“鹰巢，鹰巢我已经准备就绪，勾两申请起飞。”
“勾两，勾两，可以起飞，请立即飞到指定空域，驱离敌机。”
“收到，保证完成任务！”
随着一声令下，两架更为先进的“白帝”战机在一首航空母舰上滑跃而起。一个优美的弧线后，战机比值的插入天际。
张毅驾驶着编码为81192的“白帝”战机飞上天空时，影院内很多的观众都能明白这究竟代表着什么。
随即，两架战机升空将F22驱离到己方的安全线外。
解除危险后，两人一边聊天，一边在考察船的上空开始盘旋，做着警备工作。
考察船几日的研究无功而返。
就在人们疑惑的时候，从太平洋的海底钻出一只怪兽，并向着旧金山游去。
当它登陆的那一刻，举世哗然。
为了对付他，鹰酱在它登陆的地方狂轰滥炸了6天，方圆5公里内是寸草不生，最后还是使用了整整3枚核弹才将其消灭。
面对这一突发情况，各国都加大了对自己海域的巡逻，张毅和他的僚机再次出现在蓝天上，他们起飞不久后，就能看到美丽宝岛的轮廓，张毅的机舱内还播放了一首《战机绕着宝岛飞》的歌曲。
“我的战鹰绕着宝岛飞，
捎来故乡的思念轻声唤你归，
我的战鹰绕着宝岛飞，
绕着宝岛飞，
把每朵亲爱的云塞进我心扉。”
几句歌词，几个从空中鸟瞰的画面，一些宝岛内的景色，简直就像一支MV一样，让人们的思绪不禁又飞到那个久离家乡的美丽岛屿上。
就在各国飞机不断加大巡视海域的时候，各国首脑也紧急磋商了对策，在中国的建议下，各国暂时放下意识对立，共同对付这未知的危险。
就在人们共同商讨怎么应对这种怪兽的时候，第二只怪兽出现了，这次它朝着马尼啦的方向开始移动，这让太平洋对岸的国家松了一口气，但此时中国却紧张无比。
菲国的军队，这种攻击对怪兽来说，简直如隔靴搔痒。怪兽轻松利落地把马尼啦破坏一通，转头朝着中国香江快速地移动了过来。
中国的空军紧急出动，试图将其消灭在国境线外。
然而怪兽不但皮糙肉厚，还很狡猾，它钻进海底，从飞机上看，就像一条大黑鱼一样。
这里是中国海域请立即离开，这里是中国海域请立即离开。张毅通过战机的公共频道向对方发出信息。
“This is the sea area of a. Please leave immediately。”见对方没有反应，张毅继续喊道：“This is the sea area of a. Please leave immediately. All the ces will be borne by you。”
“报告，鹰巢，对方没有回应，前方150公里就是香江。”
“请立刻将其引离，请立刻将其引离。”总部很快做出预桉。
为了引诱怪兽远离中国，张毅投下了深水炸弹，怪兽浮出水面，怪兽在海中站起的高度，就达到近百米，挥舞着利爪想把身边两只讨厌的“飞虫”给打下来，但是这些“飞虫”很是狡猾，在它的眼睛，腋下，狂轰滥炸。
就在人们为看到飞机大战怪兽精彩的镜头时，突然一架飞机撞在了怪兽厚厚的皮肤上，这对怪兽来说，根本没有任何作用。
张毅的队友牺牲了，张毅仍然冒险引诱怪兽向南飞去，后方又紧急派出了一队战机前来协助。
在援军到达前，张毅终于引导着怪兽开始转身，可就在此时，他的机翼也被怪兽的利爪划破了机身，飞机身上的蒙皮犹如纸片一样被扯碎。
张毅听着第二批战机的队友呼叫：
“呼叫勾两，这里是洞拐，我奉命接替你机执行任务，请返航！”
张毅平静地回答道：
“勾两收到，我已无法返航，你们继续前进，重复，你们继续完成任务！”
就在解体前的一刻，飞机的弹射座椅把张毅弹射入空中，此时赶来的飞机也发射了核弹，将怪兽炸成了渣渣。
他最后看到的亮光的时候，整个人都被核弹掀起的巨浪给淹没在海水中。
另一个画面，刘艺菲和黄博在“星辰科技”正在为军方研制一种新型的外骨骼装甲，为了让外骨骼装甲能够更好地和人脑链接，她们发明了一种链接系统。
但是这种系统却意外发现了人脑的两个特点。
一个是人脑的余晖效应，就是说人脑在死亡后，脑部磁场的能量会短暂的停留，此时的脑回路仍然是开放的；
另一个是人脑的闪存功能，人脑死亡后，仍然能保持一段时长为8分钟的短期记忆。
开始是用一些死囚来做实验，但是死囚的心理素质根本无法承受多次死亡的痛苦，他们大脑的余晖很快就消散干净，无法继续实验。
就在这时，军方将受伤的张毅送来……
等张毅醒来，发现自己在一辆动车上，等他回过神来，满脸都是一副不可思议的神情。
在了解了前因后果后，虽然是一个虚拟的世界，但是作为军人的他毅然决然地加入行动，最后破获了罪犯的阴谋，拯救了一座城市。
在最后，他也如愿地安静地离去，以另一个人的身份来到了一个新的世界。
“没有神的光环，
握紧手中的平凡，
此心此生无憾，
生命的火已点燃，
有一天也许会走远，
也许还能再相见，
无论在人群在天边，
让我再看清你的脸，
任泪水铺满了双眼，
虽无言泪满面，
不要神的光环，
只要你的平凡，
……”
电影中最后传出了小女生的脆生生的歌声，是那么安静却又那么的适合当下的情景。
不知道什么时候，影院里已经开始有人抽泣起来。
这首歌没有歌颂伟大的牺牲，只有平凡而普通地生存的希望，这是中国人最朴素的思维。
在歌声中，开始滚动字幕，一首歌唱罢，就当人们以为电影结束的时候，“星辰”娱乐的惯例又来了。
在影片的片尾出现了一个彩蛋。
刘艺菲向军方如实的汇报了这次的实验结果，张毅是最切合系统的人，军方得知张毅的功劳都万分敬佩，他最后的牺牲也无比的伟大。
在打败第二只怪兽之后的6个月里，9月 15日峰会上，各国专家提出修建专门用于对抗怪兽的巨型机甲项目－－猎人计划，于是军方找到了张毅的同卵双胞胎的弟弟。
第二个彩蛋，在片子的最后，刘艺菲换上一身和机甲链接的衣服，和张毅的弟弟开始了适应的机甲的训练。
随着两人摆出战斗的动作，机甲也作出了相应的动作。
这时又是一段超燃的金属感音乐，听得观众们都热血澎湃。
此时此刻，《源代码》才算是真正地落下的帷幕。
随着影片的落幕，影院内爆发出持久的热烈的掌声，他们是由衷地为这部国产电影高兴，这是一部伟大的作品。