蒙古军进入中原之初，实行残酷的屠杀政策。对于凭城抵抗者，城破之日，除工匠外，不问男女老幼，贫富顺逆，一律屠杀。被掳掠者或投降者，则被大批迁往漠北，存活者十无二三。遭蒙古军蹂躏后，中原人口锐减。至窝阔台统治时期，蒙古对中原两次括户，总计不过100多万户，屠杀的血腥与酷烈，可见一斑。这种惨状，直到忽必烈经略中原之后，才有所改善。
灭宋战争结束之后，元朝的蒙古统治者根据不同的民族和被征服的先后，把全国各族人民分为蒙古、色目、汉人、南人四等，在权利和义务方面，差别对待。这一制度在忽必烈后期即已形成。
第一等蒙古人是元朝的“国姓”，蒙古统治者称之为“自家骨肉”。第二等为色目人。据大德八年的规定，除汉儿、高丽、蛮子外，俱系色目人。第三等为汉人，又称汉儿、乞塔、札忽歹，包括淮河以北原金朝境内的汉族、契丹、女真等族，以及较早为蒙古征服的云南、四川人，高丽人也属这一等。第四等为南人，又称蛮子、囊加歹、新附人，指最后为元朝征服的原南宋境内的各族，包括江浙一带的汉人。
元朝的法律条文体现了民族压迫的特征。至元九年，蒙古统治者就颁布了“禁止汉人聚众与蒙古人斗殴”的禁令。后又规定，“诸蒙古人与汉人争，殴汉人，汉人勿还报，许诉于有司”。“如有违犯之人，严行断罪”。汉人因此有被处死者。法律又规定蒙古人扎死汉人，只需打57下，征烧埋银，但是“汉儿人殴死蒙古人”，则要处死，并“断付正犯人家产，余人并征烧埋银”。在司法上蒙古人亦享有优待。“蒙古人居官犯法，论罪既定，必择蒙古官断之，行杖亦如之。诸四怯薜及诸王、驸马、蒙古、色目之人，犯奸盗、诈伪，从大宗正府治之”。
在政治上，元朝的蒙古统治者对汉人、南人实行多方面限制。即便是对作为他们统治各族人民有力支柱的汉族地主阶级，也是处处防范，只给予极为有限的参政机会。一般而言，元朝中央和地方官，“其长则蒙古人为之，而汉人、南人贰焉”。中央中书省、枢密院、御史台的重要正官，非蒙古人不授。汉人任丞相者，终元之世只有世祖时的史天泽和顺帝时的贺惟一。各廉访司使，也必用蒙古人，只有在蒙古人出缺时，才能用色目世臣、色目人，其次才是汉人。
地方的路、府、州、县都设由蒙古人、色目人垄断的达鲁花赤一职掌握实际权力。只有南方边远艰苦地区的达鲁花赤，在蒙古人不愿意出任的情况下，方让汉人充当。
元朝前期废罢科举42年，皇庆二年复科举后，至元末仅举行过9科。即使是这样的一条无足轻重的仕途，也体现了种种的民族间的不平等。在考试科目方面，蒙古、色目人只需考2场，汉人、南人则需考3场。蒙古、色目人若愿试汉人、南人科目，中选者加一等注授。发榜方面，蒙古与色目人、汉人与南人各为一榜。汉人、南人的人口远远超过蒙古人和色目人的总和，但4种人的录取名额却完全一样。所以，汉族儒士在元代政治上的出路很窄。所谓“胸中经国皆远谋，献纳何由达明主？”，是绝大多数汉族儒士抱有的遗憾。
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另外，再谈谈蒙古对高丽、日本和安南的征伐
蒙古对高丽的征伐是其攻取辽东的进一步延伸。1218年，高丽军联合蒙军攻灭契丹反蒙贵族的势力后，两国订立兄弟之盟，高丽王王嗷答应每年向蒙古纳贡。后来蒙古诛求无厌，高丽不堪，1225年杀蒙古索贡使者于途中。1231年，窝阔台遣兵问罪高丽，高丽王请和。次年，蒙古军再次入侵高丽，责其迁都海岛、不纳户籍等归降不诚五罪。高丽杀蒙古统军将领撒礼塔，迫使蒙古军撤走。
1235年到1259年期间，蒙古与高丽发生过多次战争。1259年，高丽王送世子王典入质，并答应将都城迁回王京，双方议和。
中统元年，王嗷死，忽必烈送王典回国即位，并将女儿嫁给王典子眶，以为笼络。高丽遂为元属国。
1269年，因元廷强征高丽人力物力做进攻日本的准备，引起高丽内变，上层分化为抗元者和附元者。附元者以西京（平壤）50余城献元。元遂改西京为东宁府，属辽阳行省，划慈悲岭与高丽为界。1283年，为准备东征日本，忽必烈在高丽设征东行省，以高丽王王巨与蒙古将领阿塔海共领省事，元成宗铁穆耳在大德四年，下诏撤罢。王眶之子源亦娶元朝公主为妻。这样高丽王族和元皇室结为“甥舅之好”。至正末年，元朝势衰。1356年，高丽王王祺停止使用元帝年号，并恢复因元指为僭拟而改变的官制。
控制高丽后，忽必烈进一步的扩张目标是日本。自至元三年至十二年，忽必烈6次遣使，企图招降日本，或不得答复，或使者被杀。又于十一年、十八年两次发动征日战争，皆以失败告终。失败的主要原因并不是日本的强大，也不是出于内部的不和，元朝虽然继承了宋代的成就，掌握了先进的造船和航海技术，以及用观测星高来确定地理纬度的牵星术，指南针也被普遍应用，但是由于元军并没有掌握远洋作战的制胜技术（如面对台风无有效的应对措施），最终在海上损兵折将，遗憾而归。当时的大陆游牧帝国在海洋的面前终于到达了它所能扩张的极限。忽必烈曾积极准备三征日本，因要应付安南的问题而作罢。终元之世，元朝与日本间未建立官方关系。
元军向东南亚热带雨林的扩张也面临困难。1257年，蒙古将领兀良合台征服云南各部后，遣使至安南“谕降”，使者被留。翌年初，兀良合台领兵侵入安南，占领其京城升龙（今河内），9天后撤回。忽必烈即位后，封安南国主为“安南国王”，允其三年一贡，并派驻达鲁花赤。1267年和1277年，忽必烈两次遣使安南，以国君亲朝、质子、上户籍、出军役、纳赋税、置达鲁花赤六事责成。1284年，忽必烈遣军借道安南征占城，并要求提供军饷、为安南拒绝。元军遂侵入安南。开始元军得势，后不习暑雨，死伤众多，加以地形生疏，蒙古骑兵无法展其长技，狼狈逃回。
1287年，忽必烈再发大军征安南。至次年，元军又陷入游击战和雨季的泥沼，仍以失败告终。安南王陈日亘惧怕再启战端，随即遣使入朝，归还俘虏，并进金人自代以赎罪。但忽必烈仍不甘心，又于1293年准备三伐安南，会忽必烈死，元成宗铁穆耳诏罢征安南。
元成宗铁穆耳罢征安南后，安南王亦遣使通好。在元代，安南与中国在文化上的联系十分紧密。
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本与真实的历史相距甚远，只是纯yy之作，所以将元成宗铁穆耳的庙号，改为世宗，以示虚构之意。