木叶44年初，岩隐与木叶交战，东死人率领岩隐大军进攻火之国。
而美村叶卷率领的木叶防御部队，被来势汹汹的岩忍逼到只剩下四个人的困境，所幸及时赶到战场的波风水门解决了危机。
然而木叶高层的命令，是让水门班去破坏敌方岩隐村的补给要道，神无毗桥。
水门为了提高效率，临时决定兵分两路。自己一人前往前线支援伙伴，让身为上忍的卡卡西带领琳和带土组成一队打入敌人后方。
或许就是水门擅自分兵两路去救援，所以才让带土记恨水门。
水门前脚离开，后脚一支岩忍小队就与卡卡西三人着遇。
岩忍大石使用“忍法?迷彩隐”使身体透明化，以此顺利掠走野原琳套取情报。
带土想要跟卡卡西一起前去拯救琳，但卡卡西因受父亲的影响，所以卡卡西要先执行任务。
（注：木叶白牙与三忍同时出名，按理来说应该是第二次忍界大战，但是第二次忍界大战结束于木叶38年左右，与卡卡西的年纪对应不上。实乃是火影的时间线太混乱，于是作者将本该死于第二次忍界大战结束后的白牙安排在第三次忍界大战期间。）
（第二次忍界大战起因是雨隐为了扩大领土而向铁之国、砂隐、木叶宣战。）
（另外吐槽一下，岸本公布的官方地图中，雨之国与铁之国隔着十万八千里远，真的太不严谨了。）
（综上，将第二次忍界大战发生的部分事情转移到第三次忍界大战的设定，是为了贴合带土先被斑救起，而长门后被斑移植轮回眼。）
卡卡西与带土争执过后，带土决定独自救琳，但不幸被岩隐发现。
此时卡卡西突然出现救了带土，但他的左眼却因此受了伤，然后带土终于觉醒了写轮眼，与卡卡西合作救下琳。
岩忍火光使用土遁?岩屋崩使山洞的岩石瞬间倒塌，情急之下带土为了救倒下的卡卡西，将卡卡西丢了出去，自己却压在了石头底下。
意识到时间不多，带土叫琳把他的写轮眼移植给卡卡西当做卡卡西的上忍礼物，希望自己的眼睛能帮助卡卡西看清未来，同时把琳也嘱托给了卡卡西。
琳为二人移植写轮眼之际，木下良一所在的小队刚好遇到撤离的岩忍。
“别分心！”
急行中，真理子凑到良一身边提醒道，并示意他不要往后看。
医疗忍者是宝贵的资源，他们不可以死！
六名上忍留下牵制敌人就是为了给他们争取更多的逃跑时间。
“明白。”
良一收回目光，可是感知世界中，他又感知到前方突然闯入一队人马。
双手捏印，正准备使用简化版的雷遁查克拉模式，就见到熟悉的身影出现。
木下宗人！
“撤！”
宗人见到真理子平安归来，面上喜色难掩。
不过情况紧张，宗人对后方的几名忍者比划手势，让他们去协助前方的六名上忍，而他则来到真理子身边，继续护送小队撤离。
真的是一点机会都不给良一。
白白浪费良一琢磨的一套不用大量查克拉也能发挥出威力的套路。
结果却没有用武之地……
神无毗桥之战，木叶取得战役上的胜利。
虽然这一战被岩隐打到了家门口很丢人，但是从整体局势上来看，木叶解决了雨之国的战乱，并成功切断了岩隐的补给。
另外三忍在雨之国的战斗取得胜利，木叶北方部队即将回归，岩隐这时若再不撤退，那么将面临被木叶核心力量包夹的结果。
所以，神无毗桥失利后岩忍选择了撤退，当然他们也只有撤退！
这一战谁也没有讨到好处。
同年夏。
南方战场水之国收到木叶解围的情报，也耿直的从火之国边境撤军。
值得一提的是，南方战场，雾隐突击计划与木叶交战中。
枇杷十蔵与西瓜山河豚鬼、栗霰串丸、通草野饵人、无梨甚八、黑锄雷牙七人将迈特凯、不知火弦间、惠比寿三人包围。
千钧一发之际，凯的父亲迈特戴赶到，为保护三人抱着必死的觉悟，开启八门遁甲之阵迎战七人众，使得凯三人得以趁机撤退。
另外宇智波止水与雾隐上忍青交战时，止水远距离发动幻术，瞬间让远处雾隐忍者青的两名部下倒在地上。
青自知不是止水的对手，于是便带领着部下迅速撤退。
而木下良一所在的真理子小队，从雨之国撤退后，第一战前往神无毗桥，等他们赶到的时候，敌人已经撤离。
救治了大半个月伤员，小队再度启程前往南方，结果还未赶到茶之国领土，小队就收到雾隐撤退的消息。
木叶44年秋。
时隔近两年后，木下良一随着真理子小队一同回到木叶。
当然，第三次忍界大战并未就此结束。
只是大的战役终止，小规模的战斗还将持续上演！
直到木叶50年后，五大国才逐渐恢复外交关系，同时第三次忍界大战才算真正结束。
英雄回归，木叶街头却没有一点欢快的感觉。
与佳美子印象中一样，随着木叶队伍一起回来的还有几十辆马车，每一辆马车上面都堆积着厚厚一层尸体。
秋天的太阳还很毒辣，即便有各种消毒剂的味道覆盖，尸体散发来的气息还是让人难以忍受。
不过那是他们的孩子、他们的父母、他们的伴侣，没有一位村民露出厌恶的表情。
哭声哀嚎震天。
然而哭声大多都来自喜极而泣，因为他们迎回了他们等待的人。
更多的却是无声的落寞，抱着尸体久久不愿松开的伤心人，他们哭不出来，哪怕张着嘴也只是干嚎。
就像当初寺金抱着诗织的尸体一般，伤心到一定程度，脸上绝对是没有任何表情！
“秀树……”
“爸爸~”
“……”
良一也在人群中找到了等待他的人儿，一别两年诗织长高很多。
从老妇人怀里接过诗织，亲昵的在粉嘟嘟的脸上吻了又吻。
转头良一又看到了不知该怎么称呼他的志村佳美子。
回给佳美子一个善意的微笑然后一起回家。