《失孤》新剧本的故事线复杂度远超原剧本。
原剧本中其实重点只把握住了雷泽宽、曾帅两条明面上的双向线，用以展现“寻找孩子十几年的父亲”和“寻亲的被拐儿子”这两个角色形象。
虽然这些取材于真实的故事很能触动人心，但或许是编剧水平的问题，故事线显得有些单薄和明显，深度的内涵可能相对应的有一些缺失，而且在矛盾冲突方面的把握也有些单调。
沈惜雨在听取了周森半纪录半故事风格的建议之后，大胆地进行了修改。
她从框架上就摘掉了一些传统的限制和模式，大胆创新地采取突破式实录风格来进行故事叙述。
而故事也在沈惜雨的调教下变得多重复杂了起来，增加了更多雷泽宽和其他人的互动和联系，而减少了一部分过量的直观体现雷泽宽寻子过程辛苦的大画面。
因为沈惜雨在问周森的理解时，周森告诉沈惜雨，可能在寻子路上最艰难的并不是路上的崎岖和坎坷，而是那些人与人之间的交流，那些人性的险恶、人心的迷茫，才是真正让人觉得难以坚持的缘由。
所以沈惜雨更愿意在《失孤》里强调人和人之间的故事，而不是人和自然的交互。
这体现在了雷泽宽、梁尘、曾帅三个人的交互之中。
雷泽宽找了十四年孩子，他坚信自己的孩子还活着，他一边工作一边换着路费，还做着一些小生意，在途中他在遇到同样寻找孩子的家长，也会记录下他们孩子的信息，在自己寻子的途中顺便帮助寻找。
而有一天，他在路过一栋大楼的时候，看到了梁尘寻子的广告牌，记录下了相应的信息。雷泽宽即是想帮忙寻子，也是想获得里面的高价酬劳来让自己能够更专注地寻找孩子。
梁尘寻子也已经有了数年，许许多多的人都因为高价酬劳而慕名寻找线索，最终却都没有找到梁尘的孩子。
雷泽宽在找自己孩子的时候，找到了一个被拐的孩子，他在发现那不是自己的儿子之后，有些遗憾地想要离开，却发现那孩子跟梁尘的孩子情况有些相似，他立马联系了梁尘，梁尘亲自赶到，却发现虽然很像，但并不是自己的孩子。
他们两帮助这个孩子寻找家人，梁尘和雷泽宽一见如故，哥俩一起喝酒一起聊天，梁尘被雷泽宽寻子十四年的故事所感动，也被他沿途帮忙寻找其他孩子和父母的事迹所触动，他决定拿出自己的大部分资产，变卖公司来成立一个寻子联盟。
动员起更多正在道路上寻子的失孤父母们，让大家能互通有无，都能找到自己的孩子。
他们两一拍即合，梁尘负责赚钱，雷泽宽负责专心寻找孩子和帮助其他人一起找孩子。
他们成功地帮助不少人团聚，但他们两人的孩子却迟迟没有线索。
而雷泽宽骑行的途中，因为过度劳累避让三轮车的时候在山路上摔倒，摩托车坏了，他被一个叫曾帅的小伙子救醒，曾帅帮他修好了摩托车，两个人交流之下，才明白对方的身份，曾帅也是一个被拐的孩子。
雷泽宽在告别了曾帅之后，打听到了有自己的孩子的下落，但他已经跑得太过了，于是他冒险上了高速想要返程去目的地，在高速上被交警梁家辉拦下，原本他恐惧自己被处罚，被没收交通工具，结果交警在听了他的情况之后，没有处罚他，而是用警车给他带路和指明方向。
在找到了疑似是自己儿子的孩子之后，雷泽宽却发现在一个细节上有偏差，而他也被闻讯而来的当地人抓住毒打，脸上还挨了一个大婶狠狠的几个耳光，这一幕都被曾帅看在了眼里。
他在雷泽宽的鼓励下，开始了自己的寻亲之旅，在网友的帮助下获得了关于记忆中的家的线索。
但他们找到了网友提供线索的那个地方，却发现那里并不是曾帅的家。而在途中，他们竟然发现了和梁尘儿子相关的线索，他们一边顺着线索调查，一边继续寻找着曾帅的家，但经历了无数次的失败之后，曾帅崩溃了，他不打算继续走下去。
雷泽宽继续靠着最后的线索找到了曾帅的家，联系上了曾帅的父母，而曾帅也见到了自己真正的父母。但他在和父母相认之后，却决定再陪雷泽宽再走一个省，帮他寻找儿子。
可这一次，他们找到了更多梁尘儿子的线索，而大量的线索都指向了梁尘儿子已经死亡的事实，最终他们在一处山村里见到了当年拐卖了梁尘儿子的落魄人贩子，他已经快死了，他承认了自己拐卖了梁尘儿子的事实，却也明说了那孩子在拐来之后想要逃跑，还想要解救一同被拐卖的孩子，被他的同伙们活活打死了。
雷泽宽震惊的时候，也通知了梁尘。
但梁尘却否认了人贩子的说法，一时间，说法矛盾，雷泽宽找到了当初当地处理梁尘儿子失踪的退休警官，在警官的解释下，雷泽宽和曾帅才明白了事情的原委。
其实当年在找到这个死亡的男孩之后，他们就已经联系过梁尘，但是因为孩子的尸体被抛弃在池塘里，已经出现了巨人观，看不出原来的模样，他们通过DNA比对确认了这孩子就是梁尘的儿子。
但梁尘却死活不承认自己的儿子已经死了，他愤怒地离开了这里，回家开始变卖家产，大张旗鼓地高价悬赏寻子。
当晚，梁尘找到了雷泽宽，让他继续帮忙找孩子，他甚至连越野车都准备好了，他想要说服雷泽宽和他一起上路寻找儿子。在豪华的越野车上，有着屏幕不断地在播放着梁尘孩子和雷泽宽孩子的相关信息和画面。
雷泽宽此时才知道梁尘已经被自己的谎言蒙蔽了全部的知觉。
而此时，另一个失孤母亲跳江自杀的信息传来，而在她跳江的同时，群里有人发出了她孩子的信息。仅仅那么短暂的瞬间，却是相隔。
梁尘用这个例子想证明不该放弃，只要不放弃就还有希望。
雷泽宽在悲痛之余，发现梁尘已经魔怔了。
他们两人争吵了起来，争吵到最后甚至大打出手，梁尘砸了雷泽宽的摩托车，逼他跟自己上车找孩子，他还扯了一箱子的钱要给雷泽宽。
雷泽宽打懵了梁尘，只留下一脸发呆的梁尘，豪华的越野车，还有他的一堆钱，独自一个人推着破损的摩托车继续上路了。
他摩托车后原本三面旗帜，一面是雷泽宽的儿子雷达，一面是梁尘的儿子梁凡，还有一面是曾帅的寻亲旗帜。
而如今，只剩下了一面旗帜，在晚风中猎猎飘扬。