弘光二年十二月初至弘光三年二月末间，孙传庭通过调整了夔州、云阳、万县、忠州、酆都、涪州、长寿、重庆等地的驻防兵力，想方设法的拼凑兵力，最终在不减少对陕西方向警戒的情况下，集结出3万兵马，进而在弘光三年三月初越过涪江，对成都方向展开了新一轮的攻势。
当年三月十一日，孙传庭部在当地拥明武装的协助下，轻而易举的夺取了安岳；三月二十日，又兵不血刃的收复了乐至，进而兵锋直指简州（简阳）、资阳，进而对成都形成了威胁。
对于孙传庭部的进军，并没有屈服于张献忠屠刀下的四川各地拥明武装给予了最大程度的响应----三月十四日，遂宁、射洪、蓬溪、盐亭等四县同日易帜；三月十五日，大西朝廷任命的潼川知州言学范宣布反正；三月十六日，自泸州出击的曾英部一举夺取了富顺县城，并迫使江安、南溪、宜宾等城的大西官吏不战而逃----截止到当年三月末，除了成都府城、眉州州城、嘉定州州城等少数据点还在大西军手中（及广元、昭化等地在顺军之手）外，四川全境几乎尽数重归了明廷统治。
原本就有去意的张献忠见此情况，便一把火烧了成都城，然后率兵匆忙南下，最终于当年四月二十七日进入云南境内，与孙可望、刘文秀两部实现会师。
在张献忠窜入云南之前的三月三十日，孙传庭率部进入了已经毁于一旦的成都城，但此时，孙传庭并没有收复四川的欢欣，相反，他的麻烦才刚刚开始。
是的，四川的善后问题一团乱麻，军事问题更是纷繁复杂，不得已，孙传庭只能一面上奏明廷请求援助，一方面又就地整顿秩序，试图恢复生产。
当年四月二十八日，明廷就孙传庭的奏报做出指示，以左懋第为巴东巡抚，管辖荆州、夔州、重庆、保宁、顺庆等五个府并泸州直隶州，治所在奉节；调原总督四川陕西军务的樊一蘅回南京出任兵部左侍郎；以原川东道刘鳞长为西川巡抚，管辖成都、龙安、马湖、叙州等四个府并潼川、邛州、眉州、嘉定等四个直隶州，及松潘军民指挥使司、四川行都指挥使司、乌蒙军民府、东川军民府、乌傻军民府、镇雄土府、黎州安抚司、天全六番招讨司、麻儿匝安抚司、董卜韩胡宣慰司等，治所在成都。
完成初步建制调整后，明廷又根据孙传庭的保荐，任命了一大批四川拥明人士为知府、知州、知县，不过避免作为这些人荐主的孙传庭在四川独大，所以，根据正常的回避制度，相关人等都安置在了外省任职，于是，又是一大波的人事调整，让南京吏部忙得的是头头转。
在南京吏部忙得昏天暗地的时候，随扈出征的东阁大学士王铎接到了户部的呈文，于是替户部向朱由崧奏请豁免四川全省税赋三年、以舒缓民力。
“免税三年？”朱由崧摇头道。“四川百姓的确受苦了，朝廷是要与之休养生息，但四川接下来还要用兵，全靠朝廷支应是不成的。”朱由崧知道刚刚从工部尚书转任户部尚书的阮大铖是想籍此在户部树立威信，但朱由崧却不惯着阮大铖，毕竟国库没钱，用来用去都是内库的银子，阮大铖此举实有慷朱由崧之慨为自己树立形象的嫌疑。“朝廷没有那么多钱，所以，户部的方案要改一改。”
只是，一点不给四川好处也是不行的，毕竟人家付出了忠诚，就必须给予回报。
所以，朱由崧权衡了半天，决定道：“免税三年，改为减税五年，从今年夏税开始，西川、巴东全境减半征收税赋，征来的税赋也不必解来京师，直接交由孙传庭，用于兵事······”
王铎回去拟写给户部的回复了，他前脚刚走，同样随扈的兵部尚书张缙彦又请求陛见。
“兵部有什么事吗？”
“回禀陛下，孙阁老发来奏报，称湘西、鄂西土司兵马征战连年，颇为疲倦，见四川平定，便想解甲还乡。”
朱由崧问道：“孙传庭是什么意思？”
张缙彦回复道：“孙阁老倒是同意让除石柱、酉阳两地以外的土司兵马回返故里，但眼下缺少赏功银两，确是不好就此让土司兵马离去。”
朱由崧冷然道：“孙传庭是怕土司兵马没有有好处，在回去的路上哗变、闹事？”
“是！孙阁老就是这个意思！”
“一个个都把主意打在内帑上，朕也没有聚宝盆，钱说来就来的。”话虽如此，朱由崧还是答应给孙传庭一笔遣散费。“目前川中兵马有多少？土司兵马又有多少？”
“根据孙阁老奏报，川中卫所兵、团练兵、营兵、义勇等五花八门的部队加起来一共有七八万人，这还没有算上土司兵马，”张缙彦抬头看了朱由崧一眼，见朱由崧没有表情的仔细听着，他便继续说道。“土司兵马这块大约有四万人，其中鄂西土司兵马一万五千、湘西土司兵马一万三千、贵州土司兵马八千，其余为石柱、酉阳两地的土司武装。”
朱由崧知道这个数据一定有水分，但他也不好查的太细了，所以斟酌了一下，决定道：“来人，通知御用监，解银五十万两至四川，供孙传庭抚恤和解散各地土司兵马。”
朱由崧直接把钱给一线，而不经过户部、兵部中转也不是第一次了，对此，张缙彦虽然有些不满，但也不敢触怒了朱由崧，因此只当没听到一样，在那扮木偶呢。
随侍太监立刻把朱由崧的旨意写在纸上，朱由崧查看后觉得无误，便盖上了随身携带的【体悟阁主人之印】，随即，内侍便把这道旨意发往了南京。
等关于银子的事情落实后，朱由崧冲着张缙彦说道：“兵部要告诉孙传庭，虽然四川面临两线作战的境地，但兵不是越多越好的，让他妥善检练，务求精锐能战；然后，继续北防南攻，先消灭了张献忠，再北上狭西，攻灭李自成。”
说到这，朱由崧补充道：“北防绝不是死守不出，狭西境内还有很多忠臣良将，且让孙传庭想办法联络，务必不能让李自成顺利控制了整个狭西······”