很快，四贼首级及洪承畴尸骨碎片就送到了享殿之前，望着那一颗颗狰狞的首级还有那几乎敲成粉末的尸骨，朱慈炤又“扑通”一下跪倒在朱元章陵前，哭号道：“太祖皇帝，您看到了吗？这便是祸乱我皇明江山的奴酋汉奸，臣向您保证，总有一天，臣一定会将更多的鞑虏首级送到您的陵前……以慰我皇明列祖列宗在天之灵！”
祭拜大礼结束后，马仲英及一众文武百官遂将陈子升的尸体重新搬上轿辇，然后护卫着朱慈炤一起下了钟山。
熟料监国仪仗刚刚抵达下马坊时，钱孺怡、陈恭尹等江南士绅却带着无数的百姓跪在了石阶前，齐齐拜伏于地，高呼道：“南都绅民百姓恭请监国殿下顺天应人，克继大宝，重肇乾坤！”
祭拜孝陵，重登皇位之事，马仲英早已向朱慈炤禀明过，但新帝登基，本有三请三让之礼，故朱慈炤力辞道：“孤才浅德薄，实非承统之人，前者监国天南，乃是因为海内无主，孤恐将士离心，不得不为耳，如何能登大位，今唐、鲁诸藩后人皆在，诸位何不从中挑选贤德，克继大统。
钱孺怡道：“殿下乃是烈皇帝嫡亲血脉，继承我皇明大统，既合理法，又符天道，还请殿下怜惜我江南百姓，建极定基，重铸皇明正朔。”
朱慈炤再辞道：“孤虽是烈皇血脉，然年近五旬，即位监国已是勉力支撑，如何能登大统，还请诸位绅民百姓体恤。”
马仲英亦率随行的文武大臣拜伏于朱慈炤前开口道：“殿下，汉高祖刘邦、唐高祖李渊都是五十余岁方才建国登基，然后方能开创大业，今鞑虏凶顽，祸延天下，殿下名为继统，实为开创，监国天南以来，连续克复湘、赣、闽、浙及江南之地，东南半壁重光，全赖殿下之力也，望殿下以天下苍生，国家社稷为念，即皇帝大位。”
“恭请殿下即皇帝大位……万岁、万岁……！”
马仲英话音刚落，护卫在孝陵前的六千甲士均是半跪于地，齐齐高呼起来，周围的士绅百姓亦是再度欢呼，那震耳欲聋的呼喊声久久回荡在太祖祖陵，回荡在南都的上空，回荡在金陵城内每一个百姓的耳中。
朱慈炤呆立了一会儿，终于扶起马仲英道：“孤非贪大位，乃是为祖宗社稷、天下军民百姓，不得已耳！”
跪在一旁的金光祖、钱孺怡等人大喜。一众文武诸臣也迫不及待地将准备好的法驾卤薄摆出，恭请监国登龙辇，法驾卤薄是专供皇帝使用的最高等级的仪仗，其他任何人都无资格使用，朱慈炤登上这龙辇，那就代表他已经是新的大明皇帝了。
见监国永王登辇，钟山脚下又响起一浪高过一浪的欢呼声，这刻江南的百姓终于可以自豪地称呼自己是一个堂堂正正的汉人，而不是受尽鞑虏欺凌的亡国奴。
按大明会典例，监国殿下当斋戒三日，在礼部主持下亲谒南都天坛、太庙、山川坛致祭，以示虔诚之意。随后驾由大明门入宫、至文华殿省定诏草。
由于南都陷落多年，皇城又被满人占据，故尔皇宫多遭损坏，楚军攻取金陵不过两月有余，兼之江右诸镇又在敌手，故皇宫实在是破败不堪，止三大殿尚存，内阁首辅金光祖虽加紧修缮，然作为皇帝居所委实有些寒酸。
朱慈炤却不以为意，他对群臣说道：“孤在余姚时，房不过三间草屋，今能回归皇城，已是得天之幸了，况如今战事紧急，各处大军都要钱粮补充，孤怎贪恋富贵，而不顾前方将士？”
消息传出，监国殿下贤德之名顿时不胫而走，江南百姓都以为有此有德之君承继江山，大明中兴是指日可待。
大明重立，新帝即位，堪定年号就成了重中之重的事情，新任礼部侍郎钱孺怡提议以“承武”为年号，取意为承继皇明正统、堪定天下鞑虏的意思。
“早在琼州时，本帅已命人铸造崇武通宝，殿下在广州正监国大位时，分赏给两广百姓的便是这种大钱，还是用崇武为年号吧！”
“楚国公高见，这崇字用的当真是妙不可言，崇乃是烈皇帝年号的第一个字，用其做年号，岂不就是告诉天下人，我大明新帝乃是烈皇帝骨血吗？下官浅薄了，幸亏有楚国公提点，方才拨云见日”
钱孺怡慌忙改口，他这个礼部侍郎，乃是向金光祖行贿了五十万两白银才弄到手的，金光祖是楚国公的心腹，他要想把这个官稳稳当当做下去，自然要紧紧跟上楚国公的步伐。
马仲英说用崇武年号，其余的内阁成员和六部九卿等官员自然无话可说，故尔当场就把年号事宜确定了下来，并着金光祖在新帝即位诏书上重新附署。
皇城之内，早设香桉酒果等物于奉天殿丹陛上。至登基之日，永王朱慈炤具衮冕服、至天坛行告天地礼毕。诣奉先殿、谒告毕。又御华盖殿，文武百官各具朝服、入丹墀内序立。
鸿胪寺则引执事官进至华盖殿接受百官朝贺。行五拜三叩礼。传毕，赞执事官行礼。天子由中门出进奉天殿，升宝座。
马仲英会同朱进瑜、朱术桂等宗室领百官出至承天门外、伺翰林院官诏用宝讫。锦衣卫于午门前候捧诏置云盖云盘中、导云舆至承天门、开读行礼如常仪。
在朱慈炤踏上丹陛后，内阁首辅金光祖亦是紧跟皇帝身后踏上御阶，面朝百官，展开手中诏书，念道：“奉天承运皇帝、诏曰：自古天地立极，不可隐晦日月；圣人出治，必先谨辨华夷。惟我太祖高皇帝龙飞奠鼎，昭宣鸿烈；成祖文皇帝南征北讨，土夷宾服，列宗承统缵绪，涵育深仁……三百载治隆太平、庶黎咸沐德泽；十七朝布泽覃恩，兆民俱沾雨露。奕世滋昌，重熙累洽。炎汉以来，治安之盛，唯大明矣！”
“自万历朝以来，关外东虏猖乱，老奴逞凶于辽左，洪太建国号伪清，胡骑飞渡，犬羊交迫，京畿沦于鬼域；中原流寇横行，兵戈连年、民不聊生，遂有甲申之变，滇京之失。
“朕承皇天之卷命，列圣之洪休，属以伦序，入奉宗祧。内外文武群臣及耆老军民，合词劝进，至于再三，辞拒弗获，谨于今时祗告天地，即皇帝位。深思祖宗付托之重，实切兢业之怀，运抚盈成，业承熙洽。兹欲兴适致治，必当革故鼎新。事皆率由乎旧章，亦以敬承夫先志。自惟凉德，尚赖亲贤，共图新治。其以明年为崇武元年。大赦天下，与民更始。今布瑕尔、咸使闻之！”
诏书宣读完毕后，百官立时三呼万岁。典礼毕后，崇武皇帝遂命金光祖颁布御旨，以封赏复国有功之上下臣僚。