在大战了一天一夜之后，云隐部队虽然勉强穿过了岩隐村的封锁，但是云隐村的忍者也近乎死伤殆尽。
三代雷影艾看着身后仅剩下的上百名云隐村忍者，心情沉重，在临危之际，他将雷影之位交给了夜月霭，并下令让夜月霭与奇拉比带着剩余的云隐部队撤退。
孤身面对岩隐村近乎上万的忍者部队，三代雷影艾施展了云隐村的秘术，燃烧自己的生命力换取了巅峰战力，他以一己之力挡住了岩隐村的万人部队，在激战了三天三夜之后，最终被大野木的尘遁·限界剥离之术杀死。
后来迟迟赶到的云隐村大部队再怎么愤怒也于事无补了，夜月霭还想要带领云隐村的大部队杀向岩隐村，但是这时，木叶的大部队已经杀向了云隐村。
无奈之下，夜月霭也只能带领云隐村仅剩下的八千人大部队退守云隐村，阻挡着木叶大军的进攻。
面对强势的木叶，云隐与岩隐一开始还打算负隅顽抗，不过随着木叶切断了两大忍村所有对外交流的通道，两大忍村内的生活战争物资飞速消耗，仅仅是一个半月，云隐村与岩隐村便相继投降了。
剩下的半个月，便是木叶一方和云隐村以及岩隐村的谈判，三大忍村在赔偿问题以及俘虏赎焕问题上展开了激烈的争吵，会议一连持续了将近二十天，三个大国才逐步达成了统一的意见。
伴随着一项项停战协议的签订，已经持续了四年的第三次忍界大阵终于算是彻底终结，木叶营地中的赤，也终于可以跟着大部队，回归木叶村了。
赤所在的这支部队只是先行的第一批返回部队，由三代火影猿飞日斩带队，志村团藏，宇智波真谷，自来也四人带队，带领一万人的大部队返回到了木叶村。
十天之后，远处的木叶村已经逐渐显露在众人的眼中，木叶村大门口，转寝小春和水户门炎二人带领木叶村的居民热烈欢迎了归来的大部队。
看着眼前热闹的一幕，赤并没有参与，接下来应该就是三代火影发表演讲了，他对于这种充满了政治性的事件一点兴趣也没有。
挤开人群，赤离开了大部队，步入木叶村中，随便逛了逛之后，便回到了自己的家中。
用风遁将自己房间中灰尘全部扫出屋外后，赤开始通过刚刚扩展到木叶村的生命网络联系奈落，一道庞大的意志降临，赤和奈落降临的意志简单交流了一会，面上露出一抹了诧异之色：“惊喜？”
赤吃过午饭后，便离开了自己的房间，再一次来到了死亡森林中，双手结印，施展出了通灵术，想要看看奈落口中的惊喜。
远超以往使用通灵术的大范围白烟升起，一声凶悍的咆孝声响起，有着金属色泽的赤色甲壳出现在赤的面前，一头长相和蓝星食肉牛龙有些相似的巨大通灵兽出现在了赤的身前。
暗红色的双眼俯瞰着身下的赤，巨兽伸身长足有四十多米，身高接近二十米，头上长着一对犄角和一张布满利齿的巨口，全身覆盖赤色甲壳，背上生有如火焰般弯曲，向上生长的蓝色的散热甲壳。
巨兽的尾巴长度几乎与它的身体持平，带着充满了力学美感的弧度，犹如一口巨大的刀刃，覆盖着宝蓝色精美甲壳，伴随着巨兽无意识的甩动，巨大的威刃在地面上撕裂出了一道道深深的痕迹。
这样庞大的体型和那一条看着就十分危险的尾刃，让赤眼前的巨兽有着别样的冲击力与威慑力，而且赤还在这头巨兽的体内感受到了不下于影级的庞大查克拉，这头巨兽的战力绝对不亚于自来也的蛤蟆文太和大蛇丸的万蛇，甚至犹有过之。
“我没记错的话，你应该是叫做斩龙吧，的确是个不小的惊喜。”
赤直接跳到了斩龙低垂的头颅上，站在斩龙头顶的两只犄角中央，伏下身来感受着斩龙体内庞大的查克拉与生命力，赤点了点头，双眼化作万花筒写轮眼，一点点解析着斩龙的肉体构造。
“爆遁血继限界，尸骨脉血继限界，火遁的术式，充满了生命力的强大肉体与脏腑，的确是一头专门为战斗而生的恐怖存在，这样的话，行动的把握就更大了。”
赤看着身下的寂静无声的斩龙，从斩龙的身上跳下来，双手结印，解除了斩龙，将斩龙送回到了奈落身边。
