由于淡水河中游平原的土人群体中的精壮几乎丧失殆尽了，所以宁虎接下来的清扫很是顺利，短短十几天内就抓了近三千名老少妇孺，几乎把周边拒绝与河口庄贸易的土人顽固派给清扫一空了----某些侥幸提早撤离的部族，也不得不远离了这片平原----整个地区只剩下了少量愿意接受汉化的土人村落存在，从而为后续移民开辟了极大的生存空间。
但宁虎的胜利，放在整个小琉球的拓殖上不过是微不足道的一件小事而已，要知道，随着在澎湖碰壁后的荷兰人在台窝湾建立商馆和要塞，福王府迟早是会与西班牙人、荷兰人撞上的，那个时候才会是宁虎他们真正的考验呢。
按下朱由崧在小琉球的拓殖不说，让我们把视线回过中国的北部，这不，在六君子相继遇害、朝堂上东林党的势力被驱逐一净后，作为东林党硕果仅存的大佬，以大学士身份出任辽东督师的孙承宗再也坐不住了。
或许为了证明东林党人也能干实事，也能替君父分忧，亦或是对阉党鼓噪的浪费国帑的回应，孙承宗便与麾下辽东总兵马世龙一起筹划对辽西实施反攻。
正巧，当时有个生员叫刘伯镪的，从后金控制区逃了回来，也许是为了避免投敌的罪名，他对地方官进言称，耀州方向后金守兵不满三百人，朝廷可以派兵轻易将其夺回，相关信息逐级上报，传到了孙承宗耳里，孙承宗便计划兵分两路进军，一举收复辽河以西地区。
天启五年八月二十四日，马世龙奉孙承宗之命，率领麾下前锋营副总兵鲁之甲、参将李承先等十二万人北进，准备一举夺取耀州等明金之间的缓冲区域，将战线推进至辽河以西地区，收复之前王化贞、熊廷弼丢失的广宁等地，进而为下一阶段收复辽东奠定基础。
但孙、马二人策划的这次军事进攻是在许多条件都不成熟的情况下，为了摆脱困境而勉强发动的，所以当时的军心士气并不具备一战----在开拔前夕山海、前屯、宁远、松山等处纷纷出现了士兵因为马料银子而哗变的现象，时任兵部尚书的王在晋对有非常明确的评价，即“军中缺粮则兵饿死，缺马乾则马倒死，止缺马乾三分，兵何以噪。盖枢辅急欲进兵，兵畏出征，籍口索饷，为逃散计而以为军饥鼓噪。则近于欺矣。甚矣，边兵之难御，而枢辅之不度时审势也”。
王在晋的话怎么理解呢？
很简单，如果真是缺粮那士兵会饿死，缺马料马会饿倒，只缺三分马料银子，根本不是什么大问题，哗变的真实原因是士兵畏惧出征，所以在孙承宗急于进兵的前夕为逃散作打算，也就是先将银子要到手，能要多少就要多少，最好是连不该发的也预支到手，或者干脆谎称三个月都没有发银子了，而上阵以后就逃遁，如此既能保住性命又能拿到银子。
因此，这件事情其实是兵不可战的征兆，不过已经焦头烂额的孙承宗已经骑虎难下，根本没办法理会了，所以，就装作什么都不知道的样子，拼命要求中枢给他再拨银子。
银子的事情还没解决，战争就爆发了，这样一来，结果自然就不言而喻了。
更为不堪的是，孙承宗还强令觉华岛的明军水师于八月二十七日赶到三岔河口，协助马世龙部过河，但问题是，对于海上有没有风啊、潮汐对不对等问题，孙承宗是一概不管，于是，觉华岛的明军水师理所当然的没能按期赶到。
不得已，鲁之甲、李承先两部只能以找到的小渔船运兵过河，一次只能过十几个人，运了整整一天，才运过去800人左右，不但严重拖延了行程，而且还让后金方面有了防备。
话说，当时耀州城正在重修之中，城墙只有一人多高，城内守军也只有阿巴海（黄台吉）手下正白旗的两个牛录，不过是三百多人、绝不到四百的样子，以800人去进攻，其实也不是没有胜算的，但明军连夜进攻不但没有胜利，而且天亮之后，耀州城里的后金军一个反击，就把鲁和李的两部明军给彻底打垮了。
随后，耀州城里的后金军出城追杀鲁之甲和李承先部，鲁之甲与李承先在混乱中先后战死，中军钱应科则在逃回三岔河西岸时不幸落水溺死，对耀州的攻击就此彻底失败了。
听闻进攻耀州失利，后金军大举攻来的消息，明军各部不辩真伪，也不派人查验敌情，转头就跑，跑着跑着，手下那些原本就军心不稳的将士便丢盔弃甲，消失不见了，于是乎，堂堂十二万大军到最后只剩下五万八千人还算完整，其余不知所踪，成为了莫大的笑话，也就是后金这边兵少没船，没想着过河捡便宜，否则，又要让后金不知道捡去多少装备了。
原本自金复北上的东江镇进展还比较顺利，先后围杀了30多名后金旗兵，待听到耀州方向失败，后金军西面无警，主力将毫无牵制的用于辽南方向后，东江镇便也滑脚丫子溜了，由此，东线的牵制作战也失败了。
损兵折将一无所获，孙承宗和马世龙各自埋怨，但对于朝廷还是要有所交代的，所以，孙承宗便避重就轻的上奏称，袭击耀州的行动因为觉华岛的舟师失期不至，暂时搁浅了，鲁之甲和李承先的意外死亡则是“巡河哨败”导致的。
对于孙承宗所说的“觉华岛水师失期不至”，王在晋的看法是“按陆兵可以程计，水兵不可以日计，水陆约期于二十七日举事，水兵并无消息。世龙料理如此，焉得不败。”
至于所谓耀州之战搁浅一说，宁远理刑同知程继偀揭露道：“辽广继沦奴逞四载，而袭耀州者实挑之，袭耀亦匪失计也，夫在以全军为掩耳之计，而盗强敌之铃耳。然济河者没矣，未济之旅一奔数百里······”
所以，尽管对孙承宗很是失望的天启帝看在他是自己老师的份上，对孙承宗进行了挽留，但面对各种揭露的孙承宗自己没脸继续担任辽东督师了，于是，孙承宗再三请求辞职，对此，天启帝误以为孙承宗是在跟自己讨价还价以及表达对杨涟等人身死的不满，生气之余，便批准了孙承宗的辞职······