汉武帝元鼎六年（前111），以西羌联合匈奴，围攻抱罕（今甘肃临夏东北），使李息、徐自为率兵击破西羌。乃置护羌校尉，掌西羌事务，秩比二千石。东汉沿置。
建武六年(30年)，凉州尽为羌人聚居，遂置护羌校尉，管理羌人事务。建初元年（76年）后成为定制，110年移居张掖。169年东汉zhèng fǔ全面镇压羌人起义。中平元年（184年）由于黄巾起义不再设置为止。自30年开始的羌人反抗至此结束，历时130多年。
温序30-？
牛邯33-34
不设34-58
谒者窦林58-59
谒者郭襄59-？
不设？-76
故度辽将军吴棠76-77
武威太守傅育77-87
陇西太守张纡87-89
张掖太守邓训89-92
蜀郡太守聂尚92-93
居延都尉贯友93-96
汉阳太守史充96-97
代郡太守吴祉97-100
酒泉太守周鲔100-102
金城太守侯霸102-108
西域都护段禧108-110
侯霸（复任）110-
汉阳太守庞参-115
骑都尉马贤（代理）115-117
三辅屯兵中郎将任尚117-118
马贤（第二次复任）118-129
右扶风韩皓129-131
张掖太守马续131-136
马贤（第三次复任）136-139
胡畴139-142
武威太守赵冲142-144
汉阳太守张贡145-155
前南阳太守第五访155-159
中郎将段颎159-161
济南相胡闳161-163
段颎（复任，168后升为破羌将军）163-168
弘农太守皇甫规168-174
田晏174-177前
泠征177？-184
夏育184-？
自夏育后中原内乱，官吏调遣内地，护羌校尉之职始不见于史书记载。