截止到清顺治三年十二月初，清军在山东的兵力一共有3.1万余人，分别由山东、登莱总督石廷柱（8000）、怀顺王耿继茂（9000）、汉军厢红旗固山额真金砺（5000）、汉军正黄旗及汉军镶黄旗固山额真马光远（9000）统领。
其中石廷柱负责镇压济南、青州两府，耿继茂部负责镇压莱州和登州两府并堵防威海卫的明军，金砺负责对鳌山卫的明军实施盯防并协同石廷柱、耿继茂两部对青登莱三府南境的反清力量实施镇压；而马光远部重点针对在兖州西部及北直隶南境、武定府南境活动的榆园军并其他一些反清武装进行清肃。
至于统帅6万大军的济尔哈朗，则除了在郑州至徐州间长达350公里的黄河北岸设防外，还负责对大名、广平、邯郸、河间、卫辉、彰德、怀庆、潞安等地进行镇戎，某种意义上，兵力还是十分紧张的，但由于北地的社会秩序还没有恢复，手中罚粮的清廷无力将集中在北京周边剩余部队调往南方，因此倍感力量不足的济尔哈朗就只能指望陕西和河南的清军能尽早撤出了。
济尔哈朗的期望很快得到了部分满足，这不，根据清顺两方达成的密约，李自成部遂于当年十一月中旬开入汉中府，并在清军前脚离开汉中城半天后，就恰到好处的出现在了汉中城下，迫使原本准备竖起大明旗号的汉中官员转而投降顺军。
而成功接手汉中府之后，李自成又在清军的接应下马不停蹄的接收了徽州、秦州两地，并于当年十二月初假模假样的夺取了凤阳和巩昌两座府城。
李自成在陕西的威望还是比较高的，见他率部杀回陕西，原本只能在大明旗号下抗清的力量纷纷改变了旗号，宣布效忠大顺朝，并随后率部向李自成主力靠拢，使得李自成部的力量迅速膨胀起来，一下子从原来的6万人（精锐最多2万）扩充到了20万人，若是再连带李自成从四川裹胁来的百姓，勉勉强强也能算是百万之众了。
对于李自成突然从四川杀回来，并一路势如破竹，陕西境内的拥明武装显然惊愕到了极点，进而相当长一段时间内没能有效的做出应对；而李自成显然利用了明军方面的混乱，在清军心照不宣的主动撤退下，巡视席卷了整个陕西。
永昌四年正月初三，孟乔芳率部15000人退到了绥德州、葭州、保德州并榆林卫城，据上述州县卫所“死守”，并随后以避免更大的损失为由将其中10000人调回了山西；至于孔有德部，在经过了一番“拉锯”之后，也于当年正月十四日放弃了西安，经同州一线东渡黄河，率部回到了山西境内。
孟乔芳部万人、孔有德部万人相继退回山西后，已经就位的勒克德浑立刻率领上述两部并晋南驻防的爱新觉罗·吞齐5000人回师大同，并迫使大同镇总兵姜瓖率旧部6000人前往山东作战，就此解决了山西方向的一个隐患。
排除了姜瓖部可能潜在的威胁后，清廷便以勒克德浑统兵10000进驻太原和汾州两府、孔有德部万人驻防大同府、孟乔芳旧部万人驻平阳府和沁州直隶州，就此完成了，对除潞安府、泽州直隶州以外的山西全省的控制----由于，动辄几十万人的顺军暂时不会渡过黄河进攻山西，因此清廷认为区区3万人马就足以控制山西这样的大省了。
由于清廷在南京释放的烟雾弹以及博洛部依旧滞留在河南府，没有同时撤过黄河的缘故，因此明廷是在明弘光三年三月初才由西厂侦知陕西的变故的，不过，在西厂探子向南京发回陕西变局的准确消息之前，孙传庭一早就发现了当面顺军的变化。
然而孙传庭的兵力仅有4.5万人，在留下了兵马守备重庆、泸州等地后，机动兵力更是下降到了3万出头，且其中大部分是月饷土兵，因此即便发现顺军已经从合州、广安等地撤退了，也仅仅只能追击到蓬州一线，就再无力量向保宁府境内展开反击了----后来，孙传庭想办法拼凑兵力，这才收复了保宁府城、巴州州城及巴州治下的通江、南江两县，但截止到当年十月前，孙传庭部始终没有能收复整个保宁府。
一直紧盯李自成动作，生怕李自成在四川逗留不去，进而跟自己争地盘的张献忠其实比孙传庭更早发现李自成率部返回了陕西，但因为大西军主力南下云南后，张献忠自率兵马数量不过5万，且成都周边各地拥明反西的武装斗争此起彼伏，因此，张献忠只能眼睁睁的看着孙传庭收复了涪江以东的州县。
出于对孙传庭部越过涪江西进的恐惧，也是被四川各地的反抗所激怒，张献忠残忍的下达了大规模屠杀的命令，结果不但参与抵抗的士绅和百姓被他杀的人头滚滚，那些没用参与反抗乃至于，与大西朝进行合作的士绅和百姓也被杀戮一空----内中就包括去年大西朝录用的十几名进士及被这些进士骗来成都的士绅。
张献忠甚至还给远在云南的孙可望、刘文秀下达了屠杀军中四川籍将士的命令。
在云南境内招募（裹胁）了大量军士的孙可望和刘文秀毫不犹豫的执行了张献忠的命令，随即，那些为大西军流过血的川籍将士被孙可望、刘文秀两人屠戮一空，可谓凄惨无比----这场屠杀其实给大西军自身造成很大的麻烦，导致了大西军在云南部队的骨干力量被扫荡一空，战斗力出现断崖式下降的局面，使得大西军无法进一步扩大在云南的统治区域，彻底控制云南一省，并让云南明军有了喘息的机会，从而能卷土重来。
但屠杀并不能让人服从张献忠的统治，因此，当受到孙传庭支持的四川拥明力量的反抗日益加剧后，张献忠觉得在成都是待不下去了（与屠杀破坏了四川本地的农业生产也有一定的关系），所以，他被迫做出了，放弃四川，全军转入云南的决定······