热兰遮城堡第一层顶部的火烧了大约2个小时才慢慢宣告熄灭，在此期间，热兰遮城堡二层、三层顶部布置的火炮也被明军舰上炮火给打哑了----明军大量使用榴霰弹，导致了荷军炮手伤亡殆尽，而在当时操作火炮又是一项技术活，炮手不经过长期训练是没办法上手的，因此在己方炮手基本完蛋后，尼可拉斯·费尔勃格（NicolasVerburg）总督连替代人手都派不出来，只能失魂落魄的放弃了尚且完好的几门火炮。
见到热兰遮城头似乎已经没有了反击能力，明军水师麾下的诸多江海两用桨帆船或接替了已经驶离泊位的运输船，停在了码头区的栈桥上，或干脆直接冲滩；但不管是停在栈桥区还是直接冲了滩，这些淮戊船都把船头对准了热兰遮城堡的二层、三层，一旦城堡内荷军的炮火死灰复燃的话，将立刻遭到一众淮戊船船艏炮的反击。
至于明军的淮丙船队在停止炮击后，也没离开太远，而是转移到距离海岸线500多米外的近海地带开始巡弋，并协同淮庚船队严密封锁台江出口，以确保停泊在台江内海、倒风内海的小型荷兰船没有机会冲出台江口，逃入外洋。
当日10时许，一名南洋水师陆战旅的下级军官打着白旗从热兰遮城堡的一层沿楼梯上到了一层顶部；稍后这名下级军官被荷军小心翼翼的放进了热兰遮城堡的二层内部，并在原长官公署的一间屋子里，见到了尼可拉斯·费尔勃格总督本人。
随即这名明军下级军官向荷兰人宣读了明军的通牒，通牒要求热兰遮城堡内的荷兰守军立刻投降，并以南洋水师提督潘龙和的名义做出保证，将给予投降的荷兰人以必要的优待。
面对明军递交的迫降通牒，尼可拉斯·费尔勃格总督暴跳如雷，当即就把明军使者给赶了回去；结果等这名明军军官离开热兰遮城堡二层后不到半个小时，接到岸上信号的明军淮戊船编队便再次向热兰遮城堡二层和三层进行了持续射击。
虽然明军淮戊船队目前只能用船艏炮轰击热兰遮城堡、虽然明军淮戊船队还没有换装前装线膛炮、依旧使用的是老式前装滑膛炮，但还是给予了毫无还手能力的热兰遮城堡以重创。
而且对荷兰人来说，雪上加霜的是，在明军新一轮炮火停止后，早就做好准备的水师陆战旅官兵便趁乱冲出了热兰遮城堡一层顶部的楼梯口，然后冲到热兰遮城堡二层入口处，将若干黑火药-硝化棉炸药包堆在门口并加以引爆。
随着两声渐次响起的巨大爆炸声，比单纯黑火药炸药包威力大了N次方倍的双基炸药包成功的撕裂了两座城门，并把堵在城门后的荷兰军炸得横七竖八、倾倒一地。
还没等守门的荷军恢复耳中平衡，两支明军敢死队便在己方前装线膛步铳手的掩护下，旋风一样冲击了热兰遮城堡的二层内部，然后为首者迅疾丢出新型的拉发手榴弹，连续的爆炸声就此彻底摧毁了手持大剑、枪斧的荷兰军的抵抗----明军目前装备的拉发手榴弹还不算尽善尽美，有一定的哑火率，但此刻明军都是两三枚一丢，就足以把没见过手榴弹的荷军给打得屁滚尿流了。
午中（12:00）前后，肃清了第二层内部抵抗的明军通过长官公署顶层的门户冲上了热兰遮城堡的二层顶部，也就是三层基座平台。
“总督阁下，我非常遗憾的告诉您一个不幸的事实。”热兰遮城堡司令官路易·达维尔上尉向尼可拉斯·费尔勃格总督报丧道。“由于战斗发生的相当突然，我们来不及将原有储备物资转移到顶层堡垒，所以，我们现有的火药大约能保证我们战斗2天、现有的粮食可供目前突入顶层堡垒的士兵和非武装人员吃4天，这些也就算了，至关紧要的是，现有的储水，只能保证所有人喝1天。”
热兰遮城堡的三层堡垒内的确有仓库，但问题是，现在一下子挤进来老老少少小500人，这就让原本就没有装满的粮仓面临重大考验，但相比吃的，食用水严重不足才是真正致命的。
塔读@ 说起来，热兰遮城堡在二层顶部是有两口水井的，但问题是，虽然眼下这两口井并没有落入明军的控制，但井的位置却是暴露在明军的炮火之下，就算能偷偷摸摸的运水一些井水来，也完全不能满足城内所有人的需要，更不要说期间会付出何等惨烈的代价了！ 是的，原本荷兰人以为整个热兰遮城堡有这么两口井也已经足够了，谁知道明军的炮火是如此勐烈、明军进攻的速度是如此迅捷，以至于荷兰人根本就来不及做好长期抵抗的准备就丢失了大部分的热兰遮城堡。 尼可拉斯·费尔勃格总督咬牙切齿的看向路易·达维尔上尉：“上尉，你的意思是，让我向卑鄙的中国人投降吗？” 达维尔上尉回复道：“我并没有这么建议，我的意思，要保证欧洲军人和居民的生存，您必须做出必要的决断！” 总督如愤怒的公牛一般喘着粗气，好半天后，才问上尉道：“如果我们黑奴、印度雇佣兵、马来奴仆都赶出城堡，我们能坚持更长的时间吗？” 上尉答道：“当然可以坚持更长的时间，但这样一来，我们守备顶层城堡的兵力将严重不足，如果中国人发起坚决进攻，我们也是抵挡不了太长时间的。” 这也不行、那也不行，尼可拉斯·费尔勃格总督傻眼了。 正在总督做艰难决策的时候，商务区的负责人走了过来：“阁下，我听说要削减妇女儿童及伤病人员的食物和饮水供应，这么做不太好吧！” 总督听完商务区负责人的话，眼前一亮，没错，现在他有投降的理由了，因此，总督便戏精上身了：“为了公司的利益，我们原本应该坚持到底的，可是那些妇女和儿童是无辜的，所以，我只能艰难的做出决定······”