随后毛钰在归德城内将海军的五个舰队和几个基地做了重新规划和编组并且立即下达各单位遵照执行。
海军衙门设立司令部，驻点舟山。负责整个海军衙门的各种指令发布。毛钰自然就是总司令！司令部直属内卫团一个。
司令部下设作训处、参谋部、情报局、后勤处、装备部。
其中作训部在济州岛、舟山岛、台湾岛分别有骑兵、步兵和海军训练场，负责海军衙门所有的的战兵训练计划的制定和执行。张寿任作训处总指挥，孔有德、尚可喜、文灵为副指挥。
后勤处设在舟山负责全体将士的衣食住行和家属安置以及战后奖励、抚恤等发放。徐玉顺为后勤处副指挥。
装备部负责军队的舰船、火炮、火枪、盔甲、弹药等所有战场武器的研发、生产、列装、维修。孙元化为装备部总指挥，毕懋康、宋应星为副指挥。
参谋部负责战场情报整理分析、作战计划的制定和调整以及战后总结分析。朱之瑜为参谋长，耿仲明兼任副参谋长。
情报局负责国内外海陆军以及其他有关军士的情报收集、整理、分析、汇报、应对等。颜永林为总指挥，董建安为副指挥。
除了舟山和台湾两个基地外，成立北海舰队、东海舰队、台海舰队、南海舰队、太平洋舰队和远洋舰队。
北海舰队管辖区域从流云岛到广鹿岛万里海域。不过日本除了春日山港外全部划出。未来两年的重点是济州岛养马成的建设，要求从奴儿干都司抢夺不少于两万匹战马。完成新兵补充后北海舰队拥有海军4500人，陆战队员3000人。
同时在济州岛成立骑兵训练营两年内训练骑兵一万两千人组建两个骑兵师。文灵为训练基地负责人。
舟山舰队更名为东海舰队，管辖从青岛到洞头岛的广大海域以及黄河、黄河、长江、钱塘江等内河流域。
主要停靠军港将包括舟山、青岛、崇明岛
、大陈岛。大陈岛支队并入东海舰队。耿仲明为总指挥，毛安、李守信为副指挥。完成编制后舟山舰队将拥有海军8500人，陆战队2000人辅兵2000人。
舟山岛拟组建两个陆战师，预计总兵力14000人。孔有德、尚可义担任师指挥。下管辖两个炮团，四个陆战团，两个山地团。徐玉林、沈建峰、毛辉、文善等任团长。
金塘岛组建一个内卫独立团，毛赟任团长。包括一个重炮营两个海防营和一个特战营。金塘岛的防卫将相对独立。战兵2000人。
那霸舰队更名为太平洋舰队。管辖太平洋除了其他个舰队之外的广袤海域以及琉球、日本的护航和新大陆的探索。舰队海军4500人，陆战步兵2000人。
台湾舰队更名为台海舰队，南日岛支队并入台海舰队。尚可喜为总指挥，曾立刚、毛承福为副指挥。主要任务保卫台湾岛和台湾海峡的安全以及福建沿海所有内河巡逻以及海船贸易巡查。战兵8500人，辅兵2000人。
主要驻点包括高雄、基隆、泉州等。
台湾岛拟组建两个陆战师约14000人，毛永杰和毛友俊担任师指挥。下管辖一个工兵团、一个骑兵团、一个山地步兵团、一个空军团、两个特战团和两个陆战步兵团。
金门舰队更名为南海舰队，负责广东沿海、北部湾和南海北部的巡防和广东沿海内河管控。驻点从南澳岛到占城。成型后海军4500，陆战队2000人。广州和海军港建设完成后将撤出金门岛。
原南海舰队更名为远洋舰队。舰队主要负责南海航运安全和牵制打击荷兰、西班牙在当地势力兵尽快控制马六甲海峡，形成对远洋的探索和护航能力。基地主要为文莱、马达维亚和马六甲等地。最低规模海军4500人，陆战队2000人，标准配置为海军6000人，陆战队5000人。
如果朱由检拿到这份计划书，肯定第一时间将毛钰砍
了。这两个基地加上五大加队总兵力将达到97500人之多。如果再加上商船的护卫以及国昌隆和华昌贸易的护卫，一旦朝廷与毛钰翻脸这个数字可能就会变成12万甚至15万！
另外这份计划书中还有包括张寿、孙元化、毕懋康和毛承福等敏感人物在内，朱由检要知道了肯定得发飙啊！
其实要想成为一个海上强国这样的海军规模并不大。如果毛钰是皇帝这个计划书至少要翻倍，最起码要多组建两个舰队去欧洲和新大陆玩玩、但是在朱由检和绝大多数朝廷重臣眼里，毛钰也就是有十几艘战舰，一两万人的规模。他们认为也足够了，毕竟都是茫茫大海又没什么陆地要那么多人干什么？
在大多数人看来毛钰能够包围归德城是将大陈岛和南日岛的漕帮成员全部拉上战场。并且利用了农民军取胜后得意忘形、麻痹大意而钻了空子。
毛钰穿越已经八年，历史的惯性几乎没有因为毛钰的出现而有多大的改变，尤其是动摇大明根基的动力和农民军基本上是到点打卡。
如果说有什么改变的话就是晋商八大家基本完蛋了。或许将来还会有新的八大家，但是企图通过海运将大量的粮食送给东虏是绝对行不通了。毛钰不介意冒头一个干掉一个！
另外就是目前郑一官的过早失败，导致毛钰直接面对西人的强大舰队，很大一部分精力被牵制，以至于陆战部队和骑兵部队根本没有形成规模。
作为有心要逐鹿中原的武装集团，毛钰目前的陆战能力只是能够小范围作战欺负一下农民军。
所以毛钰明确未来两年扩军的重点是陆战。造船则偏向内河运输。如何快速递将陆战部队从舟山运输到大明境内船只疯狗抵达的地方是一个很大的课题。而不是冯铨用来算计毛钰的花招。
或许不久之后就在长江和黄河上来几次演习也正常。谁让皇帝的圣旨里说海军有协防的任务呢？