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明弘光十六年六月三日，在洛阳盘桓了近一个月后的朱由崧启程继续西行，并于当年六月二十日，进入了西安城。
朱由崧是有明以来，第一位巡视西安的皇帝，因此阖城欢庆，与有荣焉，不过朱由崧本身并没有在意西安城内的欢欣鼓舞，刚刚进入由秦王别府改建的行宫，便迫不及待的召见了从西藏学成北返的哲布尊丹巴一世并达延鄂齐尔汗的特使勒勤台吉。
和硕特人此来是因为与朵甘都司在领土方面的争议----随着梭磨宣慰司、杂谷安抚司的主动归降，已经控制了嘉绒各部的朵甘都司这两年继续向西扩张，收拢了一大批雅砻江以东的藏部土司，并有继续越过雅砻江，染指金沙江两岸藏部的企图，这就与和硕特汗国的利益发生冲突了，并且还导致了达延鄂齐尔汗的一些误判，认为大明有可能想要颠覆和硕特汗国、摄取整个青藏----由于朱由崧目前还需要大明西部边境的稳定，所以在召见勒勤台吉时，朱由崧向和硕特人做了亲口保证，保证约束朵甘都司的行动，禁止朵甘都司向雅砻江以西扩张。
虽然不确定朱由崧是不是在欺骗自己、欺骗和硕特汗国，但知道朱由崧能做亲口保证已经是很不容易的勒勤台吉还是在表面上接受了朱由崧的说辞，并向朱由崧承诺，只要朵甘都司不越过雅砻江设置羁縻卫所，和硕特汗国就不会向雅砻江一线调派军力。
当然，朱由崧也知道和硕特人只是在自己面前说说而已，该派的兵不会少，但鉴于双方尚能进行沟通，所以还是以满意的样子结束了接见；不过勒勤台吉的使命到这一步还没有彻底结束，稍后，他还跟随扈大学士孙传庭就和硕特汗国与大明的边贸问题达成了共识，并约定双方在青海东科尔寺及雅江扎嘎寺设立榷场，进行互市贸易。
如果说青藏是明廷下一步兼并的目标，朱由崧对和硕特人的态度是虚与委蛇的话，那么对于哲布尊丹巴一世，朱由崧的态度就复杂了许多----尽管在外部压力下，漠北各部也算比较服从的纳入了大明边地都司序列，但由于卫所制削弱了各部王公对部民的控制，因此漠北不是没有潜在逆流的，所以，朱由崧需要利用宗教怀柔漠北各部；但哲布尊丹巴一世与土谢图汗的关系太过密切了，未来一旦满清的威胁消失了，哲布尊丹巴一世未必不会成为土谢图汗手中整合漠北各部、反对大明控制的工具。
所以经过慎重的考虑后，朱由崧决定下几手棋来防备可能的反噬。
这几手棋包括：第一，以章嘉一世活佛阿噶旺罗布桑却拉丹驻节赤峰，为松漠、饶余及林北三都司境内藏传佛教的宗教领袖；承认并追封阿嘉活佛的地位，并以之为朔方都司、北庭都司以及河西、陇西等地藏传佛教的宗教领袖；仅以哲布尊丹巴活佛为金微、瀚海、燕然三都司的大呼图克图；
第二，包括章嘉活佛、哲布尊丹巴活佛、阿嘉活佛在内的明控区所有藏传活佛都必须得到大明皇帝的册封才能享有其宗教领袖的地位，换句话说，没有大明皇帝的册封，明控区内的藏传佛教高僧不能自称活佛或呼图克图----其实达&赖和班禅等在非大明控制区的藏传佛教高位僧侣也要得到大明皇帝的册封才能在法律意义上享有宗教领袖的地位，可问题是，眼下达&赖和班禅毕竟不在大明朝廷和大明军队的控制下，所以大明朝廷只能是在人家传承发生变动后，发给追认文书了事，但在大明控制下的各活佛传承那就是大明朝廷一言而决了。
第三，虽然目前大明还没有控制整个青海，但关于哲布尊丹巴的转世之身只能在青海、朵甘、陇西等地的藏族中选择，而不准在喀尔喀人内部挑选，以避免土谢图汗等喀尔喀上层操纵后世的哲布尊丹巴活佛。
对于朱由崧这三手棋，哲布尊丹巴一世其实看的很清楚，心里也很是不舒服，但哲布尊丹巴一世没有与大明翻脸的实力，且朱由崧还拿出了二十万贯体己为他在汗王山脚下修建驻节地大库伦城及清修的额尔德尼召（光显寺），已经是非常礼遇了，所以，哲布尊丹巴一世最终还是勉为其难的接受了朱由崧的旨意，承认了朱由崧的三条布置。
等哲布尊丹巴一世退下后，朱由崧忽然想起来什么，便把随扈的东厂提督刘琛----今年年头上李谙、王乾、田楷等老人因为年迈相继退休了，朱由崧便借机对内廷人事进行了一番调整，所以刘琛借此机会转任了东厂提督----叫了过来，向他询问了白莲、弥勒、玄鼓、罗、红阳等邪&教目前在国内的散布情况。
刘琛刚刚履职不久有些事情还不清楚，便紧急调用了西安守备内臣衙门的电报机向南京东厂本部询问，由于相关资讯太多了，无法在电文中详细回复，东厂便派副千户李参携带资料紧急赶往西安汇报。
而在李参赶至西安之前，刘琛向朱由崧做了简单报告：“皇爷，奴婢查问了，建虏入关后，白莲、红阳、闻香、黄天等教都遭到了极大的打击，信徒或使或离散，这些年虽然出现了死灰复燃的迹象，但比起崇祯末年却是百不存一；至于已经南迁的弥勒教、罗教虽然在过去几年没有受到战争的冲击，但其信仰者大多是贫苦百姓，因此其中很多人随着朝廷拓殖海外，而离散，目前在国内的组织也大不如前了。”
“同样的情况，还存在于大乘教，该教之前流行在云贵川地区，但随着当地百姓或为献逆所杀，或随着献军残部南下缅甸，目前国内已经没有了传播迹象，倒是在缅甸生根发芽了。”
朱由崧眼眉一挑：“大乘教？”
“是！”刘琛知道朱由崧要问什么，便主动回复道。“大明存在过大乘教、西大乘教、东大乘教，虽然都是以大乘为名，但三教并非一体，其中东大乘教就是闻香教，西大乘教是京畿比丘尼的教派，而大乘教流传于西南一隅。”
朱由崧点了点头：“对于这些教派朝廷不能予以忽视，要随时做好打击准备。”
朱由崧说到这，顿了顿：“这次你说的不清不楚，且再准备一下，朕要听东厂的具体方案。”
“是······”