古轮最终成功的冲入了教廷的圣殿星之中，经过了残酷的搏杀，终于将00544的身体抢了回来，而以战鹰的身体为原本制造出来的黑狱中的不死战士全部都成为了古轮的手下亡魂。
反抗战士们终于迎来了胜利的曙光，战星和大帝号的搏杀中，终于击败了大帝号，使得大帝号无奈逃走，战星打通了亚空间的通道，使得苏海伦的舰队来到了圣殿星，虽然损失惨重，可是也尽全力将反抗组织的战士们成功的接走。
与此同时，教廷内产生了巨大的震动，教宗对一系列的失败大发雷霆，同时派出所有的圣使分率十支舰队出击，准备一举彻底消灭人类。
而人类一方，虽然古力已经尽可能的发动了所有的宣传机制，对黑狱人的出现和危害进行了一系列的宣传，可是在被黑狱人控制的一些人类的有意操纵下，人类终于在这个最为紧要的关头分裂了。
东北军团勾结兽人对东南军区进行偷袭，准备一举消灭东南军团，将两个军团所占据的数个星系一举割裂出去。双方展开了激战，俱都损失惨重，而西南西北两大军团在这样紧要的关头，竟然按兵不动，试图从中渔利。
古轮他们虽然取得了一系列的胜利，可是人类却实际上已经到了最后的关头，在教廷和东北军区的重压下，随时都有可能崩溃分裂。
最后关头，古力派古轮他们去西南和西北军区直接剥夺了两大军团长的军事权力，同时将两大军区中已经被寄生到黑狱人揭发出来，挫败了黑狱人一大阴谋。将两大军团重新掌控。
两大边境军团开赴东南前线，准备开始对东北军区发动袭击，可是教廷的伏兵却在半路上进行拦截，两大军团损失惨重，而在东南战场上，东北军团真正的军事实力全部开发出来，打的铁铮节节败退，而兽人军团重新杀出了坎帕斯星系，更踏入了东南星系之中，对无数民众进行了屠杀。
一时间，人类数面受敌，教廷十大军团分十个方向开始对人类进行蚕食鲸吞。
银河四大军团在四名指挥官的带领下，开始了大反击，接连击溃了四个方向的敌军，缓解了压力，而人类的战争机器也全部开发了出来，数亿士兵入伍，数百万甲士组成了最强的甲士军团，在古轮的带领下，直接进攻教廷的总部圣殿星。
一场血战，人类损失惨重，百万甲士损失殆尽，米伽罗战死，血王战死，两大海盗王战死，古轮调集的自由星系军力损失极大，最终突破了圣殿星的外围防护，进入了圣殿星之中。
极为血腥的登陆战，战鹰所率领的远征军力虽然损失惨重，可是登陆战中，圣殿星上面的竟然已经成为了一片死地，数十亿平民荡然无存，整个星球仿佛一个死星般的可怕。
矗立在圣殿山顶部恢弘雄伟的光明圣殿中，教宗独身一人等待着古轮等人的到来，揭开了一个重大的秘密：只要能够击败光帝和魔女，那么所有被黑狱人占据了灵魂的人类，全部都能够恢复，整个宇宙的黑狱人都会消失。
虽然古轮早就明白这一点，但是教宗接下来的话更让他吃惊：如果杀了教宗，光帝就会从沉睡中醒来，到那个时候，人类就会迎来一个真正的魔神，末日才会真正的到来。
不过，一旦光帝醒来，那个时候，就是他最为虚弱的时刻，因为他的所有能量都会注入魔女的身体之中，为重新诞生圣子汇聚能量。
但是最为虚弱的光帝也不是人类所能够匹敌的强者，人类必须做出选择，是杀了教宗停止战争，还是让教宗活着，让光帝出现，从而获得一线杀死光帝的机会。
人类并没有选择，教宗替古轮做出了最后的选择，将整个身体的能量全部注入苏珊的体内，让苏珊成为了最强的完全体黑狱人。
教宗的身体化为了乌有，远方的黑狱星猛然闪现出炙热的光芒，围绕着黑狱星的数百颗星球全部都被这道光芒照射，化成星空中璀璨的烟花。
沉睡中的光帝缓缓的睁开了自己的眼睛，两道光柱冲天而起，从虚空中，一道光柱直接射入了圣殿星之中，直接将这颗星球穿透击爆。
而另外一道光柱直接射向了地球，在毫无防备之中，地球也被毁灭，整个宇宙都陷入了毁灭的恐慌之中。
光帝终于从沉睡中苏醒过来，这个强大的敌人一出现，就摧毁了圣殿星和地球，而黑狱星也在光帝的催动下，以势不可挡的气势冲出了黑狱星系，连续毁灭数个星系，直接向着人类所在的银河星系杀了过来。
地球毁灭之后，所有的人类都知道现在所面临的最后危机，而在教廷死后，所有的黑狱人都开始疯狂的对周围的其他种族开始了杀戮。
兽人和精灵也不敢在袖手旁观，光帝如果消灭了人类，那么他们也无法活下去，三个种族终于第一次站在了一起。
以战星为主要武器，兽皇，精灵女王，苏珊，米伽罗，古轮等人开始了和黑狱星的殊死搏杀。
兽皇战死，精灵女王在替古轮挡了一记之后也战死，米伽罗和苏珊被光帝吸收进了自己的身体之中，战星也被光帝击成了两半。
就在所有的人都感到绝望之时，被光帝吸收入体内的苏珊突然挣脱出来，进入了魔女的身体之中，而米伽罗也开始和光帝争夺身体的控制权。
战飞鸿和战鹰的出现改变了整个战斗的最终结局，两个人将自己体内所有的凤凰血注入了古轮的身体之中，使得古轮拥有了不死凤凰的涅磐之火。
古轮冲入了圣胎之中，进行了自爆，圣子爆炸时所产生的巨大爆炸能量，将光帝和魔女炸死，而除了古轮之外，其余的人也全部牺牲在了这一次爆炸之中。
就在古轮伤心欲绝之时，曙光出现了，她收集了所有人的基因，只要有这些，就能够将这些死去的人全部复活过来。