故事发生在未来。
海军战士杰克因为在战争中受伤导致双腿瘫痪，从此过上噩梦般的生活，不是在酒吧买醉就是在与人打架。
这一天，他得到了自己的双胞胎哥哥因为意外去世的消息，而对方邀请他去继续哥哥未完成的任务。丰厚的待遇让杰克无法拒绝，于是他登上了前往潘多拉星球的飞船。
潘多拉有一种别的地方都没有的矿物元素“unobtanium”，能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是它“unobtanium”将彻底改变人类的能源产业。
这颗星球和地球极其相似，人类甚至可以在这里裸露皮肤。
但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活，这里的空气对人类是致命的，必须带着氧气面罩才能生活。而且本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。
这里的环境也造就了与人类不同的种族：10英尺高的蓝色类人生物“纳威族”。
影片以美轮美奂的景色呈现了潘多拉星球的一切，当真是如梦境一般。
特别是以蓝色调为在主题的纳威人，他们有着自己的文化，自己的服饰，自己的传统和社会构造，当真如一个全新的种族。
潘多拉矿物元素“unobtanium”非常珍贵，可达每公斤2000万米国币，巨大的利润诱惑下，开发公司在这里建立了基地，准备打死开发，但这一举动遭到了纳威人的极力反对。
纳威人不满人类拓荒者的到来，也不喜欢人类的机器在这个星球的土地上因为到处挖矿而留下的斑斑伤痕。
为了能够和纳威人谈判并劝说对方同意公司的开发业务，开发公司开始使者去和纳威人谈判。
可由于潘多拉星球环境严酷，人类传统的宇航服、机甲都不足以保护矿工，于是科学家们转向了克隆技术：他们将人类DNA和纳威人的DNA结合在一起，制造了一个克隆纳威人，这个克隆纳威人可以让人类的意识进驻其中，成为人类在这个星球上自由活动的“化身”。
而这个克隆纳威人也被称作“阿凡达”。
然而并不是任何人都可以操纵阿凡达，只有DNA与阿凡达身上人类DNA配型相符的人才有这样的能力。
阿凡达的造价非常昂贵，杰克的哥哥是克隆纳威人的人类DNA捐献者，他死之后，采矿的公司为了不让砸下去的钱白费，必须找到一个可以代替他的操纵着，这个人的DNA还必须和其配型相符，所以这才找到了双胞胎弟弟杰克。
几年后，杰克与阿凡达完美连接后醒来，他终于有了奔跑的能力。
熟练操控阿凡达的杰克进入了潘多拉星球深处，他发现这里的美景简直无法用语言来形容，高达900英尺的参天巨树、星罗棋布飘浮在空中的群山、云霄中留下的瀑布，色彩斑斓充满奇特植物的茂密雨林……
鲜艳夺目的蓝色刺蝠，呆萌的潘多拉猴子，庞大的锤头雷兽，一碰就缩成一团的螺旋树叶……晚上各种动植物还会发出光……
一切的一切，如同梦中的奇幻花园。
当影片播放到这里，所有观众都惊呆了。
本来大家还怀疑60亿的制作成本是否有些虚假，但现在一点怀疑都没了。
如此顶尖的特效场景，每一帧每一秒都要燃烧海量的经费啊！
迄今为止，这部电影的特效在全世界电影史上绝对可以排进前三名！
陶醉于美景的杰克很快就体验到了这里的危险，一头毒狼与他狭路相逢，硬生生把杰克逼得跳下了瀑布。
他的全身装备因此丢失，没了定位装置后，队友在找不到杰克的情况下只好独自返回基地。
夜晚来临，野兽开始出没，杰克靠着自己的智慧多次化险为夷后遇到了一群强大的六腿野狼，已经力竭的他眼看就要被吃掉，可远处的一支箭射死了毒狼，杰克得救了。
救他的是纳威族的一个女孩，名字叫做奈蒂莉。
她早就知道杰克是蓝星人，本不想救杰克，但在圣树的指引下她不得不救。
救下杰克后，奈蒂莉转身开，可杰克却死皮赖脸跟了上去，不断问东问西，他知道奈蒂莉能够听得懂蓝星语言，因为开发公司曾经在这里开过一段时间的培训学校。
奈蒂莉懒得理会杰克，可就在此时，天空却忽然飘来很多淡蓝色的生物，杰克先要赶走这些蓝色生物，但却被奈蒂莉给制止了。
她告诉他这厮圣树的种子，是心灵纯洁的象征，只有心地善良的人才会被圣树种子亲近。
越来越来的圣树种子落到杰克身上，奈蒂莉非常的惊讶，她忍不住破例把杰克带回了纳威人的居住地。
……
纳威族。
奥玛狄卡亚部落。
这是一棵高达千米的古树，也是纳威人心中的圣树，他们就居住在圣树之上。
杰克来到奥玛狄卡亚部落，见到了部落了首领酋长，这时他才知道奈蒂莉竟然是酋长的女儿。
一向敌视蓝星人的酋长对杰克并不友好，在看到杰克蓝星人的打扮后就想要杀了他，不过当酋长听奈蒂莉说了圣树的事情后，酋长便改变了主意。
再加上酋长想要了解蓝星开发公司的想法和目的，于是便让杰克留在了部落，并让他跟着奈蒂莉一起交流学习。
晚上，杰克开始休息，暂时断开了与阿凡达的精神链接。
当开发公司知道杰克竟然机缘巧合下进入了纳威族部落后兴奋坏了，因为这样他们就有了和潘多拉星人交流的桥梁。
格蕾丝博士和一众科研人员都非常开心，开发公司老板和驻守军队的上校亲自接见了他。他们还强调，杰克眼下的首要任务是劝说纳威族撤离那棵树，这样开发公司就能开始下一步的计划了，毕竟那棵树下面可是蕴藏着海量的珍贵矿产资源。
而如果纳威族三个月后仍不撤离的话，开发公司就准备使用武力强攻了。
面对这样的强盗行径，善良的杰克无话可说，愤怒离开。
然后这件事被格蕾丝博士知道了，她是支持杰克的，同时也不想自己的研究部门被别的势力插手，于是带着杰克等人把部门搬离了开发基地。
而就在这时，意外发生了。