
在议事院的会议上，大家各自推让，竟然没有一个人愿意推举出人来担任豫州刺史。最终还是王允看不下去，一怒之下自告奋勇担任了豫州刺史。
豫州刺史虽然也是卿，但是毕竟不是议事院的成员，王允此举可以说主动里开了朝廷的权力中心，很多人劝说王允收回决定，王允却一直坚持自己的想法。
议事院在封赏过程中最大的争论来自于对凉州太平道的封赏上。在议事院中诸公的眼中，凉州太平道虽然仍然对汉室表示臣服，并且按时上交赋税，但是他们的行为就是形同造反。所以议事院中诸公除了何进之外，全都表示反对承认凉州太平道对凉州和关中一带的合法占领。
虽然这些人能够诛杀十常侍、彻底掌握朝政几乎全部都是依靠凉州太平道，但是到了现在，他们却只愿意承认凉州太平道的合法xìng，不愿意承认认凉州太平道对凉州和关中一带占领的合法xìng。何进对此十分愤怒，但是在议事院中鼓掌难鸣。