不论是上杉政虎还是杉浦玄任，都还是高估了神保长住的能力。
还没等山本寺定长、平田善次郎、须田监物、须田右京等将率水军众抵达古国府城下，三善光康、长泽善庆等将就率军将古国府城攻落，并擒获神保长住。
至此，射水郡一郡之地尽数被上杉家收复。同时，一向一揆军的粮道再也无法确保安全，就连一粒米都送不到火宫城里。
神保长住毕竟是越中神保家如今的家督, 也是神保长职的长子，对此政虎也不好对其加以严惩，只好将神保长住流放至左渡，由神保长职次男神保长城来继任越中神保家家督。
杉浦玄任在得知古国府城被上杉军攻落、神保长住被擒获的消息后，吃惊的话都快说不出来了。
这就意味着固守在火宫城的一向一揆众完全成了一支孤军，而火宫城也同时成了一座孤城。
如今杉浦玄任无法保证石黑家、狩野家等西越中国人领主们还能否继续支持一向一揆众了，他已经获得了飞驒的江马家出兵支援上杉军的消息。这就说明了武田家在飞驒完全丧失了影响力, 根本不能指望武田军经飞驒进入越中支援一向一揆众。
就在杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人还在商讨下一本的作战计划时, 上杉军击溃包围高冈城、增山城等地的一向一揆军, 并将胜兴寺玄宗（胜兴寺实玄次男）于高冈城外讨取的消息传来了。
在场众人得知后无不感到焦急万分，古国府城的陷落使得一向一揆军的粮道被切断，而这高冈城、增山城等地被上杉军解围就说明一向一揆军的退路也被切断了。
大梦初醒的杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人这才意识到危机来临，随即准备向加贺方向突围。
然而，此时的上杉军早就对火宫城完成了合围，杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人见形势危急万分，只得硬着头皮出城与上杉军展开交战，以求打破上杉军的重重包围。
杉浦玄任率先出兵夜袭驻守在下条川东岸的小岛贞兴、安田景元等部。由于在此地驻守的上杉军仅有虎捷军一千五百余步卒和安田景元部三百军势，兵力并不算太多。安田景元见出城袭来的一向一揆军人多势众，顿时心生退却之意。
结果，小岛贞兴来不及穿戴铠甲就手持长枪率先冲出，严令后退者斩，随后就带着虎捷军五百余名步卒就冲向了如同潮水一般袭来的一向一揆军。
在混战中，小岛贞兴更是身上受了十多处伤，仍然不顾伤痛, 死战不退, 杉浦玄任见己方在短时间内无法击溃面前这支上杉军后只能下令退回城中，从长计议。
毕竟一向一揆军的成分鱼龙混杂, 在混战之中根本无法有效进行令行禁止。很快，后退就演变成了溃退。
最后，士气高昂的上杉军尾随追击正在溃败的一向一揆军，接连讨取了一千余人。而剩余的一向一揆军更是丢盔弃甲，大败而逃。
瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人为了接应己方的败军只好率军出城，可是他们万万没有想到作为一向一揆众悍将的杉浦玄任竟然会败得如此之快。
才率军出城不久的瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人，在药胜寺池附近就遇上了前来支援小岛贞兴、安田景元等人的福王寺孝重。
瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人只好在仓促之下应战，付出了伤亡三千余人的代价后，总算成功接应杉浦玄任退回了城内。
经此一役后，一向一揆众诸将再也没有人提出要出城迎战上杉军了。在一个月之后，火宫城内的一向一揆军就因为断绝粮草而饿死了十分之七八。
天文二十一年，三月三十日。
上杉军对火宫城发起了勐攻，由于长时间的缺粮而疲惫不堪的一向一揆军连武器都拿不动，更不要说让他们站起来迎战凶神恶煞一般的上杉军了。
很快，小岛贞兴就率先带着虎捷军一百名步卒攀上火宫城三之丸，几乎没有遇到任何抵抗，就顺利的将大手门打开了。
随着上杉军如同潮水一般涌入火宫城后，便对城内仅剩下的一向一揆军挥舞着屠刀。还不到一个时辰的时间，上杉军便将火宫城攻落。
而走投无路的杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣、杉谷四郎左卫门、愿成寺连寿、若林长门守、黑濑扫部允等加贺、越中两国一向一揆众重要首领皆在混战之中被上杉军所讨取，无一人逃出火宫城。
从天文二十年十二月开始的这场越中纷乱至此结束, 历时三个多月。
之后，饭久保城城主狩野良政、木舟城城主石黑成纲等原先站在一向一揆众一方的西越中国人领主们纷纷向上杉军投降，并且主动担任上杉军的先导役，攻入砺波郡。
由于先前西越中的一向一揆门徒众们大都前去追随瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人出阵越中腹地，导致留守在瑞泉寺的瑞泉寺显秀（瑞泉寺证心之子）手中兵不过千，根本无法抵御兵锋正盛的上杉军。在万般无奈之下，瑞泉寺显秀就只好放弃瑞泉寺，仅带着坊官、僧兵等百余人逃往加贺避难。
瑞泉寺显秀趴在马背上昼夜奔逃，就算进入加贺国境之后，依然还是觉得不放心，于是又仓惶而逃，五天后他才奄奄一息的抵达尾山御坊外。
为了保全家名存续，狩野良政、石黑成纲等西越中国人领主在攻入砺波郡一向一揆领是极为卖力。胜兴寺（净土真宗本愿寺派）、瑞泉寺（净土真宗大谷派）、土山御坊、高木场御坊等一向宗寺院先后被狩野良政、石黑成纲等人破却。
不仅如此，寺院周边的寺内町所有街屋也被尽数焚毁，仅剩下的一向一揆众治下领民也被政虎下令强行迁至颈城郡，许可他们不用改宗。
至于神保长职、神保氏张、神保觉广等之前放弃居城逃至宫崎城的越中诸将，政虎也没有因此责怪他们，还是让他们重返旧领，功过相抵。
天文二十一年，四月十日。
政虎决定趁着己方士气高涨，继续率军西进，准备给加贺一向一揆众一点颜色看看。
随后，上杉军便乘胜连克龙之峰城、原城、竹桥城、津幡城等地，一路攻入了加贺腹地，兵临尾山御坊城外。
由于杉浦玄任将加贺半国的一向一揆门徒众带走进入越中，结果导致杉浦玄任兵败之后北加贺守备空虚，根本无力抵御上杉军的侵攻。尾山御坊里的七里赖周、下间赖总、下间赖清等人只能眼睁睁看着周边一座接着一座城池、寺院被上杉军攻落，而无能为力。
最后，政虎因北加贺的传灯寺、弘愿寺、木越光德寺等寺庙还在一向一揆众的手中，便无法全力对尾山御坊发起勐攻，便只能放弃这个一举覆灭北陆道诸国一向一揆众巢穴的机会。
随后，政虎就收兵返回了越中。而固守在尾山御坊的七里赖周、下间赖总、下间赖清等人完全不敢主动出城追击，只好放任上杉军顺利退回了越中。