背景介绍
阴阳师操纵灵魂，沟通阴阳两界，而武士们追求技艺与极意的极限。大妖怪在此时纵横。世间诸国林立。
有一天不知从何处到来的外来者进入了这一世界，当世的大妖怪们站出来想要将入侵者消灭于天外。然而即便打到月亮破碎，也没能成功阻止入侵者。而战争的最后，在妖怪们纷纷落败之后，冥土之神也参与进来。
然而外来者的到来终究打破了一切，旧有的力量遭到压迫与消灭，冥土的神明也遭到重创，此界的灵魂不在受到约束。
然而以阴阳师为首的人间势力并不甘于臣服，残存的妖怪们也不甘心就此消亡。于是战争不断在世间展开，比原本更加混乱的战乱爆发了。辉夜姬不断镇压着一切，最终也渐渐厌倦了这一切，她的到来不是为了无休止的战争。
在此间，外来者卯月之女神也就是辉夜姬诞下了两个孩子，一之名羽衣，一之名羽村。他希望两个孩子的到来可以抚慰他孤独于此世不得回到家乡的苦痛。
然而两个孩子逐渐长大，开始有了自己的想法。他们感到此间活在战乱中的人们实在太过于苦难。他们欲与此间的力量达成和解，祈求和平。
然而终究有太多的人死于战乱，有太多的人放不下对辉夜姬的仇恨，世间最难以改变的莫过于人的意志。
得知自己孩子厌恶战争渴求和平的辉夜姬，为了满足孩子的愿望，也为了自己厌倦的无休止的战争。启动了月之眼计划，准备开启无限月读，让世间再无战乱，每个人都活在美好的梦中。
和平或许会到来，但这不是羽衣与羽村想要的和平。于是在于世间势力的代表商定后，他们联手封印了辉夜姬，而普世间也接受他们这与众不同的存在。
羽衣创立了忍宗，而羽村到了月球上看守辉夜姬。
散落的查克拉被战后残存的九大妖怪之魂夺取，借此恢复一定的力量，然其本身也受到了制约。
忍宗的创立，查克拉的盛行给了普通人取代世间超凡者地位的机会。
后来者学会了查克拉的修行，但并不满足，他们开始掠夺知识，而知识带给使用查克拉的忍者们更强的力量。于是在羽衣去世后，随着他两个儿子因陀罗与阿修罗的对立，忍宗分崩离析。
幸存者们通过自己从旧有势力那里获取到的知识，开发出了独特的术式，开创了自己的家族传承。
于是忍界家族混战时代开始，其间也充斥着旧有势力的不断挣扎求存。
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羽村和雨衣受到当时幸存者的求助，站出来封印了自己的母亲，给了旧有力量存在下去的机会，也带来了忍者崛起的时代。然而世界不会就此屈服，而是不断抗争！
于是新的传说开始了.............