不过在斩龙消失之后，赤的身前出现了一株血红色的结晶之树，结晶之树不过一米高，看上去就好似一个精美的工艺品，不过赤知道，这株结晶之树，就是奈落生命网络的一个节点。
只要将这株结晶之树种在一处地方，结晶之树便能自行连接奈落的意志，吸收空气中游离的自然之力，慢慢化作生命网络的分体，在这一处地域展开生命网络。
赤在死亡森林的深处将结晶之树种下，伸手布置了一个结界，随后便离开了死亡森林，不过在走之前，赤还扫荡了死亡森林一圈，用生之楔吸收了庞大的生命力，储存在自己的左眼万花筒中。
之后的一个月，赤一直游走在自己的家与死亡森林之间，一边在家中研究各种秘术与忍术，尝试完成永恒仙人模式，另一边则是在死亡森林中，训练斩龙，看看这头奈落创造出来的通灵兽的真实战力怎么样。
在这期间，赤还吞服了奈落交给他的血色宝石，让自己断裂的左臂重新长了出来，木叶中的众人虽然对赤重新长出来的左臂十分惊奇，但是碍于赤的实力与身份，也没有人敢当面询问赤。
一个月之后，伴随着所有木叶部队全部回归木叶村，第三次忍界大战终于是宣布完结了，而就在这一天的夜里，躺在床上的赤骤然睁开了自己的双眼，身形瞬间消失在床上，流刃若火拔出，抵住了身前一名黑衣面具忍者的后心位置。
“团藏的人吗，来我这里干什么。”
流刃若火缓缓刺出，撕开了根部忍者的马甲，刺入了他的嵴背上，不过看着身前身体僵硬，好似没有任何感觉的根部忍者，赤眉头一皱，将手中的流刃若火收了起来。
“奉团藏大人的命令，邀请赤大人前往根部。”
“根部吗。”
赤一把抓起身前根部忍者胸前的衣服，将这名根部忍者从房间中丢了出去，将流刃若火插在自己的腰间，赤看着眼前的房间，面上一笑，身形瞬间消失在了房间中。
跟着房间外早已等候的两名根部忍者，赤走到了一处极为偏僻的街道，在穿过重重幻术结界之后，赤才算是来到这个隐藏了木叶几乎所有污秽与黑暗的地方，根部基地。
双眼化作三勾玉的写轮眼，赤看着隐藏在路两旁的数十名根部精锐，嘴角勾起了一抹冷笑，默不作声的跟在带队的根部身后，逐渐来到了根部的最深处。
“宇智波赤，欢迎来到根部。”
志村团藏坐在黑暗中，身后是两名精英上忍，和十数名根部的上忍，团藏看着到来的赤，面上一笑，口中传出了阴冷的笑声。
“叫我来干什么。”
赤自顾自的找了一个座椅坐下，流刃若火骤然插下，一声巨响，地面崩裂，流刃若火被赤深深插入了地面中。
“宇智波赤，老夫希望你做个明白人，宇智波一族是注定要衰落的，如果你现在选择投入根部中，老夫可以注定让你成为根部副首领，等到老夫百年之后，你便是执掌木叶之根的忍界之暗！”
志村团藏看着赤，开口说道，执掌根部这个木叶村中仅次于火影直属暗部的大势力，对于木叶村的任何人都有着十足的诱惑力，可惜，赤不在乎所谓的根部，也看不上什么忍界之暗。
“你要说的就只有这些吗，那么，我就给你一个明确的回应吧，团藏。”
赤站起身来，来到了志村团藏身前五米之处，看着瞬间出现在团藏面前的十数名根部精英，赤面上露出一抹冷漠之色：“根部的副首领？我没有兴趣做一个隐藏在黑暗中的，已经腐烂的树根。”
“即便是所谓的火影在我看来也算不上什么，不要妄图用权利来约束我，因为我对此不敢丝毫兴趣；不要试图用力量来压迫我，因为我的力量远在你，远在根部，甚至是远在木叶之上！”
“权利的游戏也好，力量的压迫也罢，亦或是你打算以所谓的宇智波一族来逼迫我妥协也好，这些手段全都没用，所谓的火之意志，我根本没有，也不会认同这样洗脑一样的可笑意志。”
流刃若火缓缓出鞘，炽热的火焰在赤的身前跃动，橙红色的火焰在一瞬间将四周的黑暗一扫而空，露出了面色凝重的根部精锐，以及被根部精锐保护在中央的，面色阴沉至极的志村团藏。
“宇智波赤！你放肆！你想要在根部动手吗！你知道这意味着什么吗！”
志村团藏双手结印，狂暴的飓风将身前逐渐蔓延而来的爆炎挡住，独目冰冷的看着被火焰包裹的赤，口中大喝道。